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Yorodumi- PDB-7f1x: X-ray crystal structure of visual arrestin complexed with inosito... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7f1x | |||||||||
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Title | X-ray crystal structure of visual arrestin complexed with inositol 1,4,5-triphosphate | |||||||||
Components | S-arrestin | |||||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN | |||||||||
Function / homology | Function and homology information Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / G protein-coupled receptor internalization / photoreceptor outer segment / response to light stimulus / photoreceptor inner segment / G protein-coupled receptor binding / signal transduction / identical protein binding / membrane / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Bos taurus (cattle) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3 Å | |||||||||
Authors | Jang, K. / Kang, M. / Eger, B.T. / Choe, H.W. / Ernst, O.P. / Kim, Y.J. | |||||||||
Funding support | Korea, Republic Of, 2items
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Citation | Journal: Structure / Year: 2022 Title: Structural evidence for visual arrestin priming via complexation of phosphoinositols. Authors: Sander, C.L. / Luu, J. / Kim, K. / Furkert, D. / Jang, K. / Reichenwallner, J. / Kang, M. / Lee, H.J. / Eger, B.T. / Choe, H.W. / Fiedler, D. / Ernst, O.P. / Kim, Y.J. / Palczewski, K. / Kiser, P.D. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7f1x.cif.gz | 582.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7f1x.ent.gz | 490.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7f1x.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7f1x_validation.pdf.gz | 2.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7f1x_full_validation.pdf.gz | 2.5 MB | Display | |
Data in XML | 7f1x_validation.xml.gz | 49.4 KB | Display | |
Data in CIF | 7f1x_validation.cif.gz | 66.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/7f1x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/7f1x | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7f1wC 7jsmC 7jtbC 7jxaC 7morC 7mp0C 7mp1C 7mp2C 1cf1S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 45334.781 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / References: UniProt: P08168 #2: Chemical | ChemComp-I3P / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-EDO / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.13 Å3/Da / Density % sol: 70.21 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 40 mM PIPES pH 7.2/0.6 M KCl/22% ethylene glycol/5.7% polyethylene glycol 6000/13% polyethylene glycol 200/4% polyethylene glycol 1000 PH range: 6.8-7.2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 7A (6B, 6C1) / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Apr 28, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3→47.7 Å / Num. obs: 59857 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 71.4 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 19.8 |
Reflection shell | Resolution: 3→3.16 Å / Rmerge(I) obs: 0.469 / Num. unique obs: 8712 / CC1/2: 0.918 / Rpim(I) all: 0.183 / Rrim(I) all: 0.504 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1CF1 Resolution: 3→46.925 Å / SU ML: 0.4 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 23.65 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 216.48 Å2 / Biso mean: 73.3421 Å2 / Biso min: 37.13 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3→46.925 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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