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Yorodumi- PDB-5fob: Crystal Structure of Human Complement C3b in complex with Smallpo... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5fob | |||||||||
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Title | Crystal Structure of Human Complement C3b in complex with Smallpox Inhibitor of Complement (SPICE) | |||||||||
Components |
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Keywords | LIPID BINDING PROTEIN / COMPLEMENT SYSTEM / IMMUNE SYSTEM / PLASMA PROTEIN / REGULATORS OF COMPLEMENT ACTIVITY / COFACTOR ACTIVITY / DECAY ACCELERATING ACTIVITY / IMMUNE EVASION | |||||||||
Function / homology | Function and homology information negative regulation of complement activation / C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / oviduct epithelium development / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / complement binding / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / complement-mediated synapse pruning / Alternative complement activation ...negative regulation of complement activation / C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / oviduct epithelium development / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / complement binding / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / complement-mediated synapse pruning / Alternative complement activation / positive regulation of lipid storage / positive regulation of phagocytosis, engulfment / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / Activation of C3 and C5 / complement receptor mediated signaling pathway / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / complement-dependent cytotoxicity / complement activation / complement activation, alternative pathway / endopeptidase inhibitor activity / neuron remodeling / B cell activation / amyloid-beta clearance / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / complement activation, classical pathway / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / fatty acid metabolic process / Post-translational protein phosphorylation / response to bacterium / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of angiogenesis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / azurophil granule lumen / G alpha (i) signalling events / secretory granule lumen / blood microparticle / receptor ligand activity / inflammatory response / immune response / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / Neutrophil degranulation / cell surface / signal transduction / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | VARIOLA MAJOR VIRUS HOMO SAPIENS (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6 Å | |||||||||
Authors | Forneris, F. / Wu, J. / Xue, X. / Gros, P. | |||||||||
Citation | Journal: Embo J. / Year: 2016 Title: Regulators of Complement Activity Mediate Inhibitory Mechanisms Through a Common C3B-Binding Mode. Authors: Forneris, F. / Wu, J. / Xue, X. / Ricklin, D. / Lin, Z. / Sfyroera, G. / Tzekou, A. / Volokhina, E. / Granneman, J.C. / Hauhart, R. / Bertram, P. / Liszewski, M.K. / Atkinson, J.P. / Lambris, J.D. / Gros, P. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5fob.cif.gz | 733.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5fob.ent.gz | 601.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5fob.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5fob_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5fob_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 5fob_validation.xml.gz | 67.4 KB | Display | |
Data in CIF | 5fob_validation.cif.gz | 91.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/5fob ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/5fob | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5fo7C 5fo8C 5fo9C 5foaC 2i07S 2wiiS 3o8eS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 3 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 71393.320 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: RESIDUES 23-667 / Source method: isolated from a natural source / Details: PURIFIED FROM HUMAN PLASMA / Source: (natural) HOMO SAPIENS (human) / References: UniProt: P01024 |
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#2: Protein | Mass: 104074.148 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: CCP DOMAINS, RESIDUES 749-1663 / Source method: isolated from a natural source / Details: PURIFIED FROM HUMAN PLASMA / Source: (natural) HOMO SAPIENS (human) / References: UniProt: P01024 |
#3: Protein | Mass: 26868.223 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: RESIDUES 19-263 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) VARIOLA MAJOR VIRUS / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / References: UniProt: Q76U65 |
-Sugars , 2 types, 2 molecules
#4: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
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#5: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
-Non-polymers , 5 types, 245 molecules
#6: Chemical | ChemComp-CL / #7: Chemical | ChemComp-GOL / #8: Chemical | #9: Chemical | ChemComp-IOD / #10: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has protein modification | Y |
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Sequence details | RESIDUE 1013 HAS BEEN CONVERTED FROM GLN TO GLU IN CONVERSION |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.25 Å3/Da / Density % sol: 64.22 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Details: 75MM AMMONIUM IODIDE, 3.5% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-4 / Wavelength: 0.939 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.939 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→47.8 Å / Num. obs: 84531 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / Redundancy: 2 % / Biso Wilson estimate: 60.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 4.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.55 Å / Redundancy: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 96.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRIES 2I07, 3O8E, 2WII Resolution: 2.6→42.356 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.96 / Phase error: 28.53 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 80 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→42.356 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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