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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22928 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of the yeast TRAPPIII-Ypt1(Rab1) complex | |||||||||||||||||||||||||||||||||
マップデータ | Unsharpened reconstruction | |||||||||||||||||||||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 pre-mRNA catabolic process / autophagy of peroxisome / Cvt vesicle assembly / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / Golgi vesicle docking / regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / Golgi vesicle budding / RAB geranylgeranylation / TRAPPI protein complex / SNARE complex disassembly ...pre-mRNA catabolic process / autophagy of peroxisome / Cvt vesicle assembly / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / Golgi vesicle docking / regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / Golgi vesicle budding / RAB geranylgeranylation / TRAPPI protein complex / SNARE complex disassembly / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / TRAPPII protein complex / TRAPPIII protein complex / TRAPP complex / early endosome to Golgi transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / COPII-mediated vesicle transport / COPII-coated vesicle budding / cis-Golgi network membrane / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / intra-Golgi vesicle-mediated transport / piecemeal microautophagy of the nucleus / Golgi stack / protein-containing complex localization / cis-Golgi network / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / endocytic recycling / retrograde transport, endosome to Golgi / phagophore assembly site / reticulophagy / SNARE complex assembly / sporulation resulting in formation of a cellular spore / positive regulation of macroautophagy / autophagosome assembly / chromosome organization / endomembrane system / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / Neutrophil degranulation / SNARE binding / meiotic cell cycle / macroautophagy / intracellular protein transport / trans-Golgi network / cytoplasmic vesicle / protein-containing complex assembly / endosome membrane / Golgi membrane / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / mitochondrion / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Joiner AMN / Phillips BP / Miller EA / Fromme JC | |||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 英国, 10件
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引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2021 タイトル: Structural basis of TRAPPIII-mediated Rab1 activation. 著者: Aaron Mn Joiner / Ben P Phillips / Kumar Yugandhar / Ethan J Sanford / Marcus B Smolka / Haiyuan Yu / Elizabeth A Miller / J Christopher Fromme / 要旨: The GTPase Rab1 is a master regulator of the early secretory pathway and is critical for autophagy. Rab1 activation is controlled by its guanine nucleotide exchange factor, the multisubunit TRAPPIII ...The GTPase Rab1 is a master regulator of the early secretory pathway and is critical for autophagy. Rab1 activation is controlled by its guanine nucleotide exchange factor, the multisubunit TRAPPIII complex. Here, we report the 3.7 Å cryo-EM structure of the Saccharomyces cerevisiae TRAPPIII complex bound to its substrate Rab1/Ypt1. The structure reveals the binding site for the Rab1/Ypt1 hypervariable domain, leading to a model for how the complex interacts with membranes during the activation reaction. We determined that stable membrane binding by the TRAPPIII complex is required for robust activation of Rab1/Ypt1 in vitro and in vivo, and is mediated by a conserved amphipathic α-helix within the regulatory Trs85 subunit. Our results show that the Trs85 subunit serves as a membrane anchor, via its amphipathic helix, for the entire TRAPPIII complex. These findings provide a structural understanding of Rab activation on organelle and vesicle membranes. | |||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22928.map.gz | 71.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22928-v30.xml emd-22928.xml | 39.8 KB 39.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_22928_fsc.xml | 10.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_22928.png | 134.8 KB | ||
マスクデータ | emd_22928_msk_1.map | 91.1 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_22928_additional_1.map.gz emd_22928_additional_2.map.gz emd_22928_additional_3.map.gz emd_22928_additional_4.map.gz emd_22928_half_map_1.map.gz emd_22928_half_map_2.map.gz | 3.1 MB 5.4 MB 4.8 MB 4.5 MB 71.3 MB 71.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22928 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22928 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22928_validation.pdf.gz | 727.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22928_full_validation.pdf.gz | 727.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22928_validation.xml.gz | 17.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_22928_validation.cif.gz | 22.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22928 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22928 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22928.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Unsharpened reconstruction | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.378 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_22928_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: RESOLVE Density Modified Map
ファイル | emd_22928_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | RESOLVE Density Modified Map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: PostProcessed (sharpened) masked map
ファイル | emd_22928_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | PostProcessed (sharpened) masked map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Trs85-focused locally refined map (sharpened)
ファイル | emd_22928_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | Trs85-focused locally refined map (sharpened) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Trs33-focused locally refined map (sharpened)
ファイル | emd_22928_additional_4.map | ||||||||||||
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注釈 | Trs33-focused locally refined map (sharpened) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 1, used for model refinement
ファイル | emd_22928_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 1, used for model refinement | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2, used for model validation
ファイル | emd_22928_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2, used for model validation | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : TRAPPIII-Ypt1 complex
+超分子 #1: TRAPPIII-Ypt1 complex
+分子 #1: Trafficking protein particle complex subunit 23
+分子 #2: Trafficking protein particle complex subunit 31
+分子 #3: Trafficking protein particle complex subunit BET5
+分子 #4: Trafficking protein particle complex subunit BET3
+分子 #5: Trafficking protein particle complex subunit 33
+分子 #6: Trafficking protein particle complex subunit 20
+分子 #7: GTP-binding protein YPT1
+分子 #8: Trafficking protein particle complex III-specific subunit 85
+分子 #9: PALMITIC ACID
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL | ||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 50.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: Either 0.02% Tween-20 or 0.025% amphipol A8-35 was added before application of the sample to the grid.. |
-電子顕微鏡法 #1
Microscopy ID | 1 |
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顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | Image recording ID: 1 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-電子顕微鏡法 #1~
Microscopy ID | 1 |
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顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
撮影 | Image recording ID: 2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 20.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-電子顕微鏡法 #1~~
Microscopy ID | 1 |
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顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | Image recording ID: 3 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |