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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f1x
タイトルX-ray crystal structure of visual arrestin complexed with inositol 1,4,5-triphosphate
要素S-arrestin
キーワードSIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


opsin binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / G protein-coupled receptor internalization / response to light stimulus / photoreceptor outer segment / photoreceptor inner segment / G protein-coupled receptor binding / phosphoprotein binding / シグナル伝達 / 生体膜 ...opsin binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / G protein-coupled receptor internalization / response to light stimulus / photoreceptor outer segment / photoreceptor inner segment / G protein-coupled receptor binding / phosphoprotein binding / シグナル伝達 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Arrestin, conserved site / Arrestins signature. / アレスチン / Arrestin, N-terminal / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin-like, C-terminal / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE / グルタルアルデヒド / S-arrestin
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Jang, K. / Kang, M. / Eger, B.T. / Choe, H.W. / Ernst, O.P. / Kim, Y.J.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2017M3A9F6029733 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)2017R1B5A2086096 韓国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Structural evidence for visual arrestin priming via complexation of phosphoinositols.
著者: Sander, C.L. / Luu, J. / Kim, K. / Furkert, D. / Jang, K. / Reichenwallner, J. / Kang, M. / Lee, H.J. / Eger, B.T. / Choe, H.W. / Fiedler, D. / Ernst, O.P. / Kim, Y.J. / Palczewski, K. / Kiser, P.D.
履歴
登録2021年6月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月3日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.22023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-arrestin
B: S-arrestin
C: S-arrestin
D: S-arrestin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,38212
ポリマ－181,3394
非ポリマー2,0438
水362
1
A: S-arrestin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8553
ポリマ－45,3351
非ポリマー5202
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area540 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area18690 Å2
手法PISA
2
B: S-arrestin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8553
ポリマ－45,3351
非ポリマー5202
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area540 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area19140 Å2
手法PISA
3
C: S-arrestin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8173
ポリマ－45,3351
非ポリマー4822
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area550 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area18180 Å2
手法PISA
4
D: S-arrestin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8553
ポリマ－45,3351
非ポリマー5202
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area570 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area18950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)167.566, 187.702, 190.817
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質
S-arrestin / 48 kDa protein / Retinal S-antigen / S-AG / Rod photoreceptor arrestin


分子量: 45334.781 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P08168
#2: 化合物
ChemComp-I3P / D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE / イノシト-ル1,4,5-トリスりん酸 / イノシトールトリスリン酸


分子量: 420.096 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15O15P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PTD / PENTANEDIAL / グルタルアルデヒド / グルタルアルデヒド


分子量: 100.116 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H8O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.21 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 40 mM PIPES pH 7.2/0.6 M KCl/22% ethylene glycol/5.7% polyethylene glycol 6000/13% polyethylene glycol 200/4% polyethylene glycol 1000
PH範囲: 6.8-7.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→47.7 Å / Num. obs: 59857 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 71.4 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / Rmerge(I) obs: 0.469 / Num. unique obs: 8712 / CC1/2: 0.918 / Rpim(I) all: 0.183 / Rrim(I) all: 0.504

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CF1

1cf1


解像度: 3→46.925 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2388 2993 5.02 %RANDOM
Rwork0.2061 56598 --
obs0.2077 59591 98.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 216.48 Å2 / Biso mean: 73.3421 Å2 / Biso min: 37.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→46.925 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11475 0 121 2 11598
Biso mean--95.52 44.4 -
残基数----1453
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00311819
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5616030
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451873
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042019
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.347260
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3-3.04920.38881360.32212694100
3.0492-3.10180.35151450.32832656100
3.1018-3.15810.35531480.29492702100
3.1581-3.21890.33961320.26952725100
3.2189-3.28460.30261600.24552644100
3.2846-3.3560.24621560.25062711100
3.356-3.4340.25051490.23662681100
3.434-3.51990.2751420.23882675100
3.5199-3.6150.29921340.23812729100
3.615-3.72130.2671360.2264269399
3.7213-3.84140.24041300.2266268899
3.8414-3.97860.25551420.21132726100
3.9786-4.13780.24361430.2044267599
4.1378-4.3260.2131430.1849273799
4.326-4.55390.17881560.16822681100
4.5539-4.8390.17921380.1507274399
4.839-5.21210.19851520.15632713100
5.2121-5.73580.21671410.18942751100
5.7358-6.56390.25721470.19812762100
6.5639-8.26240.23491480.1912764100
8.2624-46.9250.20361150.204244884
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.70142.39351.83864.0084-0.71033.1024-0.2636-0.43270.4767-0.4234-0.15980.2246-0.3469-0.56480.35840.33170.11490.0210.44370.03630.4935137.4414244.2288205.1785
27.0853-1.30870.25221.81650.0850.94610.2545-1.01130.61760.0075-0.1258-0.04650.0827-0.0426-0.15450.459-0.00310.0060.57450.04650.3477143.1936237.5871210.5334
34.3718-0.8604-2.09741.8150.77851.0823-0.57670.4215-0.11050.06560.4418-0.25750.2762-0.25120.07610.4457-0.0103-0.02910.58530.04940.4145148.4485228.2047195.7382
42.73990.98030.07350.8156-0.40130.39470.1234-0.4917-0.32990.4799-0.1258-0.05080.03110.10690.04540.5940.20090.03010.69040.0880.523138.0856230.0351213.8039
53.23040.82120.10471.33240.38733.74290.1567-0.85460.17430.2251-0.1686-0.215-0.1719-0.1956-0.05110.37580.0822-0.02570.46380.02540.441144.7498237.4367212.2704
63.1828-0.1380.08882.0523-0.5361.2662-0.28430.4070.1545-0.53580.19720.13030.2754-0.02170.03950.62980.018-0.03220.65270.03640.5127143.5971229.8397194.5169
75.37411.1636-0.21840.8091-0.16780.7238-0.3767-0.77390.20260.03630.2811-0.0261-0.3197-0.12140.01560.54440.15250.04710.61660.01480.5976157.1886237.7318206.6055
83.5299-0.1395-0.92131.1652-0.02693.6018-0.3956-0.91070.37220.05030.3682-0.03260.06140.52820.01440.5-0.01170.04420.4645-0.00910.6316188.8392240.3573200.4753
95.34421.1125-0.59132.1965-0.02970.591-0.16960.47560.822-0.14660.1669-0.1193-0.1489-0.1233-0.00160.54040.06960.06840.43350.08220.5007182.894244.417194.8778
103.4637-0.28170.44823.2797-0.78373.5882-0.19430.26560.03050.06170.16090.0236-0.2907-0.2070.06290.49330.13520.02870.67760.06590.4959162.5354238.0277197.7065
110.9503-0.3806-0.00931.050.33520.11940.1870.72490.2509-0.0335-0.0533-0.5629-0.2622-0.2142-0.02380.34670.08240.0550.60660.02660.5543185.5601239.3604189.9352
126.505-1.2499-2.42370.80561.21151.84420.2337-0.22340.852-0.1706-0.03690.0063-0.2171-0.1199-0.17380.64710.06410.07170.54090.01590.679158.6382245.9747205.6718
132.16750.2231.71632.51440.04481.9141-0.1875-0.4692-0.21950.6779-0.1379-1.172-0.0720.67030.07120.7252-0.0818-0.21340.95440.14281.1225232.4745222.1372222.6745
141.61780.5578-0.20613.4054-1.23573.34010.4258-0.0641-0.32240.5128-0.657-0.94770.32050.47170.29490.7323-0.1439-0.14630.8056-0.02570.9701224.4242224.8662219.4178
151.8497-1.14670.69723.9624-1.25482.16740.0023-0.06250.60520.3355-0.1028-0.2429-0.43610.06130.10850.621-0.20480.0420.479-0.11650.7475210.7595248.6633208.7423
161.21840.80911.12821.01050.06934.47090.3974-0.0687-1.15530.0336-0.32150.4906-0.0364-0.5721-0.09060.6409-0.23120.13360.6581-0.03330.9003202.3445252.9694205.146
171.75830.30220.38311.4621-0.71441.6474-0.1379-1.15280.78430.27570.1219-0.8640.6340.4633-0.2541.0309-0.1959-0.28781.3096-0.14141.2197232.6854237.251225.7955
181.67870.7894-1.48642.10750.3563.7475-0.0285-0.0013-0.27020.06170.00840.06431.1027-0.7917-0.06870.7464-0.12910.01820.616-0.13620.603193.7478206.2874264.0255
192.33121.5619-0.55431.55710.23982.58570.02460.1546-0.25080.2005-0.0103-0.11650.386-0.34370.07180.5087-0.0317-0.10770.4073-0.00180.4396196.4693214.3591272.71
200.1124-0.0786-0.46372.5586-0.282.04820.2924-0.0007-0.00110.31080.28440.20570.1136-0.093-0.39420.3972-0.0675-0.0540.5913-0.14160.5526195.5731219.2229266.8707
211.5717-0.52950.34941.63960.98392.61940.1445-0.0029-0.13170.0691-0.1178-0.04440.2745-0.175-0.04120.6103-0.1148-0.00390.5719-0.070.5264198.6849214.0492266.1232
221.27220.1783-0.47761.06520.60516.4542-0.05690.2262-0.2318-0.06230.10470.05650.45120.19130.06890.6958-0.07470.04750.5444-0.07530.5435197.116210.5626252.7631
233.6664-0.284-1.1052.2830.54753.74660.0410.32080.4432-0.22520.2084-0.0150.5706-0.5918-0.21550.6447-0.0713-0.08120.409-0.08780.4587206.9588208.6818221.6099
240.7268-0.7451-0.79840.78291.15364.5426-0.0205-0.05690.16650.04160.3793-0.22530.77260.7399-0.29310.7129-0.0476-0.01810.548-0.07630.5355212.0899204.8947227.2425
251.05740.3118-0.89872.0683-0.3644.7727-0.1192-0.1297-0.11850.20320.04680.00930.62150.33650.07230.6021-0.0018-0.09050.5651-0.05410.5315210.5237208.9065239.8077
260.93840.5631-1.79481.10930.42516.1933-0.3627-0.253-0.25330.1858-0.22670.06060.87120.15430.36890.7779-0.09410.06620.5611-0.0780.5399197.7412203.0967249.9557
272.1329-0.32920.63363.2159-0.05893.6390.17850.49390.2467-0.5658-0.12640.477-0.1422-0.7251-0.09710.55520.0873-0.0620.77340.05960.5693188.9335227.1296178.1234
280.7891-0.63150.24343.3183-1.3752.61640.010.1243-0.07290.0625-0.01750.21210.6743-0.2138-0.07250.7769-0.13740.05250.5473-0.11370.4516199.4384201.1326196.7289
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 26 )A9 - 26
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 27 through 55 )A27 - 55
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 56 through 83 )A56 - 83
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 84 through 101 )A84 - 101
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 102 through 132 )A102 - 132
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 133 through 165 )A133 - 165
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 166 through 188 )A166 - 188
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 189 through 219 )A189 - 219
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 220 through 286 )A220 - 286
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 287 through 322 )A287 - 322
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 323 through 346 )A323 - 346
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 347 through 386 )A347 - 386
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 10 through 132 )B10 - 132
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 133 through 190 )B133 - 190
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 191 through 336 )B191 - 336
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 337 through 356 )B337 - 356
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 357 through 385 )B357 - 385
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 9 through 40 )C9 - 40
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 41 through 67 )C41 - 67
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 68 through 101 )C68 - 101
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 102 through 165 )C102 - 165
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 166 through 188 )C166 - 188
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 189 through 219 )C189 - 219
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 220 through 280 )C220 - 280
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 281 through 346 )C281 - 346
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 347 through 385 )C347 - 385
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 10 through 178 )D10 - 178
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 179 through 385 )D179 - 385

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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