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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the human CCAN bound to alpha satellite DNA | ||||||||||||
![]() | Unsharpened map from Relion Refine3D | ||||||||||||
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![]() | Chromosome / kinetochore / cell division / centromere / CELL CYCLE | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of protein localization to kinetochore / FANCM-MHF complex / Mis6-Sim4 complex / centromere complex assembly / kinetochore organization / Fanconi anaemia nuclear complex / metaphase chromosome alignment / kinetochore binding / sex differentiation / CENP-A containing chromatin assembly ...positive regulation of protein localization to kinetochore / FANCM-MHF complex / Mis6-Sim4 complex / centromere complex assembly / kinetochore organization / Fanconi anaemia nuclear complex / metaphase chromosome alignment / kinetochore binding / sex differentiation / CENP-A containing chromatin assembly / resolution of meiotic recombination intermediates / chordate embryonic development / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / kinetochore assembly / inner kinetochore / replication fork processing / mitotic sister chromatid segregation / chromosome, centromeric region / centriolar satellite / chromosome organization / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / interstrand cross-link repair / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / NRIF signals cell death from the nucleus / mitotic spindle organization / positive regulation of protein ubiquitination / positive regulation of epithelial cell proliferation / chromosome segregation / RHO GTPases Activate Formins / Fanconi Anemia Pathway / PKR-mediated signaling / kinetochore / nuclear matrix / Separation of Sister Chromatids / actin cytoskeleton / chromosome / mitotic cell cycle / nuclear body / cell adhesion / protein heterodimerization activity / cell division / DNA repair / apoptotic process / DNA damage response / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / nucleolus / signal transduction / DNA binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.83 Å | ||||||||||||
![]() | Yatskevich S / Muir KW / Bellini D / Zhang Z / Yang J / Tischer T / Predin M / Dendooven T / McLaughlin SH / Barford D | ||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the human inner kinetochore bound to a centromeric CENP-A nucleosome. 著者: Stanislau Yatskevich / Kyle W Muir / Dom Bellini / Ziguo Zhang / Jing Yang / Thomas Tischer / Masa Predin / Tom Dendooven / Stephen H McLaughlin / David Barford / ![]() 要旨: Kinetochores assemble onto specialized centromeric CENP-A (centromere protein A) nucleosomes (CENP-A) to mediate attachments between chromosomes and the mitotic spindle. We describe cryo-electron ...Kinetochores assemble onto specialized centromeric CENP-A (centromere protein A) nucleosomes (CENP-A) to mediate attachments between chromosomes and the mitotic spindle. We describe cryo-electron microscopy structures of the human inner kinetochore constitutive centromere associated network (CCAN) complex bound to CENP-A reconstituted onto α-satellite DNA. CCAN forms edge-on contacts with CENP-A, and a linker DNA segment of the α-satellite repeat emerges from the fully wrapped end of the nucleosome to thread through the central CENP-LN channel that tightly grips the DNA. The CENP-TWSX histone-fold module further augments DNA binding and partially wraps the linker DNA in a manner reminiscent of canonical nucleosomes. Our study suggests that the topological entrapment of the linker DNA by CCAN provides a robust mechanism by which kinetochores withstand both pushing and pulling forces exerted by the mitotic spindle. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 245.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 32.6 KB 32.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 15.3 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 90.8 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 9.1 KB | ||
その他 | ![]() | 18 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 547.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 547.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7r5sMC ![]() 7pb4C ![]() 7pb8C ![]() 7piiC ![]() 7pknC ![]() 7r5rC ![]() 7r5vC ![]() 7ywxC ![]() 7yyhC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | Unsharpened map from Relion Refine3D | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.853 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Sharpened map from Relion PostProcess
ファイル | emd_14336_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Sharpened map from Relion PostProcess | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
+全体 : Human CCAN complex with bound alpha-satellite DNA
+超分子 #1: Human CCAN complex with bound alpha-satellite DNA
+分子 #1: Centromere protein H
+分子 #2: Centromere protein I
+分子 #4: Centromere protein K
+分子 #5: Centromere protein L
+分子 #6: Centromere protein M
+分子 #7: Centromere protein N
+分子 #8: Centromere protein O
+分子 #9: Centromere protein P
+分子 #10: Centromere protein Q
+分子 #11: Centromere protein U
+分子 #12: Centromere protein R
+分子 #13: Centromere protein T
+分子 #14: Centromere protein W
+分子 #15: Centromere protein S
+分子 #16: Centromere protein X
+分子 #3: DNA (66-MER)
+分子 #17: DNA (66-MER)
+分子 #18: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |