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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21580 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Single-Particle Cryo-EM Structure of Arabinofuranosyltransferase AftD from Mycobacteria | |||||||||||||||||||||
![]() | Sharpened map | |||||||||||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() lipid biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / phosphopantetheine binding / acyl binding / acyl carrier activity / fatty acid biosynthetic process / transferase activity / membrane => GO:0016020 / response to xenobiotic stimulus / lipid binding ...lipid biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / phosphopantetheine binding / acyl binding / acyl carrier activity / fatty acid biosynthetic process / transferase activity / membrane => GO:0016020 / response to xenobiotic stimulus / lipid binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||||||||||||||
![]() | Tan YZ / Zhang L / Rodrigues J / Zheng RB / Giacometti SI / Rosario AL / Kloss B / Dandey VP / Wei H / Brunton R ...Tan YZ / Zhang L / Rodrigues J / Zheng RB / Giacometti SI / Rosario AL / Kloss B / Dandey VP / Wei H / Brunton R / Raczkowski AM / Athayde D / Catalao MJ / Pimentel M / Clarke OB / Lowary TL / Archer M / Niederweis M / Potter CS / Carragher B / Mancia F | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM Structures and Regulation of Arabinofuranosyltransferase AftD from Mycobacteria. 著者: Yong Zi Tan / Lei Zhang / José Rodrigues / Ruixiang Blake Zheng / Sabrina I Giacometti / Ana L Rosário / Brian Kloss / Venkata P Dandey / Hui Wei / Richard Brunton / Ashleigh M Raczkowski / ...著者: Yong Zi Tan / Lei Zhang / José Rodrigues / Ruixiang Blake Zheng / Sabrina I Giacometti / Ana L Rosário / Brian Kloss / Venkata P Dandey / Hui Wei / Richard Brunton / Ashleigh M Raczkowski / Diogo Athayde / Maria João Catalão / Madalena Pimentel / Oliver B Clarke / Todd L Lowary / Margarida Archer / Michael Niederweis / Clinton S Potter / Bridget Carragher / Filippo Mancia / ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: Mycobacterium tuberculosis causes tuberculosis, a disease that kills over 1 million people each year. Its cell envelope is a common antibiotic target and has a unique structure due, in part, to two ...Mycobacterium tuberculosis causes tuberculosis, a disease that kills over 1 million people each year. Its cell envelope is a common antibiotic target and has a unique structure due, in part, to two lipidated polysaccharides-arabinogalactan and lipoarabinomannan. Arabinofuranosyltransferase D (AftD) is an essential enzyme involved in assembling these glycolipids. We present the 2.9-Å resolution structure of M. abscessus AftD, determined by single-particle cryo-electron microscopy. AftD has a conserved GT-C glycosyltransferase fold and three carbohydrate-binding modules. Glycan array analysis shows that AftD binds complex arabinose glycans. Additionally, AftD is non-covalently complexed with an acyl carrier protein (ACP). 3.4- and 3.5-Å structures of a mutant with impaired ACP binding reveal a conformational change, suggesting that ACP may regulate AftD function. Mutagenesis experiments using a conditional knockout constructed in M. smegmatis confirm the essentiality of the putative active site and the ACP binding for AftD function. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 84.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 50.3 KB 50.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 10.2 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 131.2 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 91.1 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | 84.6 MB 14.8 MB 16.5 MB 84.6 MB 18.7 MB 16.2 MB 182.4 KB 84.6 MB 14.7 MB 172.7 KB 14.8 MB 14.7 MB 14.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 623.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 623.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6w98MC ![]() 6wbxC ![]() 6wbyC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 2.7 TB Data #1: Unaligned and compressed multi-frame movies [micrographs - multiframe] Data #2: Aligned and dose-weighted micrographs [micrographs - single frame] Data #3: Final Particle Stacks with Refined Euler Angles and Shifts (Overall and Focused Refined on CBM3) [picked particles - single frame - processed]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0605 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
+マスク #1
+追加マップ: Raw, unsharpened map
+追加マップ: CBM3 focus classification - Half map 2
+追加マップ: CBM3 focus classification - 3DFSC
+追加マップ: Sharpened composite map of AftD WT with CBM3 focus classification
+追加マップ: 3DFSC
+追加マップ: 3DFSC Thresholded
+追加マップ: 3DFSC Thresholded Binarized
+追加マップ: CBM3 focus classification - Sharpened map
+追加マップ: CBM3 focus classification - Raw, unsharpened map
+追加マップ: CBM3 focus classification - Mask
+追加マップ: CBM3 focus classification - Half map 1
+ハーフマップ: Half map 1
+ハーフマップ: Half map 2
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試料の構成要素
-全体 : Wild-type Mycobacterial Arabinofuranosyltransferase AftD Complexe...
全体 | 名称: Wild-type Mycobacterial Arabinofuranosyltransferase AftD Complexed with Acyl Carrier Protein |
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要素 |
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-超分子 #1: Wild-type Mycobacterial Arabinofuranosyltransferase AftD Complexe...
超分子 | 名称: Wild-type Mycobacterial Arabinofuranosyltransferase AftD Complexed with Acyl Carrier Protein タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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分子量 | 理論値: 50 KDa |
-超分子 #3: Acyl carrier protein
超分子 | 名称: Acyl carrier protein / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-超分子 #2: F5/8 type C domain-containing protein
超分子 | 名称: F5/8 type C domain-containing protein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: F5/8 type C domain-containing protein
分子 | 名称: F5/8 type C domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 149.584281 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: SYVMTYRLDS SALSRRWLAV AAAVSLLLTF SQSPGQISPD TKLDLAINPL RFAARALNLW SSDLPFGQAQ NQAYGYLFPH GAFFSLGHL LGVPAWVTQR LWWALLIVAG FWGLIRVAEA LGIGTRGSRI IAAVAFALSP RVLTTLGAIS SETLPMMLAP W VLLPLILT ...文字列: SYVMTYRLDS SALSRRWLAV AAAVSLLLTF SQSPGQISPD TKLDLAINPL RFAARALNLW SSDLPFGQAQ NQAYGYLFPH GAFFSLGHL LGVPAWVTQR LWWALLIVAG FWGLIRVAEA LGIGTRGSRI IAAVAFALSP RVLTTLGAIS SETLPMMLAP W VLLPLILT FQGRMSPRRA AALSAVAVAL MGAVNAVATA LACGVAVIWW LAHRPNRTWW RFTAWWIPCL ALASTWWIVA LL IFGKISP KFLDFIESSG VTTQWTSLTE VLRGTDSWTP FVAPTATAGS SLVTQSAMVI ATTMLAAAGM AGLAMRGMPA RGR LVAVLL IGLVLLTAGY TGALGSPIAQ QIQFFLDDGG TPLRNVHKLE PLIRLPLILG LAHALSRIPL PASVPVRQWL SALA RPERN RAVAFAIVLL VALAASTSLA WTGRLVPRGG FDAIPGYWND TAHWLADHDT GGRALVVPGA PFAIQTWGLT RDEPL QALG QTPWGVRDSI PLTPPETIRA IDSVQQLFAA GRPSDGLADT LREQGISYLV VRNDLDPDTS RSARPILVHH TIEGSP GLT KVAQFGDPVG AGAVEGFVAD SDLRPQYPAV EIYAVGANDH DGEPYFTDID TMPRVAGGPE ALLRLNERRR QLNEPPL GP SLLATDAAQA GLRPGPAVVT DTPLARETDY GRVDDHSSAI RAPGDKRRTF NRVPDYPATG VPLVNGSWTG GTITASSS A SDSTALPNVA PGTSTAAAID RDNATSWVSS SLEAALGQWI RIDLDRPITN AILTVTPSAT ALGAQVRRLE VETDNGTTS VRFDEPGQPL NIALRPGETT WVKVTATGTD DGTSGVQFGV TELSLTQYDA AGFAHTVDLR HSATVPPPPA GDNPLGWDLG SPLQGRSGC APSPQRLRCA ATLSLAPEEP GTFIRTLTVP QPVSLTPRLW VRARPGPQLR DLIQQPGTTV ATGDSDVIDP Q GSSYAATD GDPGTVWTAP QDSVQRLHLP SLVIKLPKPT AIGAIRLRPS RTEVPAHPKQ VAINLGDGPQ LRSIDPKADV TE LALHPSI TDTITVTVTD WTDIIDRTAL GFDQLKPPGI AEVIALDADH RPIAPADNAA NSKRKITIGC NRGPILALAG RFV PMSITA TVRELLDGTV IQATPCDTSP IATGAGIQDV TVNPSQQFIV DGVQLTAAAT EPASATMTVA PKGAWGPDRR EVTA EPSAH ERVLAVPESI NPGWAARDAQ GHLLTPVRVN GWQQGWVLPA GDGGKITLTF GLNTWYRAGL FGGLALLPIL ACLAL LPAR GRTTLPPVAP WCAGPAAGVA VLAALTAISG ISGMAVGLAA LAFKVWTRWP LRAVTAAGVY LAGGSLLLAG AALSRH PWR SVGGYTGHSW WIQLLALISV ASVALAAVRL PSRRCWKRRS ASREGDSTSA |
-分子 #2: Acyl carrier protein
分子 | 名称: Acyl carrier protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 8.64546 KDa |
配列 | 文字列: MSTIEERVKK IIGEQLGVKQ EEVTNNASFV EDLGADSLDT VELVMALEEE FDTEIPDEEA EKITTVQAAI DYINGHQA |
-分子 #3: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-分子 #4: [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyl...
分子 | 名称: [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: 6OU |
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分子量 | 理論値: 717.996 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-6OU: |
-分子 #5: 4'-PHOSPHOPANTETHEINE
分子 | 名称: 4'-PHOSPHOPANTETHEINE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: PNS |
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分子量 | 理論値: 358.348 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-PNS: |
-分子 #6: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: Solution was filtered and degassed. | |||||||||
グリッド | モデル: Homemade / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 298 K / 装置: SPOTITON 詳細: The Spotiton V1.0 robot was operating at room temperature and moderate humidity.. | |||||||||
詳細 | Protein was incorporated into lipid nanodiscs. |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 15 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-90 / 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 7274 / 平均露光時間: 13.05 sec. / 平均電子線量: 95.72 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+
画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | ![]() PDB-6w98: |