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Yorodumi- PDB-5fo8: Crystal Structure of Human Complement C3b in Complex with MCP (CCP1-4) -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5fo8 | |||||||||
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| Title | Crystal Structure of Human Complement C3b in Complex with MCP (CCP1-4) | |||||||||
Components |
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Keywords | LIPID BINDING / LIPID BIANDING / COMPLEMENT SYSTEM / IMMUNE SYSTEM / PLASMA PROTEIN / COFA ACTIVITY / REGULATORS OF COMPLEMENT ACTIVITY | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationsequestering of extracellular ligand from receptor / inner acrosomal membrane / negative regulation of complement activation, classical pathway / positive regulation of transforming growth factor beta production / C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / oviduct epithelium development / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / T cell mediated immunity / vertebrate eye-specific patterning ...sequestering of extracellular ligand from receptor / inner acrosomal membrane / negative regulation of complement activation, classical pathway / positive regulation of transforming growth factor beta production / C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / oviduct epithelium development / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / T cell mediated immunity / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / regulation of Notch signaling pathway / complement-mediated synapse pruning / Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 / positive regulation of phagocytosis, engulfment / positive regulation of lipid storage / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of memory T cell differentiation / complement receptor mediated signaling pathway / complement-dependent cytotoxicity / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / complement activation / complement activation, alternative pathway / positive regulation of regulatory T cell differentiation / endopeptidase inhibitor activity / neuron remodeling / amyloid-beta clearance / B cell activation / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of interleukin-10 production / complement activation, classical pathway / single fertilization / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of T cell proliferation / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / response to bacterium / Post-translational protein phosphorylation / fatty acid metabolic process / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of protein phosphorylation / positive regulation of angiogenesis / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / azurophil granule lumen / signaling receptor activity / virus receptor activity / secretory granule lumen / G alpha (i) signalling events / blood microparticle / adaptive immune response / immune response / cadherin binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / receptor ligand activity / endoplasmic reticulum lumen / inflammatory response / signaling receptor binding / negative regulation of gene expression / innate immune response / focal adhesion / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / cell surface / signal transduction / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | HOMO SAPIENS (human) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4 Å | |||||||||
Authors | Forneris, F. / Wu, J. / Xue, X. / Gros, P. | |||||||||
Citation | Journal: Embo J. / Year: 2016Title: Regulators of Complement Activity Mediate Inhibitory Mechanisms Through a Common C3B-Binding Mode. Authors: Forneris, F. / Wu, J. / Xue, X. / Ricklin, D. / Lin, Z. / Sfyroera, G. / Tzekou, A. / Volokhina, E. / Granneman, J.C. / Hauhart, R. / Bertram, P. / Liszewski, M.K. / Atkinson, J.P. / Lambris, J.D. / Gros, P. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5fo8.cif.gz | 679.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5fo8.ent.gz | 555.3 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5fo8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5fo8_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5fo8_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
| Data in XML | 5fo8_validation.xml.gz | 63.1 KB | Display | |
| Data in CIF | 5fo8_validation.cif.gz | 88.4 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/5fo8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/5fo8 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5fo7C ![]() 5fo9C ![]() 5foaC ![]() 5fobC ![]() 2i07S ![]() 3o8eS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 |
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 3 types, 3 molecules ABC
| #1: Protein | Mass: 71393.320 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 23-667 / Source method: isolated from a natural source / Details: PURIFIED FROM HUMAN PLASMA / Source: (natural) HOMO SAPIENS (human)References: UniProt: P01024, alternative-complement-pathway C3/C5 convertase |
|---|---|
| #2: Protein | Mass: 104074.148 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 749-1663 / Source method: isolated from a natural source / Details: PURIFIED FROM HUMAN PLASMA / Source: (natural) HOMO SAPIENS (human)References: UniProt: P01024, alternative-complement-pathway C3/C5 convertase |
| #3: Protein | Mass: 28463.486 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: CCP DOMAINS 1-4, UNP RESIDUES 35-286 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) HOMO SAPIENS (human) / Production host: ![]() |
-Sugars , 2 types, 2 molecules
| #4: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
|---|---|
| #5: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
-Non-polymers , 2 types, 524 molecules 


| #6: Chemical | ChemComp-EDO / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has protein modification | Y |
|---|---|
| Sequence details | RESIDUE 1013 HAS BEEN CONVERTED FROM GLN TO GLU IN CONVERSION |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.4 Å3/Da / Density % sol: 63.9 % / Description: NONE |
|---|---|
| Crystal grow | Details: 100MM AMMONIUM CITRATE 7% PEG 3350 5MM GLUTATHIONE 50MM BIS-TRIS PROPANE, PH 6.5 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.933 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.933 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.4→69.95 Å / Num. obs: 98854 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 42.69 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 6.8 |
| Reflection shell | Resolution: 2.4→2.44 Å / Redundancy: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 96.2 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB ENTRY 2I07, PDB ENTRY 3O8E Resolution: 2.4→57.02 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.76 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 67 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→57.02 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
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X-RAY DIFFRACTION
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