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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21173 | |||||||||
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タイトル | De novo designed octahedral nanoparticle O43_dn18 | |||||||||
マップデータ | De novo designed octahedral nanoparticle O43_dn18, Cryo EM map | |||||||||
試料 |
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生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.54 Å | |||||||||
データ登録者 | Antanasijevic A / Ward AB | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: Tailored design of protein nanoparticle scaffolds for multivalent presentation of viral glycoprotein antigens. 著者: George Ueda / Aleksandar Antanasijevic / Jorge A Fallas / William Sheffler / Jeffrey Copps / Daniel Ellis / Geoffrey B Hutchinson / Adam Moyer / Anila Yasmeen / Yaroslav Tsybovsky / Young-Jun ...著者: George Ueda / Aleksandar Antanasijevic / Jorge A Fallas / William Sheffler / Jeffrey Copps / Daniel Ellis / Geoffrey B Hutchinson / Adam Moyer / Anila Yasmeen / Yaroslav Tsybovsky / Young-Jun Park / Matthew J Bick / Banumathi Sankaran / Rebecca A Gillespie / Philip Jm Brouwer / Peter H Zwart / David Veesler / Masaru Kanekiyo / Barney S Graham / Rogier W Sanders / John P Moore / Per Johan Klasse / Andrew B Ward / Neil P King / David Baker / 要旨: Multivalent presentation of viral glycoproteins can substantially increase the elicitation of antigen-specific antibodies. To enable a new generation of anti-viral vaccines, we designed self- ...Multivalent presentation of viral glycoproteins can substantially increase the elicitation of antigen-specific antibodies. To enable a new generation of anti-viral vaccines, we designed self-assembling protein nanoparticles with geometries tailored to present the ectodomains of influenza, HIV, and RSV viral glycoprotein trimers. We first designed trimers tailored for antigen fusion, featuring N-terminal helices positioned to match the C termini of the viral glycoproteins. Trimers that experimentally adopted their designed configurations were incorporated as components of tetrahedral, octahedral, and icosahedral nanoparticles, which were characterized by cryo-electron microscopy and assessed for their ability to present viral glycoproteins. Electron microscopy and antibody binding experiments demonstrated that the designed nanoparticles presented antigenically intact prefusion HIV-1 Env, influenza hemagglutinin, and RSV F trimers in the predicted geometries. This work demonstrates that antigen-displaying protein nanoparticles can be designed from scratch, and provides a systematic way to investigate the influence of antigen presentation geometry on the immune response to vaccination. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21173.map.gz | 95.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21173-v30.xml emd-21173.xml | 20.8 KB 20.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_21173_fsc.xml | 10.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_21173.png | 224.4 KB | ||
マスクデータ | emd_21173_msk_1.map | 103 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_21173_half_map_1.map.gz emd_21173_half_map_2.map.gz | 76.2 MB 76.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21173 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21173 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21173.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | De novo designed octahedral nanoparticle O43_dn18, Cryo EM map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.03 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_21173_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: De novo designed octahedral nanoparticle O43 dn18, Cryo EM Half-map 1
ファイル | emd_21173_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | De novo designed octahedral nanoparticle O43_dn18, Cryo EM Half-map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: De novo designed octahedral nanoparticle O43 dn18, Cryo EM Half-map 2
ファイル | emd_21173_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | De novo designed octahedral nanoparticle O43_dn18, Cryo EM Half-map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : De novo designed nanoparticle of octahedral symmetry O43_dn18_NP
全体 | 名称: De novo designed nanoparticle of octahedral symmetry O43_dn18_NP |
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要素 |
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-超分子 #1: De novo designed nanoparticle of octahedral symmetry O43_dn18_NP
超分子 | 名称: De novo designed nanoparticle of octahedral symmetry O43_dn18_NP タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Self-assembling nanoparticle of octahedral symmetry |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 810 KDa |
-分子 #1: O43_dn18B
分子 | 名称: O43_dn18B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 13.828147 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGEEAELAYL LGELAYKLGE YRIAIRAYRI ALKRDPNNAE AWYNLGNAYY KQGDYDEAIE YYQKALELDP NNAEAWYNLG NAYYKQGDY DEAIEYYQKA LELDPSNLDA AVNLGAATML TS |
-分子 #2: O43_dn18A
分子 | 名称: O43_dn18A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 22.722627 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MDRCEELARR IAEVVERAKR AGTSEDEIAE SVARVISLVI RALKLSGSSY EVICECVARI VAEIVEALKR SGTSAVEIAK IVARVISEV IRTLKESGSS YEVICECVAR IVAEIVEALK RSGTSAAIIA LIVALVISEV IRTLKESGSS FEVILECVIR I VLEIIEAL ...文字列: MDRCEELARR IAEVVERAKR AGTSEDEIAE SVARVISLVI RALKLSGSSY EVICECVARI VAEIVEALKR SGTSAVEIAK IVARVISEV IRTLKESGSS YEVICECVAR IVAEIVEALK RSGTSAAIIA LIVALVISEV IRTLKESGSS FEVILECVIR I VLEIIEAL KRSGTSEQDV MLIVMAVLLV VLATLQLSGS GGWLEHHHHH H |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3.0 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: TBS buffer, 0.2um filtered, 0.06mM DDM detergent added immediately before freezing | |||||||||
グリッド | 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 11.0 nm / 詳細: unspecified | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: 0.06mM DDM detergent (from an 8X stock) added immediately before freezing. | |||||||||
詳細 | Nanoparticles were generated by co-expression of the two components (A and B) in E coli. Assembled particles are purified by a combination of Ni-affinity and gel filtration chromatography. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 29000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
温度 | 最低: 70.0 K / 最高: 90.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1336 / 平均電子線量: 50.4 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
詳細 | Octahedral nanoparticle O43_dn18 model was fit into the map using UCSF Chimera. A combination of Rosetta relaxed refinement and manual refinement in Coot was used to relax the model into the map. |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER |
得られたモデル | PDB-6vfi: |