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- EMDB-13435: 70S ribosome with EF-G, A/P- and P/E-site tRNAs in spectinomycin-... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13435
タイトル70S ribosome with EF-G, A/P- and P/E-site tRNAs in spectinomycin-treated Mycoplasma pneumoniae cells
マップデータ
試料
  • 細胞: Cryo-electron tomograms of spectinomycin-treated Mycoplasma pneumoniae cells
    • タンパク質・ペプチド: x 51種
    • RNA: x 4種
  • リガンド: x 1種
機能・相同性
機能・相同性情報


translation elongation factor activity / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / ribosomal large subunit assembly / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome ...translation elongation factor activity / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / ribosomal large subunit assembly / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translation elongation factor EFG/EF2 / : / Elongation factor G, domain III / EFG, domain V / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation domain superfamily / Ribosomal protein L7/L12 dimerisation domain / Ribosomal protein L7/L12 / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal / Ribosomal protein L7/L12 C-terminal domain ...Translation elongation factor EFG/EF2 / : / Elongation factor G, domain III / EFG, domain V / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation domain superfamily / Ribosomal protein L7/L12 dimerisation domain / Ribosomal protein L7/L12 / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal / Ribosomal protein L7/L12 C-terminal domain / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal/adaptor protein ClpS-like / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / Ribosomal protein L10 / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / EF-G domain III/V-like / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / : / : / Ribosomal protein S14, type Z / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 signature. / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / : / : / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein uL13 ...Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL12 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Elongation factor G / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL33A / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL17
類似検索 - 構成要素
生物種Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者Xue L / Lenz S / Rappsilber J / Mahamid J
資金援助 英国, 4件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)760067 英国
German Research Foundation (DFG)426290502 英国
Wellcome Trust103139 英国
Wellcome Trust203149 英国
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Visualizing translation dynamics at atomic detail inside a bacterial cell.
著者: Liang Xue / Swantje Lenz / Maria Zimmermann-Kogadeeva / Dimitry Tegunov / Patrick Cramer / Peer Bork / Juri Rappsilber / Julia Mahamid /
要旨: Translation is the fundamental process of protein synthesis and is catalysed by the ribosome in all living cells. Here we use advances in cryo-electron tomography and sub-tomogram analysis to ...Translation is the fundamental process of protein synthesis and is catalysed by the ribosome in all living cells. Here we use advances in cryo-electron tomography and sub-tomogram analysis to visualize the structural dynamics of translation inside the bacterium Mycoplasma pneumoniae. To interpret the functional states in detail, we first obtain a high-resolution in-cell average map of all translating ribosomes and build an atomic model for the M. pneumoniae ribosome that reveals distinct extensions of ribosomal proteins. Classification then resolves 13 ribosome states that differ in their conformation and composition. These recapitulate major states that were previously resolved in vitro, and reflect intermediates during active translation. On the basis of these states, we animate translation elongation inside native cells and show how antibiotics reshape the cellular translation landscapes. During translation elongation, ribosomes often assemble in defined three-dimensional arrangements to form polysomes. By mapping the intracellular organization of translating ribosomes, we show that their association into polysomes involves a local coordination mechanism that is mediated by the ribosomal protein L9. We propose that an extended conformation of L9 within polysomes mitigates collisions to facilitate translation fidelity. Our work thus demonstrates the feasibility of visualizing molecular processes at atomic detail inside cells.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Visualizing translation dynamics at atomic detail inside a bacterial cell
著者: Xue L / Lenz S / Zimmermann-Kogadeeva M / Tegunov D / Cramer P / Bork P / Rappsilber J / Mahamid J
履歴
登録2021年8月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月25日-
マップ公開2022年5月25日-
更新2022年10月19日-
現状2022年10月19日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_13435.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13435.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.7 Å/pix.
x 256 pix.
= 435.328 Å		1.7 Å/pix.
x 256 pix.
= 435.328 Å		1.7 Å/pix.
x 256 pix.
= 435.328 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.7005 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.66
最小 - 最大-1.7783467 - 4.054627
平均 (標準偏差)0.025773412 (±0.16399209)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 435.328 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_13435_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_13435_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_13435_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-electron tomograms of spectinomycin-treated Mycoplasma pneum...

全体名称: Cryo-electron tomograms of spectinomycin-treated Mycoplasma pneumoniae cells
要素
  • 細胞: Cryo-electron tomograms of spectinomycin-treated Mycoplasma pneumoniae cells
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36
    • タンパク質・ペプチド: Elongation factor G
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S2
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14 type Z
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S18
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S20
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S21
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L7/L12
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L9
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L10
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L11
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L31
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33 1
    • RNA: 23S ribosomal RNA
    • RNA: 5S ribosomal RNA
    • RNA: 16S ribosomal RNA
    • RNA: tRNA-Phe
  • リガンド: SPECTINOMYCIN

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超分子 #1: Cryo-electron tomograms of spectinomycin-treated Mycoplasma pneum...

超分子名称: Cryo-electron tomograms of spectinomycin-treated Mycoplasma pneumoniae cells
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#55
詳細: Ribosome sub-tomograms extracted in silico from tomograms of intact cell, refinement with a 70S mask
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア)

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分子 #1: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: ATCC 29342 / M129
分子量理論値: 5.616773 KDa
配列文字列:
MKRTYQPSKL KRAKTHGFLA RMATASGRKV LKLRRKKQRA QLTVSSER

+
分子 #2: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: ATCC 29342 / M129
分子量理論値: 6.793135 KDa
配列文字列:
MKVKSAAKKR FKLTKSGQIK RKHAYTSHLA PHKTTKQKRH LRKQGTVSAS DFKRIGNLI

+
分子 #3: 50S ribosomal protein L36

分子名称: 50S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: ATCC 29342 / M129
分子量理論値: 4.400488 KDa
配列文字列:
MKVRASVKPI CKDCKIIKRH QIVRVICKTQ KHKQRQG

