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万見
- EMDB-2062: Cryphonectria nitschkei Virus (CnV)capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2062
タイトルCryphonectria nitschkei Virus (CnV)capsid
マップデータReconstruction of Cryphonectria nitschkei Virus
試料
  • 試料: Cryphonectria nitschkei virus
  • ウイルス: Cryphonectria nitschkei chrysovirus 1 (ウイルス)
キーワードdouble-stranded RNA / fungal virus / viral structure / T=1 virus / duplicated helical fold
生物種Cryphonectria nitschkei chrysovirus 1 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 8.1 Å
データ登録者Gomez-Blanco J / Luque D / Gonzalez JM / Carrascosa JL / Alfonso C / Trus B / Havens WH / Ghabrial SA / Caston JR
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2012
タイトル: Cryphonectria nitschkei virus 1 structure shows that the capsid protein of chrysoviruses is a duplicated helix-rich fold conserved in fungal double-stranded RNA viruses.
著者: Josué Gómez-Blanco / Daniel Luque / José M González / José L Carrascosa / Carlos Alfonso / Benes Trus / Wendy M Havens / Said A Ghabrial / José R Castón /
要旨: Cryoelectron microscopy reconstruction of Cryphonectria nitschkei virus 1, a double-stranded RNA (dsRNA) virus, shows that the capsid protein (60 copies/particle) is formed by a repeated helical ...Cryoelectron microscopy reconstruction of Cryphonectria nitschkei virus 1, a double-stranded RNA (dsRNA) virus, shows that the capsid protein (60 copies/particle) is formed by a repeated helical core, indicative of gene duplication. This unusual organization is common to chrysoviruses. The arrangement of many of these putative α-helices is conserved in the totivirus L-A capsid protein, suggesting a shared motif. Our results indicate that a 120-subunit T=1 capsid is a conserved architecture that optimizes dsRNA replication and organization.
履歴
登録2012年3月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年9月26日-
マップ公開2012年9月26日-
更新2014年1月22日-
現状2014年1月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.425
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.425
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2062.png

emd_2062.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2062.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of Cryphonectria nitschkei Virus
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.03 Å/pix.
x 256 pix.
= 520.704 Å		2.03 Å/pix.
x 256 pix.
= 520.704 Å		2.03 Å/pix.
x 256 pix.
= 520.704 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.034 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.425 / ムービー #1: 0.425
最小 - 最大-0.62426001 - 1.48303425
平均 (標準偏差)0.01994015 (±0.17329407)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 520.704 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.0342.0342.034
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z520.704520.704520.704
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.6241.4830.020

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cryphonectria nitschkei virus

全体名称: Cryphonectria nitschkei virus
要素
  • 試料: Cryphonectria nitschkei virus
  • ウイルス: Cryphonectria nitschkei chrysovirus 1 (ウイルス)

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超分子 #1000: Cryphonectria nitschkei virus

超分子名称: Cryphonectria nitschkei virus / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: icosahedral / Number unique components: 1

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超分子 #1: Cryphonectria nitschkei chrysovirus 1

超分子名称: Cryphonectria nitschkei chrysovirus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Cryphonectria nitschkei Virus / NCBI-ID: 399394 / 生物種: Cryphonectria nitschkei chrysovirus 1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Cryphonectria nitschkei Virus
宿主生物種: Cryphonectria nitschkei (菌類) / 別称: FUNGI
分子量理論値: 8.2 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 400 Å / T番号(三角分割数): 1

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8 / 詳細: 50 mM Tris-HCl pH 7.8, 5 mM EDTA,150 mM NaCl
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Samples were applied to grids, blotted and plunged into liquid ethane
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 98 K / 装置: LEICA EM CPC

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
日付2011年12月1日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 950 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 62463 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 62000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Phase flipping & amplitude
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Xmipp / 使用した粒子像数: 18732

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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