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- EMDB-25479: 2.3 A structure of the ATP-dependent chromatin remodeler Chd1 bou... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25479
タイトル2.3 A structure of the ATP-dependent chromatin remodeler Chd1 bound to the nucleosome in a nucleotide-free state
マップデータSharpened 2.3A map with a negative bfactor (-30) in an orientation aligned to a common reference.
試料
  • 複合体: Chd1 ATP-dependent chromatin remodeler bound to a nucleosome in a nucleotide-free state
キーワードCHD1 / chromatin remodeling / ATPase / DBD / nucleosome / remodeling / transcription / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleolar chromatin / regulation of transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / negative regulation of DNA-templated DNA replication / regulation of chromatin organization / rDNA binding / SLIK (SAGA-like) complex / DNA double-strand break processing / nucleosome organization / SAGA complex / sister chromatid cohesion ...nucleolar chromatin / regulation of transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / negative regulation of DNA-templated DNA replication / regulation of chromatin organization / rDNA binding / SLIK (SAGA-like) complex / DNA double-strand break processing / nucleosome organization / SAGA complex / sister chromatid cohesion / ATP-dependent chromatin remodeler activity / termination of RNA polymerase II transcription / termination of RNA polymerase I transcription / ATP-dependent activity, acting on DNA / methylated histone binding / helicase activity / transcription elongation by RNA polymerase II / double-strand break repair via homologous recombination / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / chromatin DNA binding / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / site of double-strand break / histone binding / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / DNA binding / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Chromodomain helicase DNA-binding domain / Chromodomain helicase DNA-binding domain 1 / Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1-like, C-terminal domain / Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1-like, C-terminal / DUF4208 / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. ...Chromodomain helicase DNA-binding domain / Chromodomain helicase DNA-binding domain 1 / Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1-like, C-terminal domain / Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1-like, C-terminal / DUF4208 / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Chromo-like domain superfamily / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Helicase conserved C-terminal domain / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Homeobox-like domain superfamily / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H2B / Histone H3 / Histone H2A type 1 / Chromo domain-containing protein 1 / Histone H4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Nodelman IM / Das S / Faustino AM / Fried SD / Bowman GD / Armache J-P
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM084192 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Nucleosome recognition and DNA distortion by the Chd1 remodeler in a nucleotide-free state.
著者: Ilana M Nodelman / Sayan Das / Anneliese M Faustino / Stephen D Fried / Gregory D Bowman / Jean-Paul Armache /
要旨: Chromatin remodelers are ATP-dependent enzymes that reorganize nucleosomes within all eukaryotic genomes. Here we report a complex of the Chd1 remodeler bound to a nucleosome in a nucleotide-free ...Chromatin remodelers are ATP-dependent enzymes that reorganize nucleosomes within all eukaryotic genomes. Here we report a complex of the Chd1 remodeler bound to a nucleosome in a nucleotide-free state, determined by cryo-EM to 2.3 Å resolution. The remodeler stimulates the nucleosome to absorb an additional nucleotide on each strand at two different locations: on the tracking strand within the ATPase binding site and on the guide strand one helical turn from the ATPase motor. Remarkably, the additional nucleotide on the tracking strand is associated with a local transformation toward an A-form geometry, explaining how sequential ratcheting of each DNA strand occurs. The structure also reveals a histone-binding motif, ChEx, which can block opposing remodelers on the nucleosome and may allow Chd1 to participate in histone reorganization during transcription.
履歴
登録2021年11月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月2日-
マップ公開2022年3月2日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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  • 原子モデル: PDB-7swy
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  • 原子モデル: PDB-7tn2
  • 表面レベル: 0.35
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  • 原子モデルPDB-7swy
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_25479.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25479.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened 2.3A map with a negative bfactor (-30) in an orientation aligned to a common reference.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.97 Å/pix.
x 320 pix.
= 311.04 Å		0.97 Å/pix.
x 320 pix.
= 311.04 Å		0.97 Å/pix.
x 320 pix.
= 311.04 Å

表面

投影像

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断面 (1/2)

断面 (2/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.972 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.35 / ムービー #1: 0.35
最小 - 最大-1.2558928 - 3.583609
平均 (標準偏差)0.0021409176 (±0.06937375)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 311.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.9720.9720.972
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z311.040311.040311.040
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-1.2563.5840.002

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_25479_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened 2.3A map in an orientation aligned to a common reference.

ファイルemd_25479_additional_1.map
注釈Unsharpened 2.3A map in an orientation aligned to a common reference.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: FSC Mask from cryoSPARC (before auto-tightening)

ファイルemd_25479_additional_2.map
注釈FSC Mask from cryoSPARC (before auto-tightening)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

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追加マップ: Refine Mask from cryoSPARC

ファイルemd_25479_additional_3.map
注釈Refine Mask from cryoSPARC
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map 1 (half A) from cryoSPARC

ファイルemd_25479_half_map_1.map
注釈half-map 1 (half_A) from cryoSPARC
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map 2 (half B) from cryoSPARC

ファイルemd_25479_half_map_2.map
注釈half-map 2 (half_B) from cryoSPARC
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Chd1 ATP-dependent chromatin remodeler bound to a nucleosome in a...

全体名称: Chd1 ATP-dependent chromatin remodeler bound to a nucleosome in a nucleotide-free state
要素
  • 複合体: Chd1 ATP-dependent chromatin remodeler bound to a nucleosome in a nucleotide-free state

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超分子 #1: Chd1 ATP-dependent chromatin remodeler bound to a nucleosome in a...

超分子名称: Chd1 ATP-dependent chromatin remodeler bound to a nucleosome in a nucleotide-free state
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: This entry has a weak DNA-binding domain
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 400 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.7 mg/mL
緩衝液pH: 7
詳細: 20 mM HEPES, pH 7.0, 60 mM KCl, 1.5 mM DTT, 1 mM MgCl2
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 10 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Nucleosome-bound CHD1, prepared in the presence of ATPgammaS, and then crosslinked using GraFix.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 11520 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 8184 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6906 / 平均露光時間: 3.3 sec. / 平均電子線量: 49.9 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 28.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 4.0 µm / 倍率（補正後）: 46296 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Data collected in Super Resolution at 0.54A/pixel. Motion corrected, 1.5x fourier binned, dose-weighed
粒子像選択選択した数: 10900948
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Ab initio model from cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2) / 使用した粒子像数: 450533
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

3lz0

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3mwy

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
詳細phenix.real_space_refine
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-7swy:
2.6 A structure of a 40-601[TA-rich+1]-40 nucleosome

PDB-7tn2:
Composite model of a Chd1-nucleosome complex in the nucleotide-free state derived from 2.3A and 2.7A Cryo-EM maps

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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