+
分子 #4: Elongation factor G

分子名称: Elongation factor G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア)
分子量理論値: 76.598461 KDa
配列文字列: MARTVDLINF RNFGIMAHID AGKTTTSERI LFHSGRIHKI GETHDGESVM DWMEQEKERG ITITSAATSV SWKNCSLNLI DTPGHVDFT VEVERSLRVL DGAIAVLDAQ MGVEPQTETV WRQASRYEVP RIIFVNKMDK TGANFERSVQ SIQQRLGVKA V PIQLPIGA ...文字列:
MARTVDLINF RNFGIMAHID AGKTTTSERI LFHSGRIHKI GETHDGESVM DWMEQEKERG ITITSAATSV SWKNCSLNLI DTPGHVDFT VEVERSLRVL DGAIAVLDAQ MGVEPQTETV WRQASRYEVP RIIFVNKMDK TGANFERSVQ SIQQRLGVKA V PIQLPIGA ENDFNGIIDL IEEKVYFFDG GKEEKAEEKP IPDQFKDQVK QMRAHLVEEV ANFDDQLMAD YLEGKEISIA DI KRCIRKG VIGCQFFPVL CGSAFKNKGI KLLLDAVVDF LPSPVDVPQA KAYGEDGNEV LISASDDAPF VGLAFKVATD PFV GRLTFV RVYSGVLKSG SYVKNVRKNK KERVSRLVKM HAQNRNEIEE IRAGDICAII GLKDTTTGET LVDDKIDVQL EAMQ FAQPV ISLAVEPKTK ADQEKMSIAL SKLAEEDPTF KTFTDPETGQ TIIAGMGELH LDILVDRMRR EFKVEVNVGA PQVSF RETF NKESEVEGKY IKQSGGRGQY GHVKIRFEPN KDKGFEFVDK IVGGRIPREY IKPVQAGLEN AMASGPLAGY PMIDIK ATL FDGSFHEVDS SEMAFKIAAS LALKEAGKVC SPVLLEPIMA IEVTVPEQYF GDTMGDISSR RGLIEGTEQR DNVQVIK AK VPLKEMFGYA TDLRSFSQGR GNYVMQFSHY AETPKSVVNE IIATKK

+
分子 #5: 30S ribosomal protein S2

分子名称: 30S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: ATCC 29342 / M129
分子量理論値: 33.468629 KDa
配列文字列: MSELITTPVE TTAKAELVSL AKLGEMRTHV GMVKRYWNPK MGFFIEPERK HNNDHFVLEL QRQSLQTAYN YVKEVAQNNG QILFVGTKN DYVKKLVNNI AKRVDVAFIT QRWLGGTLTN FKTLSISINK LNKLVEKQAE NAADLTKKEN LMLSREIERL E KFFGGVKS ...文字列:
MSELITTPVE TTAKAELVSL AKLGEMRTHV GMVKRYWNPK MGFFIEPERK HNNDHFVLEL QRQSLQTAYN YVKEVAQNNG QILFVGTKN DYVKKLVNNI AKRVDVAFIT QRWLGGTLTN FKTLSISINK LNKLVEKQAE NAADLTKKEN LMLSREIERL E KFFGGVKS LKRLPNLLIV DDPVYEKNAV AEANILRIPV VALCNTNTNP ELVDFIIPAN NHQPQSTCLL MNLLADAVAE AK AMPTMFA YKPDEEIQIE IPQKQEAPRQ VVNRANSKQI TSQRLNITRN PEVLTRE

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分子 #6: 30S ribosomal protein S3

分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: ATCC 29342 / M129
分子量理論値: 30.657205 KDa
配列文字列: MGQKVNSNGL RFGINKNWIS RWTANSHAQT AKWLIEDEKI RNLFFVNYRN AQVSNVEIER TQATVDVFVY AAQPAFLIGS ENKNIQKIT KQIKQIIGRT TNLDLTINEI GSPMLSARII ARDLANAIEA RVPLRTAMRQ SLIKVLKAGA NGIKVLVSGR L NGAEIARD ...文字列:
MGQKVNSNGL RFGINKNWIS RWTANSHAQT AKWLIEDEKI RNLFFVNYRN AQVSNVEIER TQATVDVFVY AAQPAFLIGS ENKNIQKIT KQIKQIIGRT TNLDLTINEI GSPMLSARII ARDLANAIEA RVPLRTAMRQ SLIKVLKAGA NGIKVLVSGR L NGAEIARD KMYIEGNMPL STLRADIDYA LEKAQTTYGV IGVKVWINRG MIYTKGLNRT PAHILHPQKK QPNRQNQQPR HF NQGQVLS ANKLTGSDVE TSSIQALTKP NKEDKQ

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分子 #7: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: ATCC 29342 / M129
分子量理論値: 23.817645 KDa
配列文字列: MKYTGSIFKR SRRLGFSLLE NNKEFSKGKK RKTIPGQHGN RFRSSTMSGY AQQLQEKQRM QYMYGITDKQ FRRLFRLVLK QRGNLAVNL FRVLESRLDN IVYRMGFAPT RRSARQLVNH GHVLLNDRTV DTPSIILNPG DKVRLKAKTI KIPIVKAASE S GVVSPFVE ...文字列:
MKYTGSIFKR SRRLGFSLLE NNKEFSKGKK RKTIPGQHGN RFRSSTMSGY AQQLQEKQRM QYMYGITDKQ FRRLFRLVLK QRGNLAVNL FRVLESRLDN IVYRMGFAPT RRSARQLVNH GHVLLNDRTV DTPSIILNPG DKVRLKAKTI KIPIVKAASE S GVVSPFVE TNNKTFEGTY VRFPERSELP AGINESYVVE WYKRLVK

