+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30260 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of mature Coxsackievirus A10 in complex with KRM1 at pH 5.5 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Signaling by LRP5 mutants / Negative regulation of TCF-dependent signaling by WNT ligand antagonists / negative regulation of axon regeneration / cell communication / negative regulation of ossification / regulation of canonical Wnt signaling pathway / limb development / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus ...Signaling by LRP5 mutants / Negative regulation of TCF-dependent signaling by WNT ligand antagonists / negative regulation of axon regeneration / cell communication / negative regulation of ossification / regulation of canonical Wnt signaling pathway / limb development / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / TCF dependent signaling in response to WNT / host cell cytoplasmic vesicle membrane / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / Wnt signaling pathway / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / neuronal cell body / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / apoptotic process / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Cui Y / Peng R / Song H / Tong Z / Gao GF / Qi J | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020 タイトル: Molecular basis of Coxsackievirus A10 entry using the two-in-one attachment and uncoating receptor KRM1. 著者: Yingzi Cui / Ruchao Peng / Hao Song / Zhou Tong / Xiao Qu / Sheng Liu / Xin Zhao / Yan Chai / Peiyi Wang / George F Gao / Jianxun Qi / 要旨: KREMEN1 (KRM1) has been identified as a functional receptor for Coxsackievirus A10 (CV-A10), a causative agent of hand-foot-and-mouth disease (HFMD), which poses a great threat to infants globally. ...KREMEN1 (KRM1) has been identified as a functional receptor for Coxsackievirus A10 (CV-A10), a causative agent of hand-foot-and-mouth disease (HFMD), which poses a great threat to infants globally. However, the underlying mechanisms for the viral entry process are not well understood. Here we determined the atomic structures of different forms of CV-A10 viral particles and its complex with KRM1 in both neutral and acidic conditions. These structures reveal that KRM1 selectively binds to the mature viral particle above the canyon of the viral protein 1 (VP1) subunit and contacts across two adjacent asymmetry units. The key residues for receptor binding are conserved among most KRM1-dependent enteroviruses, suggesting a uniform mechanism for receptor binding. Moreover, the binding of KRM1 induces the release of pocket factor, a process accelerated under acidic conditions. Further biochemical studies confirmed that receptor binding at acidic pH enabled CV-A10 virion uncoating in vitro. Taken together, these findings provide high-resolution snapshots of CV-A10 entry and identify KRM1 as a two-in-one receptor for enterovirus infection. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30260.map.gz | 94.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-30260-v30.xml emd-30260.xml | 14 KB 14 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_30260_fsc.xml | 14.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_30260.png | 289.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30260 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30260 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30260.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.32 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Coxsackievirus A10
全体 | 名称: Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス) |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Coxsackievirus A10
超分子 | 名称: Coxsackievirus A10 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 / NCBI-ID: 42769 / 生物種: Coxsackievirus A10 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
---|
-分子 #1: Capsid protein VP1
分子 | 名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス) |
分子量 | 理論値: 33.204332 KDa |
配列 | 文字列: GDPVEDIIHD ALGSTARRAI SSVTNAESAA NTTPSSHRLE TGRVPALQAA ETGATSNATD ENMIETRCVV NRNGVLETTI NHFFSRSGL VGVVNLTDGG TDTTGYATWD IDIMGFVQLR RKCEMFTYMR FNAEFTFVTT TKNGEARPYM LQYMYVPPGA P KPTGRDAF ...文字列: GDPVEDIIHD ALGSTARRAI SSVTNAESAA NTTPSSHRLE TGRVPALQAA ETGATSNATD ENMIETRCVV NRNGVLETTI NHFFSRSGL VGVVNLTDGG TDTTGYATWD IDIMGFVQLR RKCEMFTYMR FNAEFTFVTT TKNGEARPYM LQYMYVPPGA P KPTGRDAF QWQTATNPSV FVKLTDPPAQ VSVPFMSPAS AYQWFYDGYP TFGQHPETSN TTYGLCPNNM MGTFAVRVVS RE ASQLKLQ TRVYMKLKHV RAWVPRPIRS QPYLLKNFPN YDSSKITNSA RDRSSIKQAN M |
-分子 #2: Capsid protein VP2
分子 | 名称: Capsid protein VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス) |
分子量 | 理論値: 27.783105 KDa |
配列 | 文字列: SPSVEACGYS DRVAQLTVGN SSITTQEAAN IVLAYGEWPE YCPDTDATAV DKPTRPDVSV NRFYTLDSKM WQENSTGWYW KFPDVLNKT GVFGQNAQFH YLYRSGFCLH VQCNASKFHQ GALLVAVIPE FVIAGRGSNT KPNEAPHPGF TTTFPGTTGA T FHDPYVLD ...文字列: SPSVEACGYS DRVAQLTVGN SSITTQEAAN IVLAYGEWPE YCPDTDATAV DKPTRPDVSV NRFYTLDSKM WQENSTGWYW KFPDVLNKT GVFGQNAQFH YLYRSGFCLH VQCNASKFHQ GALLVAVIPE FVIAGRGSNT KPNEAPHPGF TTTFPGTTGA T FHDPYVLD SGVPLSQALI YPHQWINLRT NNCATVIVPY INAVPFDSAI NHSNFGLIVI PVSPLKYSSG ATTAIPITIT IA PLNSEFG GLRQAVSQ |
-分子 #3: Capsid protein VP3
分子 | 名称: Capsid protein VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス) |
分子量 | 理論値: 26.187623 KDa |
配列 | 文字列: GIPAELRPGT NQFLTTDDDT AAPILPGFTP TPTIHIPGEV HSLLELCRVE TILEVNNTTE ATGLTRLLIP VSSQNKADEL CAAFMVDPG RIGPWQSTLV GQICRYYTQW SGSLKVTFMF TGSFMATGKM LVAYSPPGSA QPANRETAML GTHVIWDFGL Q SSVSLVIP ...文字列: GIPAELRPGT NQFLTTDDDT AAPILPGFTP TPTIHIPGEV HSLLELCRVE TILEVNNTTE ATGLTRLLIP VSSQNKADEL CAAFMVDPG RIGPWQSTLV GQICRYYTQW SGSLKVTFMF TGSFMATGKM LVAYSPPGSA QPANRETAML GTHVIWDFGL Q SSVSLVIP WISNTHFRTA KTGGNYDYYT AGVVTLWYQT NYVVPPETPG EAYIIAMGAA QDNFTLKICK DTDEVTQQAV LQ |
-分子 #4: Capsid protein VP4
分子 | 名称: Capsid protein VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス) |
分子量 | 理論値: 7.464104 KDa |
配列 | 文字列: MGAQVSTQKS GSHETGNVAT GGSTINFTNI NYYKDSYAAS ATRQDFTQDP KKFTQPVLDS IRELSAPLN |
-分子 #5: KRM1
分子 | 名称: KRM1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 41.499027 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: APSPGLGPGP ECFTANGADY RGTQNWTALQ GGKPCLFWNE TFQHPYNTLK YPNGEGGLGE HNYCRNPDGD VSPWCYVAEH EDGVYWKYC EIPACQMPGN LGCYKDHGNP PPLTGTSKTS NKLTIQTCIS FCRSQRFKFA GMESGYACFC GNNPDYWKYG E AASTECNS ...文字列: APSPGLGPGP ECFTANGADY RGTQNWTALQ GGKPCLFWNE TFQHPYNTLK YPNGEGGLGE HNYCRNPDGD VSPWCYVAEH EDGVYWKYC EIPACQMPGN LGCYKDHGNP PPLTGTSKTS NKLTIQTCIS FCRSQRFKFA GMESGYACFC GNNPDYWKYG E AASTECNS VCFGDHTQPC GGDGRIILFD TLVGACGGNY SAMSSVVYSP DFPDTYATGR VCYWTIRVPG ASHIHFSFPL FD IRDSADM VELLDGYTHR VLARFHGRSR PPLSFNVSLD FVILYFFSDR INQAQGFAVL YQAVKEEGSE NLYFQGGSLP QER PAVNQT VAEVITEQAN LSVSAARSSK VLYVITTSPS HPPQTVPGTH HHHHHHHHH |
-分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: NAG |
---|---|
分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 5.5 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |