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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24720 | |||||||||
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タイトル | SaPIbov5 procapsid structure including size redirecting protein Ccm | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | HK97-like fold / capsid size redirection / major capsid protein / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ATP-dependent peptidase activity / membrane => GO:0016020 / serine-type endopeptidase activity 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Hawkins NC / Kizziah JL | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Shape shifter: redirection of prolate phage capsid assembly by staphylococcal pathogenicity islands. 著者: N'Toia C Hawkins / James L Kizziah / José R Penadés / Terje Dokland / 要旨: Staphylococcus aureus pathogenicity islands (SaPIs) are molecular parasites that hijack helper phages for their transfer. SaPIbov5, the prototypical member of a family of cos type SaPIs, redirects ...Staphylococcus aureus pathogenicity islands (SaPIs) are molecular parasites that hijack helper phages for their transfer. SaPIbov5, the prototypical member of a family of cos type SaPIs, redirects the assembly of ϕ12 helper capsids from prolate to isometric. This size and shape shift is dependent on the SaPIbov5-encoded protein Ccm, a homolog of the ϕ12 capsid protein (CP). Using cryo-electron microscopy, we have determined structures of prolate ϕ12 procapsids and isometric SaPIbov5 procapsids. ϕ12 procapsids have icosahedral end caps with T = 4 architecture and a T = 14 cylindrical midsection, whereas SaPIbov5 procapsids have T = 4 icosahedral architecture. We built atomic models for CP and Ccm, and show that Ccm occupies the pentameric capsomers in the isometric SaPIbov5 procapsids, suggesting that preferential incorporation of Ccm pentamers prevents the cylindrical midsection from forming. Our results highlight that pirate elements have evolved diverse mechanisms to suppress phage multiplication, including the acquisition of phage capsid protein homologs. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24720.map.gz | 470.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24720-v30.xml emd-24720.xml | 14.7 KB 14.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_24720_fsc.xml | 18.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_24720.png | 181.4 KB | ||
マスクデータ | emd_24720_msk_1.map | 512 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-24720.cif.gz | 5.4 KB | ||
その他 | emd_24720_half_map_1.map.gz emd_24720_half_map_2.map.gz | 412 MB 412 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24720 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24720 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_24720_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_24720_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_24720_validation.xml.gz | 25.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_24720_validation.cif.gz | 34.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24720 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24720 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24720.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_24720_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_24720_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_24720_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SaPIbov5 procapsid
全体 | 名称: SaPIbov5 procapsid |
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要素 |
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-超分子 #1: SaPIbov5 procapsid
超分子 | 名称: SaPIbov5 procapsid / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) |
-分子 #1: Cos capsid morphogenesis protein (Ccm)
分子 | 名称: Cos capsid morphogenesis protein (Ccm) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) |
分子量 | 理論値: 40.468102 KDa |
組換発現 | 生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) |
配列 | 文字列: MKIMKEFKEQ FGYQLSNFDD MDIKGYANLY QKDIGKDVSM IEQGLKQLSI TETEVLLPEQ INKKLLGVLN MNEVNQSSNT WVGTLTKQL VSSENNFNIQ ELPTARKEVF KELLVNRELP QTLRDVITIT DDEHVESIPA LSYIKDKLAT NGIELSLNGS S KYFDRREG ...文字列: MKIMKEFKEQ FGYQLSNFDD MDIKGYANLY QKDIGKDVSM IEQGLKQLSI TETEVLLPEQ INKKLLGVLN MNEVNQSSNT WVGTLTKQL VSSENNFNIQ ELPTARKEVF KELLVNRELP QTLRDVITIT DDEHVESIPA LSYIKDKLAT NGIELSLNGS S KYFDRREG HIYTEVADSV VHGSDRTLDD LLKEIFINEC VSYETTLLLD KNNASGLIDK DNQDLSLYNQ GIKEVSNTSM YD GIKQAMK DIPQTFRRKV SVVMNTEHHD KLIKELAQMG LGTLAGDLTK LFNVSHVVVT DDAQDIFVGD FGHAIYAKYE PIM YNKKKQ ALKGVYQFAL NYVFDIKIVP ELLRIVKVK UniProtKB: Uncharacterized protein |
-分子 #2: Major capsid protein
分子 | 名称: Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) |
分子量 | 理論値: 45.29282 KDa |
組換発現 | 生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) |
配列 | 文字列: MRNFKNDNEL LGGNEMPTLY ELKQSLGMIG QQLKNKNDEL SQKATDPNID MEDIKQLETE KAGLQQRFNI VERQVQDIEE KEKAKVKDK GEAYQSLSDN EKMVKAKAEF YRHAILPNEF EKPSMEAQRL LHALPTGNDS GGDKLLPKTL SKEIVSEPFA K NQLREKAR ...文字列: MRNFKNDNEL LGGNEMPTLY ELKQSLGMIG QQLKNKNDEL SQKATDPNID MEDIKQLETE KAGLQQRFNI VERQVQDIEE KEKAKVKDK GEAYQSLSDN EKMVKAKAEF YRHAILPNEF EKPSMEAQRL LHALPTGNDS GGDKLLPKTL SKEIVSEPFA K NQLREKAR LTNIKGLEIP RVSYTLDDDD FITDVETAKE LKAKGDTVKF TTNKFKVFAA ISDTVIHGSD VDLVNWVENA LQ SGLAAKE RKDALAVSPK SGLEHMSFYN GSVKEVEGAD MYDAIINALA DLHEDYRDNA TIYMRYADYV KIISVLSNGT TNF FDTPAE KVFGKPVVFT DAAVKPIVGD FNYFGINYDG TTYDTDKDVK KGEYLFVLTA WYDQQRTLDS AFRIAKAKEN TGPL PS UniProtKB: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |