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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22210 | |||||||||
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タイトル | PmtCD ABC exporter without the basket domain at C2 symmetry | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | ABC transporter / ABC exporter / Peptide transort / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / Staphylococcus aureus | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Zeytuni N / Strynadka NJC / Hu J / Worrall LJ | |||||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020 タイトル: Structural insight into the ATP-driven exporter of virulent peptide toxins. 著者: N Zeytuni / S W Dickey / J Hu / H T Chou / L J Worrall / J A N Alexander / M L Carlson / M Nosella / F Duong / Z Yu / M Otto / N C J Strynadka / 要旨: is a major human pathogen that has acquired alarming broad-spectrum antibiotic resistance. One group of secreted toxins with key roles during infection is the phenol-soluble modulins (PSMs). PSMs ... is a major human pathogen that has acquired alarming broad-spectrum antibiotic resistance. One group of secreted toxins with key roles during infection is the phenol-soluble modulins (PSMs). PSMs are amphipathic, membrane-destructive cytolytic peptides that are exported to the host-cell environment by a designated adenosine 5'-triphosphate (ATP)-binding cassette (ABC) transporter, the PSM transporter (PmtABCD). Here, we demonstrate that the minimal Pmt unit necessary for PSM export is PmtCD and provide its first atomic characterization by single-particle cryo-EM and x-ray crystallography. We have captured the transporter in the ATP-bound state at near atomic resolution, revealing a type II ABC exporter fold, with an additional cytosolic domain. Comparison to a lower-resolution nucleotide-free map displaying an "open" conformation and putative hydrophobic inner chamber of a size able to accommodate the binding of two PSM peptides provides mechanistic insight and sets the foundation for therapeutic design. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22210.map.gz | 804.4 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22210-v30.xml emd-22210.xml | 13.9 KB 13.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_22210_fsc.xml | 5.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_22210.png | 117.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-22210.cif.gz | 5.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22210 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22210 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22210_validation.pdf.gz | 411 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22210_full_validation.pdf.gz | 410.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22210_validation.xml.gz | 8.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_22210_validation.cif.gz | 10.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22210 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22210 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22210.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.31 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : PmtCD
全体 | 名称: PmtCD |
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要素 |
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-超分子 #1: PmtCD
超分子 | 名称: PmtCD / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 / 詳細: PmtCD ABC exporter |
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由来(天然) | 生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) |
分子量 | 理論値: 120 KDa |
-分子 #1: Phenol-soluble modulin export ABC transporter permease subunit PmtD
分子 | 名称: Phenol-soluble modulin export ABC transporter permease subunit PmtD タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) |
分子量 | 理論値: 30.488379 KDa |
組換発現 | 生物種: Staphylococcus aureus |
配列 | 文字列: MHHHHHHHHH HSSGLVPRGS HRILNLVKYD LYSIFKSPLT YLAILVVSSL IATQSILMAN SMDNPKHIIV YGSVFAAAKW LLLIIGLMF VVKTITRDFS QGTIQLYMSK VKTRVGYIIS KTISIILISI LFALIHYVIL IVVQASSNGK NLAFSKYVDN L WFFLIFLL ...文字列: MHHHHHHHHH HSSGLVPRGS HRILNLVKYD LYSIFKSPLT YLAILVVSSL IATQSILMAN SMDNPKHIIV YGSVFAAAKW LLLIIGLMF VVKTITRDFS QGTIQLYMSK VKTRVGYIIS KTISIILISI LFALIHYVIL IVVQASSNGK NLAFSKYVDN L WFFLIFLL FFGLFLFLIT LASQKTAMIF SLGVFLVLIV PFIKPFITFI PRYGEKVLDA FDYIPFAYLT DKMISSNFDF SN WQWVISL GSIVIFFILN ILYVAKKDI UniProtKB: Phenol-soluble modulin export ABC transporter permease subunit PmtD |
-分子 #2: ABC transporter ATP-binding protein
分子 | 名称: ABC transporter ATP-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Staphylococcus aureus |
分子量 | 理論値: 33.001098 KDa |
組換発現 | 生物種: Staphylococcus aureus |
配列 | 文字列: MKLEHITKKY GSNVVLNDID FDFGDSRIVG LIGKNGVGKT TVMKVMNGNI IKFDGKVDID NADNIGFLIE HPKLYDNKSG LYNLKLFAQ VLGKGFDKAY TDKIIDAFGM RPYIKKKVKK YSMGMKQKLA IAVSLMNKPK FLILDEPTNG MDPDGSIDVL T TIKSLVNE ...文字列: MKLEHITKKY GSNVVLNDID FDFGDSRIVG LIGKNGVGKT TVMKVMNGNI IKFDGKVDID NADNIGFLIE HPKLYDNKSG LYNLKLFAQ VLGKGFDKAY TDKIIDAFGM RPYIKKKVKK YSMGMKQKLA IAVSLMNKPK FLILDEPTNG MDPDGSIDVL T TIKSLVNE LDMRILISSH KLEDIELICD RAVFLRDGHF VQDVNMEEGV ASDTTIVTVD HKDFDRTEKY LAEHFQLQNV DK ADGHLMI NAQKNYQVIL KALSELDIYP KYIETRKSSL RDTYFNINQR GDK UniProtKB: ABC transporter ATP-binding protein |
-分子 #3: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子 | 名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: AGS |
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分子量 | 理論値: 523.247 Da |
Chemical component information | ChemComp-AGS: |
-分子 #4: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: Solution made fresh from concentrated stocks and filtered | |||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 1.16 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-6xjh: |