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分子 #8: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: ATCC 29342 / M129
分子量理論値: 24.138008 KDa
配列文字列: MTDQNQKANQ GNGLQTTNLQ AHAQRKHNLR PSSEGIKKAV SKKEGGGHNR NNQNRRFQKP AFKSEFEERI VKLKRISKTT KGGRNMRFS VLVVVGNRKG KIGYGIAKAL EVPNAIKKAI KAAHNSLHTI EIHKGSIYHE VIGRSGASRV LLKPAPQGTG I IAGGAIRA ...文字列:
MTDQNQKANQ GNGLQTTNLQ AHAQRKHNLR PSSEGIKKAV SKKEGGGHNR NNQNRRFQKP AFKSEFEERI VKLKRISKTT KGGRNMRFS VLVVVGNRKG KIGYGIAKAL EVPNAIKKAI KAAHNSLHTI EIHKGSIYHE VIGRSGASRV LLKPAPQGTG I IAGGAIRA IIELAGYSDI YTKNLGRNTP INMIHATMDG ILKQLSPRRV AILRNKNLNE L

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分子 #9: 30S ribosomal protein S6

分子名称: 30S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: ATCC 29342 / M129
分子量理論値: 25.430465 KDa
配列文字列: MQYNIILLVD GSLSLEQANQ VNEKQQQTLT NVEGLQTEYL GLKELAYPIK KQLSAHYYRW KFSGDNQSTK DFKRTANINK QVLRELIIN LEREYGYLAS INPKKQQLAL QKRAKYDEII ARENNPENPD VPVTSGLAST QPRLSRTEKA QKPKEELWDV V QKMGNFDS ...文字列:
MQYNIILLVD GSLSLEQANQ VNEKQQQTLT NVEGLQTEYL GLKELAYPIK KQLSAHYYRW KFSGDNQSTK DFKRTANINK QVLRELIIN LEREYGYLAS INPKKQQLAL QKRAKYDEII ARENNPENPD VPVTSGLAST QPRLSRTEKA QKPKEELWDV V QKMGNFDS VQANPYRPRF KRFNAEHVNQ RQNQQNNNNN RFDRNRNRQH NRFKDKQ

+
分子 #10: 30S ribosomal protein S7

分子名称: 30S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: ATCC 29342 / M129
分子量理論値: 17.897029 KDa
配列文字列:
MRKNRAPKRT VLPDPVFNNT LVTRIINVIM EDGKKGLAQR ILYGAFDLIE QRTKEKPLTV FERAVGNVMP RLELRVRRIA GSNYQVPTE VPQDRKIALA LRWIAMFARK RHEKTMLEKI ANEIIDASNN TGAAIKKKDD THKMAEANKA FAHMRW

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分子 #11: 30S ribosomal protein S8

分子名称: 30S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: ATCC 29342 / M129
分子量理論値: 15.903083 KDa
配列文字列:
MITTTKPIKA HFDPVADLLT KINNARKAKL MTVTTIASKL KIAILEILVK EGYLANFQVL ENKSKTKRIV TFNLKYTQRR IPSINGVKQ ISKPGLRIYR PFEKLPLVLN GLGIAIISTS DGVMTDKVAR LKKIGGEILA YVW

+
分子 #12: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: ATCC 29342 / M129
分子量理論値: 15.149735 KDa
配列文字列:
MEKQSYYGLG RRKSSSAKVY LTPTQDKGKI TVNRRDPSEY FPNKLVIQDM EQPLDLTDLK KNFDINVVVK GGGFTGQAGA IRLGIVRAL LQFNPELKKI LKSKKLTTRD KRVKERKKFG LYGARRAPQF TKR

+
分子 #13: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: ATCC 29342 / M129
分子量理論値: 12.226571 KDa
配列文字列:
MNAANAVKYP ELKIKLESYD STLLDLTTKK IVEVVKGVDV KIKGPLPLPT KKEVITIIRS PHVDKASREQ FEKNRHKRLM ILVDVNQGA IDSLKRIKIP VGVTLRFSK

+
分子 #14: 30S ribosomal protein S11

分子名称: 30S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: ATCC 29342 / M129
分子量理論値: 12.709851 KDa
配列文字列:
MAKKKKINVS SGIIHVSCSP NNTIVSASDP GGNVLCWASS GTMGFKGSRK KTPYSAGIAA DKVAKTVKEM GMATVKLFVK GTGRGKDTA IRSFANAGLS ITEINEKTPI PHNGCKPPKR PR

+
分子 #15: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: ATCC 29342 / M129
分子量理論値: 15.66658 KDa
配列文字列:
MATIAQLIRK PRKKKKVKSK SPALHYNLNL LNKKVTNVYS PLKRGVCTRV GTMTPKKPNS ALRKYAKVRL TNGFEVLTYI PGEGHNLQE HSVTLLRGGR VKDLPGVRYH IVRGTLDTVG VEKRRQQRSA YGAKKPKAKS

+
分子 #16: 30S ribosomal protein S13

分子名称: 30S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: ATCC 29342 / M129
分子量理論値: 14.209607 KDa
配列文字列:
MARILGIDIP NQKRIEIALT YIFGIGLSRS QAILKQANIN PDKRVKDLTE EEFVAIRNVA SAYKIEGDLR REIALNIKHL SEIGAWRGL RHRKNLPVRG QRTRTNARTR KGPRKTVANK KIESK

+
分子 #17: 30S ribosomal protein S14 type Z

分子名称: 30S ribosomal protein S14 type Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: ATCC 29342 / M129
分子量理論値: 6.901364 KDa
配列文字列:
MAKKSLKVKQ TRIPKFAVRA YTRCQRCGRA RAVLSHFGVC RLCFRELAYA GAIPGVKKAS W

+
分子 #18: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: ATCC 29342 / M129
分子量理論値: 9.921687 KDa
配列文字列:
MQIDKNGIIK SAQLHDKDVG SIQVQVSLLT SQIKQLTDHL LANKKDFISK RGLYAKVSKR KRLLKYLKHN DLEAYRNLVK TLNLRG

+
分子 #19: 30S ribosomal protein S16

分子名称: 30S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア)
分子量理論値: 10.806921 KDa
配列文字列:
MVKIRLMRMG RVHYPTYRIV AVDSRVKRDG KYIALIGHLN PALKENKCKI DEAVALEWLN KGAKPTDTVR SLFSQTGLWK KFVESKKKP VAKSK

+
分子 #20: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: ATCC 29342 / M129
分子量理論値: 9.859643 KDa
配列文字列:
MKRNQRKVLI GIVKSTKNAK TATVQVESRF KHPLYHKSVV RHKKYQAHNE GEVLAKDGDK VQIVETRPLS ATKRFRIAKI IERAK

+
分子 #21: 30S ribosomal protein S18

分子名称: 30S ribosomal protein S18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: ATCC 29342 / M129
分子量理論値: 12.411522 KDa
配列文字列:
MMNNEHDNFQ KEVETTTETT FNREEGKRMV RPLFKRSKKY CRFCAIGQLR IDLIDDLEAL KRFLSPYAKI NPRRITGNCQ MHQRHVAKA LKRARYLALV PFVKD

+
分子 #22: 30S ribosomal protein S19

分子名称: 30S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: ATCC 29342 / M129
分子量理論値: 10.057626 KDa
配列文字列:
MSRSAKKGAF VDAHLLKKVI DMNKQEKKRP IKTWSRRSTI FPEFVGNTFA VHNGKTFINV YVTDDMVGHK LGEFSPTRNF KQHTANR

+
分子 #23: 30S ribosomal protein S20

分子名称: 30S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: ATCC 29342 / M129
分子量理論値: 9.993599 KDa
配列文字列:
MANIKSNEKR LRQNIKRNLN NKGQKTKLKT NVKNFHKEIN LDNLGNVYSQ ADRLARKGII STNRARRLKS RNVAVLNKTQ VTAVEGK

+
分子 #24: 30S ribosomal protein S21

分子名称: 30S ribosomal protein S21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: ATCC 29342 / M129
分子量理論値: 7.539182 KDa
配列文字列:
MPKIEVKNDD LELALKKFKR VSLEIRRLAQ RHEYHLRKGM RLREKRKIAQ KKRRKFRNMV

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L7/L12

分子名称: 50S ribosomal protein L7/L12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア)
分子量理論値: 13.122264 KDa
配列文字列:
MAKLDKNQLI ESLKEMTIME IDEIIKAVEE AFGVSATPVV AAGAVGGTQE AASEVTVKVT GYTDNAKLAV LKLYREIAGV GLMEAKTAV EKLPCVVKQD IKPEEAEELK KRFVEVGATV EIK

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: ATCC 29342 / M129
分子量理論値: 31.966871 KDa
配列文字列: MPIKKIISRS NSGIHHSTVI DYKKLLTTNK NKPEKSLLVT LKKHGGRNNQ GKITVRHQGG RNKRKYRIID FKRTHYDNIE ATVKSIEYD PNRSCFVSLI TYANGAKSYI ISPDGIKVGD KILASEHPID IKPGFSMPLA FIPEGTQVHN IELHPKGGGQ I ARSAGSYA ...文字列:
MPIKKIISRS NSGIHHSTVI DYKKLLTTNK NKPEKSLLVT LKKHGGRNNQ GKITVRHQGG RNKRKYRIID FKRTHYDNIE ATVKSIEYD PNRSCFVSLI TYANGAKSYI ISPDGIKVGD KILASEHPID IKPGFSMPLA FIPEGTQVHN IELHPKGGGQ I ARSAGSYA RILGQDETGK YVILQLLSGE TRKFLKECRA TVGVVSNLDH NLVVIGKAGR NRHRGIRPTV RGSAMNPNDH PH GGGEGRS PVGRDAPRTP WGKRHMGVKT RNMKKASTNL IIRNRKGEQY

+
分子 #27: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: ATCC 29342 / M129
分子量理論値: 31.298172 KDa
配列文字列: MEIRGIFGVK VGMSQVFTTN NERLPITVIY CEPNQVAGVK TEAKDKYSAT LLSFDTVENK KLNKPQQGFF EKNNLKPTKH LQEIRNMTG FEMGQQITPQ NLFQVGEYVD VSAISKGRGF TGAIKRWNFK IGPLGHGAGY PHRFQGSVQA GRGGASAQRV F KGKKMSGH ...文字列:
MEIRGIFGVK VGMSQVFTTN NERLPITVIY CEPNQVAGVK TEAKDKYSAT LLSFDTVENK KLNKPQQGFF EKNNLKPTKH LQEIRNMTG FEMGQQITPQ NLFQVGEYVD VSAISKGRGF TGAIKRWNFK IGPLGHGAGY PHRFQGSVQA GRGGASAQRV F KGKKMSGH YGHEKVTVQN LRIVGFDEAN MLVLVSGAIA GPEGGVVLIR TAKKKPGVVK PIELAVQTEK APEAKPAKLS KK KQAKELA KAQAANQQTV EAKVDTPVVE PKPTEVKKAA PVVEKKGEDK

+
分子 #28: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: ATCC 29342 / M129
分子量理論値: 23.632572 KDa
配列文字列: MAKLKLIKID GSFETEPVKL SPGLIAKELK QQPVFDAVLV EQASWRQGTH SILTKGEVRG GGKKPYKQKH TGKARQGSTR NPHFVGGGI VFGPKPNRNY SLKLNKKAHT AALHTVWSEK LASDNTHLVD QNLFNKTEGK TKVMMQFLKS AKLLDKNVLF V VNTLNTNL ...文字列:
MAKLKLIKID GSFETEPVKL SPGLIAKELK QQPVFDAVLV EQASWRQGTH SILTKGEVRG GGKKPYKQKH TGKARQGSTR NPHFVGGGI VFGPKPNRNY SLKLNKKAHT AALHTVWSEK LASDNTHLVD QNLFNKTEGK TKVMMQFLKS AKLLDKNVLF V VNTLNTNL EQSTSNIKNV QVKHLDKVSV RDLMLANALL VEKEVLKALE GKFK

+
分子 #29: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: ATCC 29342 / M129
分子量理論値: 20.270834 KDa
配列文字列:
MNNLKAHYQK TIAKELQKSF AFSSIMQVPR LEKIVINMGV GDAIRDSKFL ESALNELHLI SGQKPVATKA KNAISTYKLR AGQLIGCKV TLRGERMWAF LEKLIYVALP RVRDFRGLSL KSFDGRGNYT IGIKEQIIFP EIVYDDIKRI RGFDVTLVTS T NKDSEALA LLRALNLPLV KG

+
分子 #30: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: ATCC 29342 / M129
分子量理論値: 20.624062 KDa
配列文字列:
MSKIGNRTIT LDPAKVNLNF QKDHIAVKGP LGQIELKLPP NLPLKFELKD NNLQITRNNE LKQSKIFHGT YNALITNAII GVTQGFEKK LRLVGVGYRA NVEGETLNLQ LGYSHPIKEK IPKGLTVKVE KNTEITISGI SKELVGQFAT EVRKWRKPEP Y KGKGVLYF DEVIVRKAGK TAEGKK

+
分子 #31: 50S ribosomal protein L9

分子名称: 50S ribosomal protein L9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: ATCC 29342 / M129
分子量理論値: 17.185037 KDa
配列文字列:
MKVILKQDVS NLGKRFDVVD VKDGYAIHFL FPKKLAAPLT KKSLQDRDLF LKKQQEHYEI NKALSHKLKE VIEQTELHFS LKEHNGRPY GSIITKQIIN QAHTKGMALQ KFMFKDNVRL GFGDHEITLH IFEDTTAVLK VKVTPDNGVK

+
分子 #32: 50S ribosomal protein L10

分子名称: 50S ribosomal protein L10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: ATCC 29342 / M129
分子量理論値: 17.645719 KDa
配列文字列:
MEAKKDKAQQ VADVSHLLST SAGFVIFDYT SMSAIEATSI RKKLFKNGSK IKVIKNNILR RALKAGKFEG IDETAIKGKL AVAVGVNEI VETLKAVDGV VKAKEAMNFV CGYFDNRAFN SADLEKIAKL PGRNELYGMF LSVLQAPLRK FLYALEAVKA A K

+
分子 #33: 50S ribosomal protein L11

分子名称: 50S ribosomal protein L11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: ATCC 29342 / M129
分子量理論値: 14.80361 KDa
配列文字列:
MAKKTITRIA KINLLGGQAK PGPALASVGI NMGEFTKQFN EKTKDKQGEM IPCVITAYND KSFDFILKTT PVSILLKQAA KLEKGAKNA KTIVGKITMA KAKEIAQYKL VDLNANTVEA ALKMVLGTAK QMGIEVIE

+
分子 #34: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: ATCC 29342 / M129
分子量理論値: 16.821477 KDa
配列文字列:
MQKTSMLTKE QANKRRQWYI VDAAGLVLGK LAVKAADLIR GKNKVDFTPN QDCGDYLIII NSDQVVLTGN KKENEFWYHH SQYIGGIKK VSGRDMLKKQ SDKLVYNAVK GMLPDNRLSR RWITKVHVFK GDKHNMEAQK PTTLNWS

+
分子 #35: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: ATCC 29342 / M129
分子量理論値: 13.478906 KDa
配列文字列:
MVSFMTRLNV ADNTGAKQVG IIKVLGSTRK RYAFLGDVVV VSVKDAIPSG MVKKGQVLRA VIVRTKKGQQ RKDGTHLKFD DNACVLIKE DKSPRGTRIF GPVARELRER GYNKILSLAV EVV

+
分子 #36: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: ATCC 29342 / M129
分子量理論値: 16.768812 KDa
配列文字列:
MELNQLKSVP KARNHKTKTL GRGHGSGLGK TSGRGQKGQK ARKSGLTRPG FEGGQTPLYR RLPKFGNARK GFLKQEWVVL NLNKIAKLK LDKINRASLI EKQVISAKSQ LPIKLIGHTK LEKPLHFEVH KVSKQALKAV ENANGSVKLL EK

+
分子 #37: 50S ribosomal protein L16

分子名称: 50S ribosomal protein L16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: ATCC 29342 / M129
分子量理論値: 15.646479 KDa
配列文字列:
MLQPKRTKYR KPHNVSYEGK AKGNSYVAFG EYGLVATKGN WIDARAIESA RIAISKCLGK TGKMWIRIFP HMSKTKKPLE VRMGSGKGN PEFWVAVVKQ GTVMFEVANI PESQMIKALT RAGHKLPVTW KILKREEVSA

+
分子 #38: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: ATCC 29342 / M129
分子量理論値: 14.270727 KDa
配列文字列:
MSYINKPGKT SAWRVMTVRQ QVSAVLAYGK IETTLKKAKN TQKRLDKLIT LAKVDNFNNR RQVKKWLLNT NLFDVDQLMD HLFSKVAPK YEKTPGGYSR VLKLGPRRGD ATEMAILQLT DAKYK

+
分子 #39: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: ATCC 29342 / M129
分子量理論値: 13.073256 KDa
配列文字列:
MKTRTEQRRL RHKRIVKKIR ATNHDNRVVL MVIKSLNHIS VQAWDFSQNI VLASSSSLAL KLKNGNKDNA KLVGQDIADK LVKLKLTNV VFDTGGSKYH GRIAALAEAA RERGLNF

+
分子 #40: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: ATCC 29342 / M129
分子量理論値: 13.870327 KDa
配列文字列:
MKKINKQALI DLVEQKQLKA YVPEFSAGDE VNVAIKLKEK EKVRIQNFTG TVLRRRGKGI SETFIVRKTT DGIPIEKNFQ IHNPNISIE LKRRGKVRRA YISYMRERSG KAAKIKERKQ

+
分子 #41: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: ATCC 29342 / M129
分子量理論値: 14.742431 KDa
配列文字列:
MRIKGGKQTR VRRKKWLKQA SGSFGTRHAS YKVAKQTVIQ AAKYAYRDRR NKKRDFRSLW ILRLNAALRE QGMTYSVFIN LLKKHNIEI NRKVLSELAI KEPSKFNLIV QKVKSEQPKA AKPAALGN

+
分子 #42: 50S ribosomal protein L21

分子名称: 50S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: ATCC 29342 / M129
分子量理論値: 11.664824 KDa
配列文字列:
MHAIVVCGSK QYLVHENDTF FVEKLEAPVG KEIQLDKVLM LDEKIGAPYL EKARVVCVVE KHGLQRKVNV IKHISQKHHL KKYGHRQPY TKLKVVRFVH D

+
分子 #43: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: ATCC 29342 / M129
分子量理論値: 17.355402 KDa
配列文字列:
MIAFAKQFRV RISPQKARLV CQLIVGKKTA DAQNILSNTP KKAATLIAKL LNSAIANATN NHGMNGDALY VFECVANQGP SMKRTIPRA KGSSNMITKR SSNLVVKLSD NPNERQELIK QQKALVKKRV EGQQKAKMAR QKAVTSVVKA PSKTQGGVQK

+
分子 #44: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: ATCC 29342 / M129
分子量理論値: 25.89274 KDa
配列文字列: MDVTNVLLKP VLTEKVYFNQ MGETKKYVFV VNPKASKTRV KLAFELVYGI KPLKVNTLIR KPTTIRGGSR FPGLSKLEKL AVITLPKGI AISVTGEAPE KTDKPADKTT LKESTVKEIK DTKNSPEAVV KTAVEALQIK PTAAPVTTAP LQTVAVKVAK E VKEVKVEK ...文字列:
MDVTNVLLKP VLTEKVYFNQ MGETKKYVFV VNPKASKTRV KLAFELVYGI KPLKVNTLIR KPTTIRGGSR FPGLSKLEKL AVITLPKGI AISVTGEAPE KTDKPADKTT LKESTVKEIK DTKNSPEAVV KTAVEALQIK PTAAPVTTAP LQTVAVKVAK E VKEVKVEK PVKVEKPTKP AKVAKEAKTT KVAKETKAEK SVQTTKVAKE TKTEKSAKTT KTTATKTTKT KTTKKEVKK

+
分子 #45: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 45 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: ATCC 29342 / M129
分子量理論値: 12.461865 KDa
配列文字列:
MQRIKKGDKV VVITGKNKGG SGIVLKIMPA RQQAIVEGLN KVTRHKKKDQ TTKRAAKQST GKVQQEAPIF LSKLALFDQK AKQQTIGKI KYVMDPKTNK KTRVFKKSNN TL

+
分子 #46: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: ATCC 29342 / M129
分子量理論値: 11.527338 KDa
配列文字列:
MNNKYFLTKI DLQFFASKKG VGSTKNGRDS HAKRLGAKKA DGQMIRTGQI IYRQRGTRVY PGVNVGLGSD DTLFALSDGL VKYQKFGPK QGKTRVSVVK HKLDA

+
分子 #47: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 47 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: ATCC 29342 / M129
分子量理論値: 7.549902 KDa
配列文字列:
MAKKDQLTLR GPLYGNNRSH SKTITRRKWN VNLQPCKVKT ADGKTTRILV STRTLRTLKK HNRLS

+
分子 #48: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 48 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: ATCC 29342 / M129
分子量理論値: 13.003328 KDa
配列文字列:
MTVAKELRQK SSEELVKLVI KLKGELLEYR FKLAHGELDK PHLINQTRRL LATILTILTE RKLNWQEEQA KYKLLTKKTN EAAVNAWKQ HLEANKAKLL KSRAKREDAS KK

+
分子 #49: 50S ribosomal protein L31

分子名称: 50S ribosomal protein L31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 49 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: ATCC 29342 / M129
分子量理論値: 10.980657 KDa
配列文字列:
MKKDFHFPSQ SVSFKCASCS NSFTIESTLK QKEITIDICG KCHPFYIGEL TKQTVHGRAE KLSGKFNAGK AFLENKTPKK AKGKTEEYT KHRSLNEL

+
分子 #50: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 50 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: ATCC 29342 / M129
分子量理論値: 6.641897 KDa
配列文字列:
MAVQQRRSSK HRRDKRRSHD ALTAQALSVC QKCGKKKLFH RVCSCGMYGD LRVKKAY

+
分子 #51: 50S ribosomal protein L33 1

分子名称: 50S ribosomal protein L33 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 51 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: ATCC 29342 / M129
分子量理論値: 6.298612 KDa
配列文字列:
MAVKRSTRLG CNDCREINYL TFKNVKKNPE KLALNKFCSR CRKVVVHKEV KRK

+
分子 #52: 23S ribosomal RNA

分子名称: 23S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 52 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア)
分子量理論値: 940.9115 KDa
配列文字列: UACAAUAAGU UACUAAGGGC UUAUGGUGGA UGCCUUGGCA CUAAUAGGCG AUGAAGGACG UGUUAACCUG CGAUAAGCUU CGGGUAGGU GGUAAGAACC UCAGAUCCGG AGAUUUCCGA AUGGAGCAAU CCGGUAGUUG GAAACAGCUA UCAUUAAUUG A UGAAUAAA ...文字列:
UACAAUAAGU UACUAAGGGC UUAUGGUGGA UGCCUUGGCA CUAAUAGGCG AUGAAGGACG UGUUAACCUG CGAUAAGCUU CGGGUAGGU GGUAAGAACC UCAGAUCCGG AGAUUUCCGA AUGGAGCAAU CCGGUAGUUG GAAACAGCUA UCAUUAAUUG A UGAAUAAA UAGUCAAUUA AAGCAAUACG UGGUGAAGUG AAACAUCUCA GUAGCCACAG GAAAAGAAAA CGAAUGUGAU UC CGUGUGU AGUGGCGAGC GAAAGCGGAA CAGGCCAAAC UUAUCAUUAG AUAGGGGUUG UAGGGCUUGC AAUGUGGACU UGA AAACGA UAGAAGAAGC UGUUGGAAAG CAGCGCGCAA AAGGGUGAUA GCCCCGUAUU UGAAAUUGUU UUCAUACCUA GCGA GAUCC CUGAGUAGCU CGGAAAACGU UAUUUUGAGU GAAUCUGCCC AGACCAUUGG GUAAGCCUAA AUACUAAUUA GUGAC CGAU AGCGAAACAG UACCGUGAGG GAAAGGUGAA AAGAACCCAG AGAUGGGAGU GAAAUAGAUU CUGAAACCAU AUGCCU ACA ACGUGUCAGA GCACAUUAAU GUGUGAUGGC GUGCGUUUUG AAGUAUGAGC CGGCGAGUUA UGAUAGCAAG CGUUAGU UA ACCAGGAGAU GGGGAGCUGU AGCGAAAGCG AGUUUUAAAA GAGCGUUUGU UUGUUAUUAU AGACCCGAAA CGGGUUGA G CUAGUCAUGA GCAGGUUGAA GGUUGAGUAA CAUCAACUGG AGGACCGAAC CGACUCUCGU UGAAACGAUA GCGGAUGAC UUGUGAUUAG GGGUGAAAUU CCAAUCGAAA UCCGUGAUAG CUGGUUCUCG UCGAAAUAGC UUUAAGGCUA GCGUGAGAUC ACAAAUAAG UGGAGGUAAA GCUACUGAAU GUAUGAUGGC GCCACCUAGG CGUACUGAAU ACAAUUAAAC UCUGAAUGCC A UUUAUUUU AUUCUCGCAG UCAGACAGUG GGGGAUAAGC UUCAUUGUCA AGAGGGGAAG AGCCCAGAUC AUUAAAUAAG GU CCCCAAA AUAUACUAAG UGGAAAAGGA UGUGAAAGUG CUAAAACAGC AAGGAUGUUG GCUUAGAAGC AGCCAUCGUU UAA AGAGUG CGUAACAGCU CACUUGUCGA GUGUUUUUGC GCCGAAGAUG UAACGGGGCU AAGUAUAUUA CCGAAUUUAU GGAU AAGAU UUAUAUCUUG UGGUAGACGA GCGUUGUAUU GGAGUUGAAG UCAAAGCGUG AGCAUUGGUG GAUCCAAUAC AAGUG AGAA UGCCGGCAUG AGUAACGCUU GGGAGUGAGA AUCUCCCAAA CCGAUUGACU AAGGUUUCCU GGACCAGGGU CGUCCU UCC AGGGUUAGUC UGGACCUAAG CUGAGGCUGA AAAGCGUAGG CGAUGGACAA CAGGUUAAUA UUCCUGUACU UACAGUU AG ACUGAUGGAG UGACAAAGAA GGUUUUCCAC CCCCAUAAUU GGAUUUGGGG AUAAAUCAUA AGGUGGUACA AUAGGCAA A UCCGUUGUGC AUAACAUUGA GUGAUGAUGU CGAGUGAAUG AGUGAUCAAG UAGCGAAGGU GGUAUUAAUC AUGCUUUCA AGAAAAGCUU CUAGGGUUAA UCUAGCUGUA ACCAGUACCG AGAACGAACA CACGUAGUCA AGGAGAGGAU CCUAAGGUUA GCGAGUGAA CUAUAGCCAA GGAACUCUGC AAAUUAACCC CGUAAGUUAG CGAGAAGGGG UGCUUAUGUA AAAGUAAGCC G CAGUGAAG AACGAGGGGG GACUGUUUAA CUAAAACACA ACUCUAUGCC AAACCGUAAG GUGAUGUAUA UGGGGUGACA CC UGCCCAG UGCUGGAAGG UUAAAGAAGG AGGUUAGCGC AAGCGAAGCU UUUAACUGAA GCCCCAGUGA ACGGCGGCCG UAA CUAUAA CGGUCCUAAG GUAGCGAAAU UCCUAGUCGG GUAAAUUCCG UCCCGCUUGA AUGGUGUAAC CAUCUCUUGA CUGU CUCGG CUAUAGACUC GGUGAAAUCC AGGUACGGGU GAAGACACCC GUUAGGCGCA ACGGGACGGA AAGACCCCGU GAAGC UUUA CUGUAGCUUA AUAUUGAUCA GGACAUUAUC AUGUAGAGAA UAGGUAGGAG CAAUCGAUGC AAGUUCGCUA GGACUU GUU GAUGCGAAAG GUGGAAUACU ACCCUUGGUU GUGUGCUGUU CUAAUUGGUA ACUGUUAUCC AGUUUCAAGA CAGUGUU AG GUGGGCAGUU UGACUGGGGC GGUCGCCUCC UAAAAGGUAA CGGAGGCGUA CAAAGGUACC UUCAGUACGG UUGGAAAU C GUAUGUAGAG UGUAAUGGUG UAAGGGUGCU UGACUGUGAG ACAUACAGGU CGAACAGGUG AGAAAUCAGG UCAUAGUGA UCCGGUGGUC CAGUAUGGAA UGGCCAUCGC UCAACGGAUA AAAGCUACUC CGGGGAUAAC AGGCUGAUAC UGCCCAAGAG UUCAUAUCG ACGGCAGUGU UUGGCACCUC GAUGUCGACU CAUCUCAUCC UCGAGCUGAA GCAGGUUCGA AGGGUUCGGC U GUUCGCCG AUUAAAGAGA UACGUGAGUU GGGUUCAAAC CGUCGUGAGA CAGGUUGGUC CCUAUCUAUU GUGCCCGUAG GA AGAUUGA AGAGUGUUGC UUCUAGUACG AGAGGACCGA AGCGAGGACA CCUCUUAUGC UCCAGUUGUA GCGCCAGCUG CAC CGCUGG GUAGUAACGU GUCUAUUAGA UAAACGCUGA AAGCAUCUAA GUGUGAAACU AUCUCAAAGA UUAAUCUUCC CAUU UCGCA AGAAAGUAAG AGCCGUCAAA GACGAUGACG UUGAUAGGUU ACAGGUGUAA GCAUAGUGAU AUGUUGAGCU GAGUA AUAC UAAUUGCUCG AGGACUUAUU GGA

+
分子 #53: 5S ribosomal RNA

分子名称: 5S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 53 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア)
分子量理論値: 34.796676 KDa
配列文字列:
UUUGGUGCCC AUGUCGCUGU GGAAACACCU GGUUCCAUUU CGAACCCAGC AGUUAAGCAC AGUGGAGCCG AAUGUAGCUG UUUCAGUGA GAAUAGGAAA GCACCAAGC

+
分子 #54: 16S ribosomal RNA

分子名称: 16S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 54 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア)
分子量理論値: 491.243625 KDa
配列文字列: UUUUUCUGAG AGUUUGAUCC UGGCUCAGGA UUAACGCUGG CGGCAUGCCU AAUACAUGCA AGUCGAUCGA AAGUAGUAAU ACUUUAGAG GCGAACGGGU GAGUAACACG UAUCCAAUCU ACCUUAUAAU GGGGGAUAAC UAGUUGAAAG ACUAGCUAAU A CCGCAUAA ...文字列:
UUUUUCUGAG AGUUUGAUCC UGGCUCAGGA UUAACGCUGG CGGCAUGCCU AAUACAUGCA AGUCGAUCGA AAGUAGUAAU ACUUUAGAG GCGAACGGGU GAGUAACACG UAUCCAAUCU ACCUUAUAAU GGGGGAUAAC UAGUUGAAAG ACUAGCUAAU A CCGCAUAA GAACUUUGGU UCGCAUGAAU CAAAGUUGAA AGGACCUGCA AGGGUUCGUU AUUUGAUGAG GGUGCGCCAU AU CAGCUAG UUGGUGGGGU AACGGCCUAC CAAGGCAAUG ACGUGUAGCU AUGCUGAGAA GUAGAAUAGC CACAAUGGGA CUG AGACAC GGCCCAUACU CCUACGGGAG GCAGCAGUAG GGAAUUUUUC ACAAUGAGCG AAAGCUUGAU GGAGCAAUGC CGCG UGAAC GAUGAAGGUC UUUAAGAUUG UAAAGUUCUU UUAUUUGGGA AGAAUGACUU UAGCAGGUAA UGGCUAGAGU UUGAC UGUA CCAUUUUGAA UAAGUGACGA CUAACUAUGU GCCAGCAGUC GCGGUAAUAC AUAGGUCGCA AGCGUUAUCC GGAUUU AUU GGGCGUAAAG CAAGCGCAGG CGGAUUGAAA AGUCUGGUGU UAAAGGCAGC UGCUUAACAG UUGUAUGCAU UGGAAAC UA UUAAUCUAGA GUGUGGUAGG GAGUUUUGGA AUUUCAUGUG GAGCGGUGAA AUGCGUAGAU AUAUGAAGGA ACACCAGU G GCGAAGGCGA AAACUUAGGC CAUUACUGAC GCUUAGGCUU GAAAGUGUGG GGAGCAAAUA GGAUUAGAUA CCCUAGUAG UCCACACCGU AAACGAUAGA UACUAGCUGU CGGGGCGAUC CCCUCGGUAG UGAAGUUAAC ACAUUAAGUA UCUCGCCUGG GUAGUACAU UCGCAAGAAU GAAACUCAAA CGGAAUUGAC GGGGACCCGC ACAAGUGGUG GAGCAUGUUG CUUAAUUCGA C GGUACACG AAAAACCUUA CCUAGACUUG ACAUCCUUGG CAAAGUUAUG GAAACAUAAU GGAGGUUAAC CGAGUGACAG GU GGUGCAU GGUUGUCGUC AGCUCGUGUC GUGAGAUGUU GGGUUAAGUC CCGCAACGAG CGCAACCCUU AUCGUUAGUU ACA UUGUCU AGCGAGACUG CUAAUGCAAA UUGGAGGAAG GAAGGGAUGA CGUCAAAUCA UCAUGCCCCU UAUGUCUAGG GCUG CAAAC GUGCUACAAU GGCCAAUACA AACAGUCGCC AGCUUGUAAA AGUGAGCAAA UCUGUAAAGU UGGUCUCAGU UCGGA UUGA GGGCUGCAAU UCGUCCUCAU GAAGUCGGAA UCACUAGUAA UCGCGAAUCA GCUAUGUCGC GGUGAAUACG UUCUCG GGU CUUGUACACA CCGCCCGUCA AACUAUGAAA GCUGGUAAUA UUUAAAAACG UGUUGCUAAC CAUUAGGAAG CGCAUGU CA AGGAUAGCAC CGGUGAUUGG AGUUAAGUCG UAACAAGGUA CCCCUACGAG AACGUGGGGG UGGAUCACCU CCUUUCUA

+
分子 #55: tRNA-Phe

分子名称: tRNA-Phe / タイプ: rna / ID: 55 / コピー数: 2
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア)
分子量理論値: 24.470521 KDa
配列文字列:
GGUCUUGUAG CUCAGUCGGU AGAGCAACGG UCUGAAGAAC CGUGUGUCGG CAGUUCGAUU CUGCCCGAGA CCACCA

+
分子 #56: SPECTINOMYCIN

分子名称: SPECTINOMYCIN / タイプ: ligand / ID: 56 / コピー数: 1 / 式: SCM
分子量理論値: 332.35 Da
Chemical component information

ChemComp-SCM:
SPECTINOMYCIN / スペクチノマイシン / 抗生剤*YM

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: back-side blotting for 2-3 seconds before plunging using a manual plunger without an environmental chamber.
詳細Mycoplasma pneumoniae M129 cells were grown on gold Quantifoil grids at 37 Celsius. Treatment with spectinomycin was performed for 15 to 20 minutes before plunge freezing.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 3.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.75 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8) / 使用したサブトモグラム数: 8371
抽出トモグラム数: 70 / 使用した粒子像数: 13418
ソフトウェア: (名称: PyTom, Warp (ver. 3.0.7 beta or 3.0.9))
CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

7ooc


7ood


4v7c

chain_id: 7

4v7c

chain_id: 8

4v7d

chain_id: 9

4v7d

chain_id: W
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7pib:
70S ribosome with EF-G, A/P- and P/E-site tRNAs in spectinomycin-treated Mycoplasma pneumoniae cells

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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