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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22324 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of P. falciparum VAR2CSA FCR3 core at 4 A | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Ma R / Tolia NH | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2021 タイトル: Structural basis for placental malaria mediated by Plasmodium falciparum VAR2CSA. 著者: Rui Ma / Tengfei Lian / Rick Huang / Jonathan P Renn / Jennifer D Petersen / Joshua Zimmerberg / Patrick E Duffy / Niraj H Tolia / 要旨: Plasmodium falciparum VAR2CSA binds to chondroitin sulfate A (CSA) on the surface of the syncytiotrophoblast during placental malaria. This interaction facilitates placental sequestration of malaria ...Plasmodium falciparum VAR2CSA binds to chondroitin sulfate A (CSA) on the surface of the syncytiotrophoblast during placental malaria. This interaction facilitates placental sequestration of malaria parasites resulting in severe health outcomes for both the mother and her offspring. Furthermore, CSA is presented by diverse cancer cells and specific targeting of cells by VAR2CSA may become a viable approach for cancer treatment. In the present study, we determined the cryo-electron microscopy structures of the full-length ectodomain of VAR2CSA from P. falciparum strain NF54 in complex with CSA, and VAR2CSA from a second P. falciparum strain FCR3. The architecture of VAR2CSA is composed of a stable core flanked by a flexible arm. CSA traverses the core domain by binding within two channels and CSA binding does not induce major conformational changes in VAR2CSA. The CSA-binding elements are conserved across VAR2CSA variants and are flanked by polymorphic segments, suggesting immune selection outside the CSA-binding sites. This work provides paths for developing interventions against placental malaria and cancer. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22324.map.gz | 48.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22324-v30.xml emd-22324.xml | 12.4 KB 12.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_22324.png | 48.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22324 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22324 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22324_validation.pdf.gz | 315.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22324_full_validation.pdf.gz | 315.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22324_validation.xml.gz | 6.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_22324_validation.cif.gz | 7.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22324 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22324 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22324.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.058 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : VAR2CSA FCR3
全体 | 名称: VAR2CSA FCR3 |
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要素 |
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-超分子 #1: VAR2CSA FCR3
超分子 | 名称: VAR2CSA FCR3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Erythrocyte membrane protein 1
分子 | 名称: Erythrocyte membrane protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) |
分子量 | 理論値: 308.823188 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: TGMDSTSTIA NKIEEYLGAK SDDSKIDELL KADPSEVEYY RSGGDGDYLK NNICKITVNH SDSGKYDPCE KKLPPYDDND QWKCQQNSS DGSGKPENIC VPPRRERLCT YNLENLKFDK IRDNNAFLAD VLLTARNEGE KIVQNHPDTN SSNVCNALER S FADLADII ...文字列: TGMDSTSTIA NKIEEYLGAK SDDSKIDELL KADPSEVEYY RSGGDGDYLK NNICKITVNH SDSGKYDPCE KKLPPYDDND QWKCQQNSS DGSGKPENIC VPPRRERLCT YNLENLKFDK IRDNNAFLAD VLLTARNEGE KIVQNHPDTN SSNVCNALER S FADLADII RGTDQWKGTN SNLEKNLKQM FAKIRENDKV LQDKYPKDQK YTKLREAWWN ANRQKVWEVI TCGARSNDLL IK RGWRTSG KSDRKKNFEL CRKCGHYEKE VPTKLDYVPQ FLRWLTEWIE DFYREKQNLI DDMERHREEC TREDHKSKEG TSY CSTCKD KCKKYCECVK KWKTEWENQE NKYKDLYEQN KNKTSQKNTS RYDDYVKDFF EKLEANYSSL ENYIKGDPYF AEYA TKLSF ILNPSDANNP SGETANHNDE ACNCNESGIS SVGQAQTSGP SSNKTCITHS SIKTNKKKEC KDVKLGVREN DKDLK ICVI EDTSLSGVDN CCCQDLLGIL QENCSDNKRG SSSNDSCDNK NQDECQKKLE KVFASLTNGY KCDKCKSGTS RSKKKW IWK KSSGNEEGLQ EEYANTIGLP PRTQSLYLGN LPKLENVCED VKDINFDTKE KFLAGCLIVS FHEGKNLKKR YPQNKNS GN KENLCKALEY SFADYGDLIK GTSIWDNEYT KDLELNLQNN FGKLFGKYIK KNNTAEQDTS YSSLDELRES WWNTNKKY I WTAMKHGAEM NITTCNADGS VTGSGSSCDD IPTIDLIPQY LRFLQEWVEN FCEQRQAKVK DVITNCKSCK ESGNKCKTE CKTKCKDECE KYKKFIEACG TAGGGIGTAG SPWSKRWDQI YKRYSKHIED AKRNRKAGTK NCGTSSTTNA AASTDENKCV QSDIDSFFK HLIDIGLTTP SSYLSNVLDD NICGADKAPW TTYTTYTTTE KCNKERDKSK SQSSDTLVVV NVPSPLGNTP Y RYKYACQC KIPTNEETCD DRKEYMNQWS CGSARTMKRG YKNDNYELCK YNGVDVKPTT VRSNSSKLDG NDVTFFNLFE QW NKEIQYQ IEQYMTNANI SCIDEKEVLD SVSDEGTPKV RGGYEDGRNN NTDQGTNCKE KCKCYKLWIE KINDQWGKQK DNY NKFRSK QIYDANKGSQ NKKVVSLSNF LFFSCWEEYI QKYFNGDWSK IKNIGSDTFE FLIKKCGNNS AHGEEIFNEK LKNA EKKCK ENESTDTNIN KSETSCDLNA TNYIRGCQSK TYDGKIFPGK GGEKQWICKD TIIHGDTNGA CIPPRTQNLC VGELW DKSY GGRSNIKNDT KELLKEKIKN AIHKETELLY EYHDTGTAII SKNDKKGQKG KNDPNGLPKG FCHAVQRSFI DYKNMI LGT SVNIYEHIGK LQEDIKKIIE KGTPQQKDKI GGVGSSTENV NAWWKGIERE MWDAVRCAIT KINKKNNNSI FNGDECG VS PPTGNDEDQS VSWFKEWGEQ FCIERLRYEQ NIREACTING KNEKKCINSK SGQGDKIQGA CKRKCEKYKK YISEKKQE W DKQKTKYENK YVGKSASDLL KENYPECISA NFDFIFNDNI EYKTYYPYGD YSSICSCEQV KYYKYNNAEK KNNKSLCYE KDNDMTWSKK YIKKLENGRS LEGVYVPPRR QQLCLYELFP IIIKNEEGME KAKEELLETL QIVAEREAYY LWKQYNPTGK GIDDANKKA CCAIRGSFYD LEDIIKGNDL VHDEYTKYID SKLNEIFGSS DTNDIDTKRA RTDWWENETI TNGTDRKTIR Q LVWDAMQS GVRYAVEEKN ENFPLCMGVE HIGIAKPQFI RWLEEWTNEF CEKYTKYFED MKSKCDPPKR ADTCGDNSNI EC KKACANY TNWLNPKRIE WNGMSNYYNK IYRKSNKESE GGKDYSMIMA PTVIDYLNKR CHGEINGNYI CCSCKNIGAY NTT SGTVNK KLQKKETECE EEKGPLDLMN EVLNKMDKKY SAHKMKCTEV YLEHVEEQLN EIDNAIKDYK LYPLDRCFDD QTKM KVCDL IADAIGCKDK TKLDELDEWN DMDLRGTYNK HKGVLIPPRR RQLCFSRIVR GPANLRSLNE FKEEILKGAQ SEGKF LGNY YKEHKDKEKA LEAMKNSFYD YEDIIKGTDM LTNIEFKDIK IKLDRLLEKE TNNTKKAEDW WKTNKKSIWN AMLCGY KKS GNKIIDPSWC TIPTTETPPQ FLRWIKEWGT NVCIQKQEHK EYVKSKCSNV TNLGAQASES NNCTSEIKKY QEWSRKR SI RWETISKRYK KYKRMDILKD VKEPDANTYL REHCSKCPCG FNDMEEMNNN EDNEKEAFKQ IKEQVKIPAE LEDVIYRI K HHEYDKGNDY ICNKYKNIHD RMKKNNGNFV TDNFVKKSWE ISNGVLIPPR RKNLFLYIDP SKICEYKKDP KLFKDFIYW SAFTEVERLK KAYGGARAKV VHAMKYSFTD IGSIIKGDDM MEKNSSDKIG KILGDTDGQN EKRKKWWDMN KYHIWESMLC GYREAEGDT ETNENCRFPD IESVPQFLRW FQEWSENFCD RRQKLYDKLN SECISAECTN GSVDNSKCTH ACVNYKNYIL T KKTEYEIQ TNKYDNEFKN KNSNDKDAPD YLKEKCNDNK CECLNKHIDD KNKTWKNPYE TLEDTFKSKC DCPKPLPSPI KP DDLPPQA DEPFGTKHHH HHH |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 71.2 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 271442 |
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初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |