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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23147 | |||||||||
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タイトル | Binjari virus (BinJV) | |||||||||
![]() | Local-resolution filtered map | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / membrane => GO:0016020 / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane ...flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / membrane => GO:0016020 / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / extracellular region / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | |||||||||
![]() | Hardy JM / Venugopal HV / Newton ND / Watterson D / Coulibaly FJ | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The structure of an infectious immature flavivirus redefines viral architecture and maturation. 著者: Natalee D Newton / Joshua M Hardy / Naphak Modhiran / Leon E Hugo / Alberto A Amarilla / Summa Bibby / Hariprasad Venugopal / Jessica J Harrison / Renee J Traves / Roy A Hall / Jody Hobson- ...著者: Natalee D Newton / Joshua M Hardy / Naphak Modhiran / Leon E Hugo / Alberto A Amarilla / Summa Bibby / Hariprasad Venugopal / Jessica J Harrison / Renee J Traves / Roy A Hall / Jody Hobson-Peters / Fasséli Coulibaly / Daniel Watterson / ![]() 要旨: Flaviviruses are the cause of severe human diseases transmitted by mosquitoes and ticks. These viruses use a potent fusion machinery to enter target cells that needs to be restrained during viral ...Flaviviruses are the cause of severe human diseases transmitted by mosquitoes and ticks. These viruses use a potent fusion machinery to enter target cells that needs to be restrained during viral assembly and egress. A molecular chaperone, premembrane (prM) maintains the virus particles in an immature, fusion-incompetent state until they exit the cell. Taking advantage of an insect virus that produces particles that are both immature and infectious, we determined the structure of the first immature flavivirus with a complete spike by cryo-electron microscopy. Unexpectedly, the prM chaperone forms a supporting pillar that maintains the immature spike in an asymmetric and upright state, primed for large rearrangements upon acidification. The collapse of the spike along a path defined by the prM chaperone is required, and its inhibition by a multivalent immunoglobulin M blocks infection. The revised architecture and collapse model are likely to be conserved across flaviviruses. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 270 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.2 KB 16.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 302.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 371.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 371.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Local-resolution filtered map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.34 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Binjari virus
全体 | 名称: ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Binjari virus
超分子 | 名称: Binjari virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: M and E from Binjari virus form a complex that assembles into anti-parallel dimers, (M-E)2, in the T=3 icosahedral particle. NCBI-ID: 2305258 / 生物種: Binjari virus / Sci species strain: BFTA20 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 22 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 470.0 Å / T番号(三角分割数): 3 |
-分子 #1: Envelope protein E
分子 | 名称: Envelope protein E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 53.495086 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: NQCLDVQSRD FVQGVSGGTW VDVVLDHDNC ITIVADGKPS FDIRLSKMSM SKFAEYKRYC LQATMSDVTS IVACPGAGDA HNDKSKNHE YICKAVNNDR GWGNGCVLFG KGSMETCGKF ECKKKMAGKL VARENVESVV TVHVHGASAT DTKGVDTAST A KATITPKA ...文字列: NQCLDVQSRD FVQGVSGGTW VDVVLDHDNC ITIVADGKPS FDIRLSKMSM SKFAEYKRYC LQATMSDVTS IVACPGAGDA HNDKSKNHE YICKAVNNDR GWGNGCVLFG KGSMETCGKF ECKKKMAGKL VARENVESVV TVHVHGASAT DTKGVDTAST A KATITPKA SVATLNLNDF GSLEVDCSTD VGMDFGEIVV ADMSGKWWIV NKDWFNELAL PWSTASTTAE VWQARDRLVE FG WPHAAKQ NIYDIGDQEG AVTAAIAQAP MAKWESDKVE LISGILKCKV KLGNLKLRGV TYSMCAQTFT TETRPADTGH GTV AFKVKY VGTDVPCRVP LHIIDSDGGV AAGRVITAHP FVMKQNDYII LEVEPPFGDS KIEIGTGTTK LVEAWHRKGS SIGN AFTAT YKGITKLTVL GEHAWDFNSL GGFGASLGKA VHTLFGGVFR VMFGGMGWLT KIFVGAVLVW LGLGAHDKTI ATTMI LVGS ILMYMAVTVG ALS |
-分子 #2: prM protein
分子 | 名称: prM protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 18.946809 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: ATLRTVGDLT WLNVSTTDVG KWIRVENRHG KGECFVTATD VGTWCSDSVG YECPQIAPAY DPEDLDCYCR NTSTYVTYGR CKNGRSGRS RSKRAITIAP HGEAGLRVGS TKHWTSRATP QRYLMRVEKW VLRHPLPALV LVVLGWMMGR SHGQRAMYIV L MLLVAPSY G |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 4 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: 0 second wait time 2.5 second blot time -4 blot force 1 second drain time. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6226 / 平均露光時間: 12.8 sec. / 平均電子線量: 43.2768 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 4.3 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.1 µm / 倍率(補正後): 105000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |