[日本語] English
万見
- EMDB-13415: MaP OF P5C3RBD Interface -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13415
タイトルMaP OF P5C3RBD Interface
マップデータ
試料
  • 複合体: RBD fab
    • タンパク質・ペプチド: Surface glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Heavy ChaIn variable
    • タンパク質・ペプチド: Light ChaIn
機能・相同性Surface glycoprotein
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Perez L
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: A highly potent antibody effective against SARS-CoV-2 variants of concern.
著者: Craig Fenwick / Priscilla Turelli / Laurent Perez / Céline Pellaton / Line Esteves-Leuenberger / Alex Farina / Jérémy Campos / Erica Lana / Flurin Fiscalini / Charlène Raclot / Florence ...著者: Craig Fenwick / Priscilla Turelli / Laurent Perez / Céline Pellaton / Line Esteves-Leuenberger / Alex Farina / Jérémy Campos / Erica Lana / Flurin Fiscalini / Charlène Raclot / Florence Pojer / Kelvin Lau / Davide Demurtas / Marc Descatoire / Victor S Joo / Mathilde Foglierini / Alessandra Noto / Rana Abdelnabi / Caroline S Foo / Laura Vangeel / Johan Neyts / Wenjuan Du / Berend-Jan Bosch / Geertruida Veldman / Pieter Leyssen / Volker Thiel / Roger LeGrand / Yves Lévy / Didier Trono / Giuseppe Pantaleo /
要旨: Control of the ongoing SARS-CoV-2 pandemic is endangered by the emergence of viral variants with increased transmission efficiency, resistance to marketed therapeutic antibodies, and reduced ...Control of the ongoing SARS-CoV-2 pandemic is endangered by the emergence of viral variants with increased transmission efficiency, resistance to marketed therapeutic antibodies, and reduced sensitivity to vaccine-induced immunity. Here, we screen B cells from COVID-19 donors and identify P5C3, a highly potent and broadly neutralizing monoclonal antibody with picomolar neutralizing activity against all SARS-CoV-2 variants of concern (VOCs) identified to date. Structural characterization of P5C3 Fab in complex with the spike demonstrates a neutralizing activity defined by a large buried surface area, highly overlapping with the receptor-binding domain (RBD) surface necessary for ACE2 interaction. We further demonstrate that P5C3 shows complete prophylactic protection in the SARS-CoV-2-infected hamster challenge model. These results indicate that P5C3 opens exciting perspectives either as a prophylactic agent in immunocompromised individuals with poor response to vaccination or as combination therapy in SARS-CoV-2-infected individuals.
履歴
登録2021年8月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年10月13日-
マップ公開2021年10月13日-
更新2021年10月27日-
現状2021年10月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 30
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 30
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7phg
  • 表面レベル: 30
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13415.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13415.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 536.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度
表面レベル登録者による: 6.0 / ムービー #1: 30
最小 - 最大-45.679295 - 171.2545
平均 (標準偏差)-5.813864e-13 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ520520520
Spacing520520520
セルA=B=C: 426.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.820.820.82
M x/y/z520520520
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z426.400426.400426.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ520520520
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS520520520
D min/max/mean-45.679171.255-0.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : RBD fab

全体名称: RBD fab
要素
  • 複合体: RBD fab
    • タンパク質・ペプチド: Surface glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Heavy ChaIn variable
    • タンパク質・ペプチド: Light ChaIn

-
超分子 #1: RBD fab

超分子名称: RBD fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
分子 #1: Surface glycoprotein

分子名称: Surface glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 21.986652 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: ITNLCPFGEV FNATRFASVY AWNRKRISNC VADYSVLYNS ASFSTFKCYG VSPTKLNDLC FTNVYADSFV IRGDEVRQIA PGQTGKIAD YNYKLPDDFT GCVIAWNSNN LDSKVGGNYN YLYRLFRKSN LKPFERDIST EIYQAGSTPC NGVEGFNCYF P LQSYGFQP ...文字列:
ITNLCPFGEV FNATRFASVY AWNRKRISNC VADYSVLYNS ASFSTFKCYG VSPTKLNDLC FTNVYADSFV IRGDEVRQIA PGQTGKIAD YNYKLPDDFT GCVIAWNSNN LDSKVGGNYN YLYRLFRKSN LKPFERDIST EIYQAGSTPC NGVEGFNCYF P LQSYGFQP TNGVGYQPYR VVVLSFELLH APATVCGP

-
分子 #2: Heavy ChaIn variable

分子名称: Heavy ChaIn variable / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.339821 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列:
QMQLVQSGPE VKKPGTSVKV SCKASGFTFT SSAVQWVRQA RGQRLEWIGW IVVGSGNTDY AQQFQERVTI TRDMSTSTAY MELSSLGSE DTAVYYCAAP NCSGGSCYDG FDLWGQGTMV TVSS

-
分子 #3: Light ChaIn

分子名称: Light ChaIn / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.728994 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列:
EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRGSQSVR SSYLGWYQQK PGQAPRLLIY GASSRATGIP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYC QQYGSSPWTF GQGTKVEIK

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.3 / 構成要素 - 式: PBS
凍結凍結剤: HELIUM

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 38.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 585005
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: OTHER

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る