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- EMDB-30293: Cryo-EM structure of human TLR3 in complex with UNC93B1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30293
タイトルCryo-EM structure of human TLR3 in complex with UNC93B1
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of TLR3 and UNC93B1
    • タンパク質・ペプチド: Toll-like receptor 3
    • タンパク質・ペプチド: Protein unc-93 homolog B1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


TLR3 deficiency - HSE / UNC93B1 deficiency - HSE / TICAM1 deficiency - HSE / type III interferon production / positive regulation of type III interferon production / response to dsRNA / TRAF3 deficiency - HSE / toll-like receptor 7 signaling pathway / T cell antigen processing and presentation / regulation of dendritic cell cytokine production ...TLR3 deficiency - HSE / UNC93B1 deficiency - HSE / TICAM1 deficiency - HSE / type III interferon production / positive regulation of type III interferon production / response to dsRNA / TRAF3 deficiency - HSE / toll-like receptor 7 signaling pathway / T cell antigen processing and presentation / regulation of dendritic cell cytokine production / Toll Like Receptor 3 (TLR3) Cascade / I-kappaB phosphorylation / TLR3-mediated TICAM1-dependent programmed cell death / inflammatory response to wounding / Toll-like receptor binding / toll-like receptor 3 signaling pathway / necroptotic signaling pathway / detection of virus / toll-like receptor 9 signaling pathway / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / early phagosome / hyperosmotic response / endolysosome membrane / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Trafficking and processing of endosomal TLR / positive regulation of macrophage cytokine production / pattern recognition receptor activity / toll-like receptor signaling pathway / RSV-host interactions / cellular response to exogenous dsRNA / response to exogenous dsRNA / negative regulation of osteoclast differentiation / cellular response to interferon-beta / positive regulation of interferon-alpha production / extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of chemokine production / JNK cascade / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of interferon-beta production / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / extracellular matrix / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of JNK cascade / intracellular protein transport / microglial cell activation / cell morphogenesis / cellular response to virus / cellular response to type II interferon / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to mechanical stimulus / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of angiogenesis / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / male gonad development / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of type II interferon production / double-stranded RNA binding / cellular response to xenobiotic stimulus / signaling receptor activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to virus / lysosome / early endosome / endosome membrane / endosome / defense response to bacterium / positive regulation of apoptotic process / lysosomal membrane / Golgi membrane / innate immune response / positive regulation of gene expression / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein unc-93 homolog B1 / Toll-like receptor 3 trans-membrane domain / Toll-like receptor 3 trans-membrane domain / Toll-like receptor / Leucine Rich repeat / TIR domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll - interleukin 1 - resistance / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily ...Protein unc-93 homolog B1 / Toll-like receptor 3 trans-membrane domain / Toll-like receptor 3 trans-membrane domain / Toll-like receptor / Leucine Rich repeat / TIR domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll - interleukin 1 - resistance / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Toll-like receptor 3 / Protein unc-93 homolog B1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Ohto U / Ishida H / Shimizu T
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structures of Toll-like receptors in complex with UNC93B1.
著者: Hanako Ishida / Jinta Asami / Zhikuan Zhang / Tomohiro Nishizawa / Hideki Shigematsu / Umeharu Ohto / Toshiyuki Shimizu /
要旨: Nucleic acid-sensing Toll-like receptors (TLRs) play a pivotal role in innate immunity by recognizing foreign DNA and RNA. Compartmentalization of these TLRs in the endosome limits their activation ...Nucleic acid-sensing Toll-like receptors (TLRs) play a pivotal role in innate immunity by recognizing foreign DNA and RNA. Compartmentalization of these TLRs in the endosome limits their activation by self-derived nucleic acids and reduces the possibility of autoimmune reactions. Although chaperone Unc-93 homolog B1, TLR signaling regulator (UNC93B1) is indispensable for the trafficking of TLRs from the endoplasmic reticulum to the endosome, mechanisms of UNC93B1-mediated TLR regulation remain largely unknown. Here, we report two cryo-EM structures of human and mouse TLR3-UNC93B1 complexes and a human TLR7-UNC93B1 complex. UNC93B1 exhibits structural similarity to the major facilitator superfamily transporters. Both TLRs interact with the UNC93B1 amino-terminal six-helix bundle through their transmembrane and luminal juxtamembrane regions, but the complexes of TLR3 and TLR7 with UNC93B1 differ in their oligomerization state. The structural information provided here should aid in designing compounds to combat autoimmune diseases.
履歴
登録2020年5月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年1月6日-
マップ公開2021年1月6日-
更新2021年2月24日-
現状2021年2月24日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7c76
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30293.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30293.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.245 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.01 / ムービー #1: 0.01
最小 - 最大-0.05652513 - 0.08478708
平均 (標準偏差)-6.4713913e-07 (±0.002289599)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 249.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.2451.2451.245
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z249.000249.000249.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0570.085-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of TLR3 and UNC93B1

全体名称: Complex of TLR3 and UNC93B1
要素
  • 複合体: Complex of TLR3 and UNC93B1
    • タンパク質・ペプチド: Toll-like receptor 3
    • タンパク質・ペプチド: Protein unc-93 homolog B1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Complex of TLR3 and UNC93B1

超分子名称: Complex of TLR3 and UNC93B1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: Expi293F

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分子 #1: Toll-like receptor 3

分子名称: Toll-like receptor 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 103.94632 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MRQTLPCIYF WGGLLPFGML CASSTTKCTV SHEVADCSHL KLTQVPDDLP TNITVLNLTH NQLRRLPAAN FTRYSQLTSL DVGFNTISK LEPELCQKLP MLKVLNLQHN ELSQLSDKTF AFCTNLTELH LMSNSIQKIK NNPFVKQKNL ITLDLSHNGL S STKLGTQV ...文字列:
MRQTLPCIYF WGGLLPFGML CASSTTKCTV SHEVADCSHL KLTQVPDDLP TNITVLNLTH NQLRRLPAAN FTRYSQLTSL DVGFNTISK LEPELCQKLP MLKVLNLQHN ELSQLSDKTF AFCTNLTELH LMSNSIQKIK NNPFVKQKNL ITLDLSHNGL S STKLGTQV QLENLQELLL SNNKIQALKS EELDIFANSS LKKLELSSNQ IKEFSPGCFH AIGRLFGLFL NNVQLGPSLT EK LCLELAN TSIRNLSLSN SQLSTTSNTT FLGLKWTNLT MLDLSYNNLN VVGNDSFAWL PQLEYFFLEY NNIQHLFSHS LHG LFNVRY LNLKRSFTKQ SISLASLPKI DDFSFQWLKC LEHLNMEDND IPGIKSNMFT GLINLKYLSL SNSFTSLRTL TNET FVSLA HSPLHILNLT KNKISKIESD AFSWLGHLEV LDLGLNEIGQ ELTGQEWRGL ENIFEIYLSY NKYLQLTRNS FALVP SLQR LMLRRVALKN VDSSPSPFQP LRNLTILDLS NNNIANINDD MLEGLEKLEI LDLQHNNLAR LWKHANPGGP IYFLKG LSH LHILNLESNG FDEIPVEVFK DLFELKIIDL GLNNLNTLPA SVFNNQVSLK SLNLQKNLIT SVEKKVFGPA FRNLTEL DM RFNPFDCTCE SIAWFVNWIN ETHTNIPELS SHYLCNTPPH YHGFPVRLFD TSSCKDSAPF ELFFMINTSI LLIFIFIV L LIHFEGWRIS FYWNVSVHRV LGFKEIDRQT EQFEYAAYII HAYKDKDWVW EHFSSMEKED QSLKFCLEER DFEAGVFEL EAIVNSIKRS RKIIFVITHH LLKDPLCKRF KVHHAVQQAI EQNLDSIILV FLEEIPDYKL NHALCLRRGM FKSHCILNWP VQKERIGAF RHKLQVALGS KNSVH

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分子 #2: Protein unc-93 homolog B1

分子名称: Protein unc-93 homolog B1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 66.695969 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEAEPPLYPM AGAAGPQGDE DLLGVPDGPE APLDELVGAY PNYNEEEEER RYYRRKRLGV LKNVLAASAG GMLTYGVYLG LLQMQLILH YDETYREVKY GNMGLPDIDS KMLMGINVTP IAALLYTPVL IRFFGTKWMM FLAVGIYALF VSTNYWERYY T LVPSAVAL ...文字列:
MEAEPPLYPM AGAAGPQGDE DLLGVPDGPE APLDELVGAY PNYNEEEEER RYYRRKRLGV LKNVLAASAG GMLTYGVYLG LLQMQLILH YDETYREVKY GNMGLPDIDS KMLMGINVTP IAALLYTPVL IRFFGTKWMM FLAVGIYALF VSTNYWERYY T LVPSAVAL GMAIVPLWAS MGNYITRMAQ KYHEYSHYKE QDGQGMKQRP PRGSHAPYLL VFQAIFYSFF HLSFACAQLP MI YFLNHYL YDLNHTLYNV QSCGTNSHGI LSGFNKTVLR TLPRSGNLIV VESVLMAVAF LAMLLVLGLC GAAYRPTEEI DLR SVGWGN IFQLPFKHVR DYRLRHLVPF FIYSGFEVLF ACTGIALGYG VCSVGLERLA YLLVAYSLGA SAASLLGLLG LWLP RPVPL VAGAGVHLLL TFILFFWAPV PRVLQHSWIL YVAAALWGVG SALNKTGLST LLGILYEDKE RQDFIFTIYH WWQAV AIFT VYLGSSLHMK AKLAVLLVTL VAAAVSYLRM EQKLRRGVAP RQPRIPRPQH KVRGYRYLEE DNSDESDAEG EHGDGA EEE APPAGPRPGP EPAGLGRRPC PYEQAQGGDG PEEQ

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 9 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 5.5 / 詳細: 25 mM Hepes-NaOH, pH 7.5, 0.2 M NaCl, and 0.01% GDN
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

1ziw

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 134000
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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