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万見
- EMDB-25819: Lysophosphatidic acid receptor 1-Gi complex bound to LPA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25819
タイトルLysophosphatidic acid receptor 1-Gi complex bound to LPA
マップデータ
試料
  • 複合体: complex of Lysophosphatidic Acid Receptor 1 with G-protein and LPA
    • タンパク質・ペプチド: Lysophosphatidic acid receptor 1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
  • リガンド: (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl (9E)-octadec-9-enoate
機能・相同性
機能・相同性情報


Adenylate cyclase inhibitory pathway / cellular response to 1-oleoyl-sn-glycerol 3-phosphate / lysophosphatidic acid receptor activity / positive regulation of smooth muscle cell chemotaxis / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Lysosphingolipid and LPA receptors / : / lysophosphatidic acid binding / Extra-nuclear estrogen signaling ...Adenylate cyclase inhibitory pathway / cellular response to 1-oleoyl-sn-glycerol 3-phosphate / lysophosphatidic acid receptor activity / positive regulation of smooth muscle cell chemotaxis / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Lysosphingolipid and LPA receptors / : / lysophosphatidic acid binding / Extra-nuclear estrogen signaling / Olfactory Signaling Pathway / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / negative regulation of cilium assembly / G alpha (i) signalling events / regulation of synaptic vesicle cycle / corpus callosum development / bleb assembly / oligodendrocyte development / cellular response to oxygen levels / Activation of the phototransduction cascade / regulation of metabolic process / negative regulation of cAMP-mediated signaling / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / GTPase activating protein binding / negative regulation of synaptic transmission / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Thromboxane signalling through TP receptor / Presynaptic function of Kainate receptors / G beta:gamma signalling through CDC42 / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / G alpha (12/13) signalling events / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Ca2+ pathway / G alpha (z) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / optic nerve development / G alpha (i) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / positive regulation of Rho protein signal transduction / positive regulation of dendritic spine development / : / G-protein alpha-subunit binding / GABA-ergic synapse / positive regulation of protein localization to cell cortex / regulation of cAMP-mediated signaling / D2 dopamine receptor binding / G protein-coupled serotonin receptor binding / regulation of mitotic spindle organization / cellular response to forskolin / positive regulation of stress fiber assembly / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / myelination / cerebellum development / neurogenesis / cell chemotaxis / dendritic shaft / G protein-coupled receptor activity / G protein-coupled receptor binding / PDZ domain binding / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / photoreceptor disc membrane / cellular response to catecholamine stimulus / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / cellular response to prostaglandin E stimulus / GDP binding / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / signaling receptor complex adaptor activity / negative regulation of neuron projection development / presynaptic membrane / cell cortex / midbody / regulation of cell shape / G alpha (i) signalling events / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (q) signalling events / postsynaptic membrane / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / dendritic spine / endosome / positive regulation of apoptotic process / cell cycle / G protein-coupled receptor signaling pathway
類似検索 - 分子機能
Lysophosphatidic acid receptor EDG-2 / Lysophosphatidic acid receptor / G-protein alpha subunit, group I / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit ...Lysophosphatidic acid receptor EDG-2 / Lysophosphatidic acid receptor / G-protein alpha subunit, group I / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Lysophosphatidic acid receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ) / Homo sapiens (ヒト) / Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.83 Å
データ登録者Liu S / Paknejad N / Zhu L / Kihara Y / Ray D / Chun J / Liu W / Hite RK / Huang XY
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM138676 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM132307 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA243235 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Differential activation mechanisms of lipid GPCRs by lysophosphatidic acid and sphingosine 1-phosphate.
著者: Shian Liu / Navid Paknejad / Lan Zhu / Yasuyuki Kihara / Manisha Ray / Jerold Chun / Wei Liu / Richard K Hite / Xin-Yun Huang /
要旨: Lysophospholipids are bioactive lipids and can signal through G-protein-coupled receptors (GPCRs). The best studied lysophospholipids are lysophosphatidic acid (LPA) and sphingosine 1-phosphate (S1P). ...Lysophospholipids are bioactive lipids and can signal through G-protein-coupled receptors (GPCRs). The best studied lysophospholipids are lysophosphatidic acid (LPA) and sphingosine 1-phosphate (S1P). The mechanisms of lysophospholipid recognition by an active GPCR, and the activations of lysophospholipid GPCR-G-protein complexes remain unclear. Here we report single-particle cryo-EM structures of human S1P receptor 1 (S1P) and heterotrimeric G complexes formed with bound S1P or the multiple sclerosis (MS) treatment drug Siponimod, as well as human LPA receptor 1 (LPA) and G complexes in the presence of LPA. Our structural and functional data provide insights into how LPA and S1P adopt different conformations to interact with their cognate GPCRs, the selectivity of the homologous lipid GPCRs for S1P versus LPA, and the different activation mechanisms of these GPCRs by LPA and S1P. Our studies also reveal specific optimization strategies to improve the MS-treating S1P-targeting drugs.
履歴
登録2021年12月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年2月9日-
マップ公開2022年2月9日-
更新2022年2月23日-
現状2022年2月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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  • 原子モデル: PDB-7td0
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_25819.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25819.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.064 Å
密度
表面レベル登録者による: 2.0 / ムービー #1: 4
最小 - 最大-58.686962 - 74.038605
平均 (標準偏差)-0.0001321452 (±0.96304184)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 272.384 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0641.0641.064
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z272.384272.384272.384
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ256256256
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-58.68774.039-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : complex of Lysophosphatidic Acid Receptor 1 with G-protein and LPA

