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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24941 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Helicobacter Hepaticus CcsBA Open Conformation | ||||||||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Cytochrome c biogenesis / Heme transporter / Heme lyase / MEMBRANE PROTEIN | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | ResB-like domain / ResB-like family / Cytochrome c-type biogenesis protein CcsA/CcmC / Cytochrome c assembly protein / Cytochrome C assembly protein / cytochrome complex assembly / heme binding / membrane / Cytochrome c biogenesis protein 機能・相同性情報 | ||||||||||||||||||
生物種 | Helicobacter hepaticus (バクテリア) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.56 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Mendez DL / Lowder EP | ||||||||||||||||||
資金援助 | 5件
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引用 | ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM of CcsBA reveals the basis for cytochrome c biogenesis and heme transport. 著者: Deanna L Mendez / Ethan P Lowder / Dustin E Tillman / Molly C Sutherland / Andrea L Collier / Michael J Rau / James A J Fitzpatrick / Robert G Kranz / 要旨: Although the individual structures and respiratory functions of cytochromes are well studied, the structural basis for their assembly, including transport of heme for attachment, are unknown. We ...Although the individual structures and respiratory functions of cytochromes are well studied, the structural basis for their assembly, including transport of heme for attachment, are unknown. We describe cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of CcsBA, a bifunctional heme transporter and cytochrome c (cyt c) synthase. Models built from the cryo-EM densities show that CcsBA is trapped with heme in two conformations, herein termed the closed and open states. The closed state has heme located solely at a transmembrane (TM) site, with a large periplasmic domain oriented such that access of heme to the cytochrome acceptor is denied. The open conformation contains two heme moieties, one in the TM-heme site and another in an external site (P-heme site). The presence of heme in the periplasmic site at the base of a chamber induces a large conformational shift that exposes the heme for reaction with apocytochrome c (apocyt c). Consistent with these structures, in vivo and in vitro cyt c synthase studies suggest a mechanism for transfer of the periplasmic heme to cytochrome. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24941.map.gz | 59.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24941-v30.xml emd-24941.xml | 17.5 KB 17.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_24941.png | 78.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-24941.cif.gz | 7.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24941 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24941 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_24941_validation.pdf.gz | 476.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_24941_full_validation.pdf.gz | 476.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_24941_validation.xml.gz | 6.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_24941_validation.cif.gz | 7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24941 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24941 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24941.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Complex of CcsBA with two hemes present
全体 | 名称: Complex of CcsBA with two hemes present |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of CcsBA with two hemes present
超分子 | 名称: Complex of CcsBA with two hemes present / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Purified from E. coli in DDM |
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由来(天然) | 生物種: Helicobacter hepaticus (バクテリア) |
-分子 #1: Cytochrome c biogenesis protein
分子 | 名称: Cytochrome c biogenesis protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Helicobacter hepaticus (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 107.291469 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MMNIIKTLFC SMKMVLLLIG IYATACGIAT FIEKYEGTLA ARLWVYDAFW FEILHIWLVA CLIGCFITSK AWQRKKYASL LLHASFIVI IIGAGITRYY GFEGLMNLRE GQSVNFISTN THYIFIQIKN PQGDVESVRI PTYIDEKVNH KINQHLTFFG K PLTLHTEE ...文字列: MMNIIKTLFC SMKMVLLLIG IYATACGIAT FIEKYEGTLA ARLWVYDAFW FEILHIWLVA CLIGCFITSK AWQRKKYASL LLHASFIVI IIGAGITRYY GFEGLMNLRE GQSVNFISTN THYIFIQIKN PQGDVESVRI PTYIDEKVNH KINQHLTFFG K PLTLHTEE FTAKQVNMSE LFILNASIDF LGKNEKTLIM RDGNNAPTKE NITMLEIEGY KIFLAWGIDN IALPFSIKLK KF ELERYPG SNSPASYTSE VEVLDGQNPP LPFRIFMNNV LDYGGYRFFQ SSYHPDEKGS ILSVNNDPGK TPTYIGYAML ILG VIWLLF DKNGRFATLG RFLKTQKFFS LMLCSALCYA LSSPQIAYAS TQSQTDFQPL SENEIPPLQD IPSMIKALAD TSSL TNDFD RILVQDFGGR IKPMHTLANE YIHKLTQQRT FKGLNPSQVF LGMLFYPQEW QSIQMIATKS PKLRQILGLD ENQKH IAYI DVFTPQGQYI LQNYVEAANL KSPSLRDTFE KDVISVDERI NYAFLIYTGQ VLRIFPDNKS PNNQWLYPLQ AISSAV AQD DTKKAKELMQ IYKKFAQGMQ QGINTHNWQE AAQATRDIRT FQQNNGGSLL ISPAKVDSEI WLNLYNPFYQ LTYPYIF IS IVLFIIVLVG ILKNTPTRPL IHKVFYILLF ALFILHTCGL GLRWYVSEHA PWSNAYESML YIAWAAILSG VVFFRRSN L ALCASSFLAG MTLFVANLGD MDPQIGNLMP VLKSYWLNIH VSVITASYGF LGLCFMLGLI TLIMFLLRNE KRSQVDCSI LSLSALNEMS MILGLFLLSV GNFLGGIWAN ESWGRYWGWD SKETWALISI GVYAIILHLR FVVPKNFPFI FASASVIGFF SVLMTYFGV NYYLTGMHSY AAGEAEPVPL WVELMVAGII LLIIIASRKR VLDMPHLHHH HHH UniProtKB: Cytochrome c biogenesis protein |
-分子 #2: HEME B/C
分子 | 名称: HEME B/C / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: HEB |
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分子量 | 理論値: 618.503 Da |
Chemical component information | ChemComp-HEB: |
-分子 #3: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
分子 | 名称: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: PTY |
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分子量 | 理論値: 734.039 Da |
Chemical component information | ChemComp-PTY: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2.8 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 0.009300000000000001 kPa | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: Blot for 2 seconds at a blot force of -1 and plunge frozen. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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温度 | 最低: 82.0 K / 最高: 84.0 K |
特殊光学系 | 球面収差補正装置: Microscope is outfitted with a Cs image corrector with two hexapole elements. エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV / 詳細: Specific energy filter was a Gatan BioQuantum 968. |
詳細 | Preliminary grid screening was performed manually. |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3832 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3704 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8676 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 66.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 150.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.0 µm / 倍率(補正後): 105000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
詳細 | De novo modelling was undertaken using COOT. Both Phenix and ISOLDE were used for refinement |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
得られたモデル | PDB-7s9y: |