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- PDB-5fob: Crystal Structure of Human Complement C3b in complex with Smallpo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fob
タイトルCrystal Structure of Human Complement C3b in complex with Smallpox Inhibitor of Complement (SPICE)
要素
  • COMPLEMENT C3 BETA CHAIN
  • COMPLEMENT C3B ALPHA' CHAIN
  • SMALLPOX INHIBITOR OF COMPLEMENT SPICE, D15L
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / COMPLEMENT SYSTEM (補体) / IMMUNE SYSTEM (免疫系) / PLASMA PROTEIN (血漿タンパク質) / REGULATORS OF COMPLEMENT ACTIVITY / COFACTOR ACTIVITY / DECAY ACCELERATING ACTIVITY / IMMUNE EVASION (免疫回避)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of complement activation / oviduct epithelium development / C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / regulation of triglyceride biosynthetic process / complement binding / positive regulation of activation of membrane attack complex / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / complement-mediated synapse pruning / Alternative complement activation ...negative regulation of complement activation / oviduct epithelium development / C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / regulation of triglyceride biosynthetic process / complement binding / positive regulation of activation of membrane attack complex / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / complement-mediated synapse pruning / Alternative complement activation / positive regulation of lipid storage / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of phagocytosis, engulfment / complement receptor mediated signaling pathway / Activation of C3 and C5 / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of glucose transmembrane transport / 補体依存性細胞傷害 / complement activation, alternative pathway / 補体 / neuron remodeling / endopeptidase inhibitor activity / amyloid-beta clearance / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / complement activation, classical pathway / Peptide ligand-binding receptors / fatty acid metabolic process / Regulation of Complement cascade / response to bacterium / Post-translational protein phosphorylation / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of angiogenesis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / azurophil granule lumen / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / G alpha (i) signalling events / secretory granule lumen / blood microparticle / membrane => GO:0016020 / 免疫応答 / 炎症 / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / 小胞体 / signaling receptor binding / Neutrophil degranulation / 細胞膜 / シグナル伝達 / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Complement control protein C3/B5 / Jelly Rolls - #1540 / N-terminal domain of TfIIb - #160 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases - #20 / Immunoglobulin-like - #1940 / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain / Macroglobulin (MG2) domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #120 / N-terminal domain of TfIIb ...Complement control protein C3/B5 / Jelly Rolls - #1540 / N-terminal domain of TfIIb - #160 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases - #20 / Immunoglobulin-like - #1940 / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain / Macroglobulin (MG2) domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #120 / N-terminal domain of TfIIb / : / : / Complement component 3, CUB domain 2 / Complement component 3, CUB domain 1 / Complement C3-like, NTR domain / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / : / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Anaphylatoxin, complement system domain / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Glycosyltransferase - #20 / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Netrin domain / NTR domain profile. / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Α2-マクログロブリン / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Α2-マクログロブリン / Alpha-2-macroglobulin family / Other non-globular / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / グリコシルトランスフェラーゼ / Alpha/alpha barrel / Single Sheet / Special / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Jelly Rolls / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Βバレル / サンドイッチ / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Complement C3 / D15L
類似検索 - 構成要素
生物種VARIOLA MAJOR VIRUS (天然痘)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Forneris, F. / Wu, J. / Xue, X. / Gros, P.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2016
タイトル: Regulators of Complement Activity Mediate Inhibitory Mechanisms Through a Common C3B-Binding Mode.
著者: Forneris, F. / Wu, J. / Xue, X. / Ricklin, D. / Lin, Z. / Sfyroera, G. / Tzekou, A. / Volokhina, E. / Granneman, J.C. / Hauhart, R. / Bertram, P. / Liszewski, M.K. / Atkinson, J.P. / Lambris, J.D. / Gros, P.
履歴
登録2015年11月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月1日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COMPLEMENT C3 BETA CHAIN
B: COMPLEMENT C3B ALPHA' CHAIN
C: SMALLPOX INHIBITOR OF COMPLEMENT SPICE, D15L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,81543
ポリマ－202,3363
非ポリマー4,47940
水3,729207
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21300 Å2
ΔGint-125.7 kcal/mol
Surface area79800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.891, 83.311, 127.377
Angle α, β, γ (deg.)75.03, 76.20, 68.50
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 COMPLEMENT C3 BETA CHAIN / C3 AND PZP-LIKE ALPHA-2-MACROGLOBULIN DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1


分子量: 71393.320 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 23-667 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PURIFIED FROM HUMAN PLASMA / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P01024
#2: タンパク質 COMPLEMENT C3B ALPHA' CHAIN


分子量: 104074.148 Da / 分子数: 1 / 断片: CCP DOMAINS, RESIDUES 749-1663 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PURIFIED FROM HUMAN PLASMA / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P01024
#3: タンパク質 SMALLPOX INHIBITOR OF COMPLEMENT SPICE, D15L


分子量: 26868.223 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 19-263 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) VARIOLA MAJOR VIRUS (天然痘) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q76U65

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糖 , 2種, 2分子

#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 5種, 245分子

#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#9: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド / ヨウ化物


分子量: 126.904 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#10: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細RESIDUE 1013 HAS BEEN CONVERTED FROM GLN TO GLU IN CONVERSION OF C3 PROTEIN TO C3B

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.22 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 75MM AMMONIUM IODIDE, 3.5% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.939
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.939 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→47.8 Å / Num. obs: 84531 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 60.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 4.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.55 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 96.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 2I07, 3O8E, 2WII

2i07

3o8e

2wii


解像度: 2.6→42.356 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 28.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2295 2249 3 %
Rwork0.198 --
obs0.1989 75190 97.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 80 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→42.356 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14003 0 235 207 14445
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00514563
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87919706
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.7345472
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0612215
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052523
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.65650.31911320.30544511X-RAY DIFFRACTION96
2.6565-2.71830.36161440.30414493X-RAY DIFFRACTION96
2.7183-2.78630.32591400.26984546X-RAY DIFFRACTION97
2.7863-2.86160.30071360.25464557X-RAY DIFFRACTION97
2.8616-2.94580.31711420.2424507X-RAY DIFFRACTION97
2.9458-3.04080.30281510.2424532X-RAY DIFFRACTION97
3.0408-3.14950.28831320.23054616X-RAY DIFFRACTION98
3.1495-3.27550.26861410.21494546X-RAY DIFFRACTION98
3.2755-3.42460.25661110.20354626X-RAY DIFFRACTION98
3.4246-3.6050.2231530.19914605X-RAY DIFFRACTION98
3.605-3.83080.2241410.19064530X-RAY DIFFRACTION98
3.8308-4.12630.22191330.18774575X-RAY DIFFRACTION98
4.1263-4.54110.20561480.16254604X-RAY DIFFRACTION98
4.5411-5.19720.18671550.1564550X-RAY DIFFRACTION98
5.1972-6.5440.19091490.19774553X-RAY DIFFRACTION98
6.544-42.3620.211410.18864590X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.32150.5457-1.07123.4067-0.54093.7321-0.2696-1.33510.06470.4337-0.0636-0.7283-0.0940.49170.34280.80260.4527-0.23021.53140.02660.679612.5582-15.591860.9615
22.87210.45730.82881.58870.68935.58540.0314-0.4103-0.41140.24490.08290.05490.54990.1643-0.08580.27890.01690.03180.28640.07860.37716.174-28.265126.9021
36.1358-0.9952-2.42742.30441.06745.77670.08240.10110.14560.1485-0.31250.1006-0.0748-0.57650.2070.1936-0.0364-0.09250.2979-0.0550.4631-22.2526-13.198113.0015