全体名称: complex of Lysophosphatidic Acid Receptor 1 with G-protein and LPA
要素
  • 複合体: complex of Lysophosphatidic Acid Receptor 1 with G-protein and LPA
    • タンパク質・ペプチド: Lysophosphatidic acid receptor 1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
  • リガンド: (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl (9E)-octadec-9-enoate

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超分子 #1: complex of Lysophosphatidic Acid Receptor 1 with G-protein and LPA

超分子名称: complex of Lysophosphatidic Acid Receptor 1 with G-protein and LPA
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

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分子 #1: Lysophosphatidic acid receptor 1

分子名称: Lysophosphatidic acid receptor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.734605 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DYKDDDDKAA AAAISTSIPV ISQPQFTAMN EPQCFYNESI AFFYNRSGKH LATEWNTVSK LVMGLGITVC IFIMLANLLV MVAIYVNRR FHFPIYYLMA NLAAADFFAG LAYFYLMFNT GPNTRRLTVS TWLLRQGLID TSLTASVANL LAIAIERHIT V FRMQLHTR ...文字列:
DYKDDDDKAA AAAISTSIPV ISQPQFTAMN EPQCFYNESI AFFYNRSGKH LATEWNTVSK LVMGLGITVC IFIMLANLLV MVAIYVNRR FHFPIYYLMA NLAAADFFAG LAYFYLMFNT GPNTRRLTVS TWLLRQGLID TSLTASVANL LAIAIERHIT V FRMQLHTR MSNRRVVVVI VVIWTMAIVM GAIPSVGWNC ICDIENCSNM APLYSDSYLV FWAIFNLVTF VVMVVLYAHI FG YVRQRTM RMSRHSSGPR RNRDTMMSLL KTVVIVLGAF IICWTPGLVL LLLDVCCPQC DVLAYEKFFL LLAEFNSAMN PII YSYRDK EMSATFRQIL CCQRSENPTG PTEG

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 37.41693 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL ...文字列:
MSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL WDIETGQQTT TFTGHTGDVM SLSLAPDTRL FVSGACDASA KLWDVREGMC RQTFTGHESD INAICFFPNG NA FATGSDD ATCRLFDLRA DQELMTYSHD NIICGITSVS FSKSGRLLLA GYDDFNCNVW DALKADRAGV LAGHDNRVSC LGV TDDGMA VATGSWDSFL KIWN

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 43.16307 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLEVLFQG PHMASMGCTL SAEDKAAVER SKMIDRNLRE DGEKAAREVK LLLLGAGESG KSTIVKQMKI IHEAGYSEE ECKQYKAVVY SNTIQSIIAI IRAMGRLKID FGDSARADDA RQLFVLAGAA EEGFMTAELA GVIKRLWKDS G VQACFNRS ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLEVLFQG PHMASMGCTL SAEDKAAVER SKMIDRNLRE DGEKAAREVK LLLLGAGESG KSTIVKQMKI IHEAGYSEE ECKQYKAVVY SNTIQSIIAI IRAMGRLKID FGDSARADDA RQLFVLAGAA EEGFMTAELA GVIKRLWKDS G VQACFNRS REYQLNDSAA YYLNDLDRIA QPNYIPTQQD VLRTRVKTTG IVETHFTFKD LHFKMFDVGA QRSERKKWIH CF EGVTAII FCVALSDYDL VLAEDEEMNR MHESMKLFDS ICNNKWFTDT SIILFLNKKD LFEEKIKKSP LTICYPEYAG SNT YEEAAA YIQCQFEDLN KRKDTKEIYT HFTCATDTKN VQFVFDAVTD VIIKNNLKDC GLF

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分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 7.845078 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFSAI L

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分子 #5: (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl (9E)-octadec-9-enoate

分子名称: (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl (9E)-octadec-9-enoate
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: NKP
分子量理論値: 436.52 Da
Chemical component information

ChemComp-NKP:
(2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl (9E)-octadec-9-enoate / 1-オレオイルリゾホスファチジン酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 28.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1588791
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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