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万見
- EMDB-22530: The Cryo-EM structure of the Catalase-peroxidase from Escherichia coli -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22530
タイトルThe Cryo-EM structure of the Catalase-peroxidase from Escherichia coli
マップデータ
試料
  • 複合体: KatG
    • タンパク質・ペプチド: Catalase-peroxidase
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: water
キーワードcatalase-peroxidase / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


catalase-peroxidase / catalase activity / hydrogen peroxide catabolic process / cellular response to hydrogen peroxide / heme binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Catalase-peroxidase haem / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / Peroxidase / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Catalase-peroxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Su C-C
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Nat Methods / 年: 2021
タイトル: A 'Build and Retrieve' methodology to simultaneously solve cryo-EM structures of membrane proteins.
著者: Chih-Chia Su / Meinan Lyu / Christopher E Morgan / Jani Reddy Bolla / Carol V Robinson / Edward W Yu /
要旨: Single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) has become a powerful technique in the field of structural biology. However, the inability to reliably produce pure, homogeneous membrane protein ...Single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) has become a powerful technique in the field of structural biology. However, the inability to reliably produce pure, homogeneous membrane protein samples hampers the progress of their structural determination. Here, we develop a bottom-up iterative method, Build and Retrieve (BaR), that enables the identification and determination of cryo-EM structures of a variety of inner and outer membrane proteins, including membrane protein complexes of different sizes and dimensions, from a heterogeneous, impure protein sample. We also use the BaR methodology to elucidate structural information from Escherichia coli K12 crude membrane and raw lysate. The findings demonstrate that it is possible to solve high-resolution structures of a number of relatively small (<100 kDa) and less abundant (<10%) unidentified membrane proteins within a single, heterogeneous sample. Importantly, these results highlight the potential of cryo-EM for systems structural proteomics.
履歴
登録2020年9月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年1月20日-
マップ公開2021年1月20日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7jz6
  • 表面レベル: 0.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22530.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22530.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 139 pix.
= 150.12 Å		1.08 Å/pix.
x 109 pix.
= 117.72 Å		1.08 Å/pix.
x 133 pix.
= 143.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.8 / ムービー #1: 0.8
最小 - 最大-3.1397276 - 4.6875
平均 (標準偏差)-0.000000000003159 (±0.36039728)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin121109106
サイズ109133139
Spacing133109139
セルA: 143.64 Å / B: 117.72 Å / C: 150.12001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.081.081.08
M x/y/z133109139
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z143.640117.720150.120
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ107101134
NX/NY/NZ14113986
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS109121106
NC/NR/NS133109139
D min/max/mean-3.1404.688-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : KatG

全体名称: KatG
要素
  • 複合体: KatG
    • タンパク質・ペプチド: Catalase-peroxidase
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: water

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超分子 #1: KatG

超分子名称: KatG / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Catalase-peroxidase

分子名称: Catalase-peroxidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: catalase-peroxidase
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 80.112586 KDa
配列文字列: MSTSDDIHNT TATGKCPFHQ GGHDQSAGAG TTTRDWWPNQ LRVDLLNQHS NRSNPLGEDF DYRKEFSKLD YYGLKKDLKA LLTESQPWW PADWGSYAGL FIRMAWHGAG TYRSIDGRGG AGRGQQRFAP LNSWPDNVSL DKARRLLWPI KQKYGQKISW A DLFILAGN ...文字列:
MSTSDDIHNT TATGKCPFHQ GGHDQSAGAG TTTRDWWPNQ LRVDLLNQHS NRSNPLGEDF DYRKEFSKLD YYGLKKDLKA LLTESQPWW PADWGSYAGL FIRMAWHGAG TYRSIDGRGG AGRGQQRFAP LNSWPDNVSL DKARRLLWPI KQKYGQKISW A DLFILAGN VALENSGFRT FGFGAGREDV WEPDLDVNWG DEKAWLTHRH PEALAKAPLG ATEMGLIYVN PEGPDHSGEP LS AAAAIRA TFGNMGMNDE ETVALIAGGH TLGKTHGAGP TSNVGPDPEA APIEEQGLGW ASTYGSGVGA DAITSGLEVV WTQ TPTQWS NYFFENLFKY EWVQTRSPAG AIQFEAVDAP EIIPDPFDPS KKRKPTMLVT DLTLRFDPEF EKISRRFLND PQAF NEAFA RAWFKLTHRD MGPKSRYIGP EVPKEDLIWQ DPLPQPIYNP TEQDIIDLKF AIADSGLSVS ELVSVAWASA STFRG GDKR GGANGARLAL MPQRDWDVNA AAVRALPVLE KIQKESGKAS LADIIVLAGV VGVEKAASAA GLSIHVPFAP GRVDAR QDQ TDIEMFELLE PIADGFRNYR ARLDVSTTES LLIDKAQQLT LTAPEMTALV GGMRVLGANF DGSKNGVFTD RVGVLSN DF FVNLLDMRYE WKATDESKEL FEGRDRETGE VKFTASRADL VFGSNSVLRA VAEVYASSDA HEKFVKDFVA AWVKVMNL D RFDLL

UniProtKB: Catalase-peroxidase

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分子 #2: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

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分子 #3: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 18 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 123643
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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