43.46420.89223.37452.55650.30187.361-0.6205-0.72490.4860.33020.5093-0.0886-1.0844-0.4249-0.06080.72970.2332-0.15650.6448-0.25640.7262-17.95343.055943.4639
52.9462-0.67540.44322.49970.98882.8417-0.4118-10.38670.66310.4384-0.2997-0.63050.2513-0.06771.00390.1692-0.33110.9839-0.36370.86381.41893.714556.1052
60.2626-0.7129-0.64911.54641.68426.8086-0.3686-0.64270.05240.62360.0387-0.05620.35-0.49710.33880.53140.0593-0.06410.838-0.09770.5584-1.8461-13.213545.8287
72.88530.74460.65811.48360.21774.6886-0.0382-0.13630.5254-0.03610.072-0.1697-0.51920.34560.00640.2624-0.0794-0.01090.2665-0.00480.535713.8122-10.197514.7184
85.04310.6174-2.72197.2211-1.99463.19980.24040.94310.1512-0.9622-0.235-0.60660.30850.36810.42010.33940.00560.06690.62070.10610.420811.553-21.1893-13.4102
92.47411.1815-0.22236.2754-1.16473.157-0.07270.61890.1567-0.4677-0.1576-0.1483-0.01380.18380.26380.28260.0645-0.020.47670.01780.31940.7846-25.7851-11.8116
103.995-0.48311.45211.6145-3.16888.31940.2297-0.3056-0.6367-0.44920.22880.06741.431-0.5525-0.36611.2108-0.01320.00680.51210.07980.6115-1.9592-55.963423.1994
114.9159-0.4713-1.84533.88920.29874.0763-0.02020.5856-0.2021-0.5045-0.10520.40310.1369-0.15660.10440.28930.0524-0.14630.5467-0.08970.429-20.6778-28.8722-12.3541
123.6611-1.20830.19284.21050.13233.77730.43451.1404-0.2028-0.1621-0.5850.2461-0.1995-0.71430.07050.47380.1656-0.03621.0156-0.12770.27195.0201-48.113877.4121
137.3386-3.97050.7882.3350.05852.1084-0.42040.221-0.5521-0.9316-0.57850.52040.9136-0.54371.05720.8337-0.00910.23240.6756-0.18890.696-1.0943-49.4185-15.2102
146.2382-2.8213-1.06924.49071.76851.6153-0.33690.1641-0.80870.2754-0.05020.67050.33730.18350.40160.68350.06010.22980.7518-0.15510.629613.0074-64.008-23.631
155.5477-0.83651.73645.4792-3.92713.162-0.2530.0437-0.2047-0.4943-0.3725-0.72490.25310.64420.50710.51290.02840.08220.49870.0510.505229.1952-12.3709-28.5086
163.8158-0.3507-2.54614.8645-3.59456.5703-0.2528-0.7725-0.0692-0.32040.1236-0.16010.81670.75220.20530.39320.10840.03670.80570.10570.530123.6583-27.3163.3691
174.01910.34362.46183.343-0.34411.9112-0.6527-0.1987-1.24760.2487-0.675-0.14012.69461.15570.24071.17340.38690.31091.12160.42310.895823.0293-41.737939.1877
180.05760.05270.02680.01590.01450.00340.21590.08070.6564-0.4891-0.30520.461-0.343-0.12590.21031.77650.26430.15251.78960.43810.993732.9861-30.391366.3667
190.23570.4162-0.58661.57-2.00142.62220.2373-0.41170.15491.9837-0.5178-0.03940.98040.9538-0.38011.82970.1575-0.18191.60970.42410.918624.281-34.738668.4768
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESID 1:104
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESID 105:209
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND RESID 210:328
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND RESID 329:426
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND RESID 427:534
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND RESID 579:642
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND RESID 535:578 OR CHAIN B AND RESID 746:806
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND RESID 730:745
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND RESID 807:911
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND RESID 912:967 OR CHAIN A AND RESID 1266:1330
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND RESID 1331:1480
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND RESID 968:1265
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN B AND RESID 1481:1494
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN B AND RESID 1495:1641
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN C AND RESID 1:64
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN C AND RESID 65:127
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN C AND RESID 128:184
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN C AND RESID 220:239
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN C AND RESID 185:212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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