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万見
- EMDB-13054: Cryo-EM structure of nonameric EPEC SctV-C -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13054
タイトルCryo-EM structure of nonameric EPEC SctV-C
マップデータPost-processed map_masked
試料
  • 複合体: EPEC SctV-C nonamer
    • タンパク質・ペプチド: Translocator EscV
キーワードT3SS / SctV nonamer / export gate / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Type III secretion protein HrcV / FHIPEP conserved site / Bacterial export FHIPEP family signature. / Type III secretion system FHIPEP / FHIPEP, domain 3 / FHIPEP, domain 4 / FHIPEP family
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli O127:H6 str. E2348/69 (大腸菌) / Escherichia coli O127:H6 (strain E2348/69 / EPEC) (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Yuan B / Wald J / Fahrenkamp D / Marlovits TC
資金援助 オーストリア, 1件
OrganizationGrant number国
Austrian Science FundI 2408-B22 オーストリア
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2021
タイトル: Structural Dynamics of the Functional Nonameric Type III Translocase Export Gate.
著者: Biao Yuan / Athina G Portaliou / Rinky Parakra / Jochem H Smit / Jiri Wald / Yichen Li / Bindu Srinivasu / Maria S Loos / Harveer Singh Dhupar / Dirk Fahrenkamp / Charalampos G Kalodimos / ...著者: Biao Yuan / Athina G Portaliou / Rinky Parakra / Jochem H Smit / Jiri Wald / Yichen Li / Bindu Srinivasu / Maria S Loos / Harveer Singh Dhupar / Dirk Fahrenkamp / Charalampos G Kalodimos / Franck Duong van Hoa / Thorben Cordes / Spyridoula Karamanou / Thomas C Marlovits / Anastassios Economou /
要旨: Type III protein secretion is widespread in Gram-negative pathogens. It comprises the injectisome with a surface-exposed needle and an inner membrane translocase. The translocase contains the SctRSTU ...Type III protein secretion is widespread in Gram-negative pathogens. It comprises the injectisome with a surface-exposed needle and an inner membrane translocase. The translocase contains the SctRSTU export channel enveloped by the export gate subunit SctV that binds chaperone/exported clients and forms a putative ante-chamber. We probed the assembly, function, structure and dynamics of SctV from enteropathogenic E. coli (EPEC). In both EPEC and E. coli lab strains, SctV forms peripheral oligomeric clusters that are detergent-extracted as homo-nonamers. Membrane-embedded SctV is necessary and sufficient to act as a receptor for different chaperone/exported protein pairs with distinct C-domain binding sites that are essential for secretion. Negative staining electron microscopy revealed that peptidisc-reconstituted His-SctV forms a tripartite particle of ∼22 nm with a N-terminal domain connected by a short linker to a C-domain ring structure with a ∼5 nm-wide inner opening. The isolated C-domain ring was resolved with cryo-EM at 3.1 Å and structurally compared to other SctV homologues. Its four sub-domains undergo a three-stage "pinching" motion. Hydrogen-deuterium exchange mass spectrometry revealed this to involve dynamic and rigid hinges and a hyper-flexible sub-domain that flips out of the ring periphery and binds chaperones on and between adjacent protomers. These motions are coincident with local conformational changes at the pore surface and ring entry mouth that may also be modulated by the ATPase inner stalk. We propose that the intrinsic dynamics of the SctV protomer are modulated by chaperones and the ATPase and could affect allosterically the other subunits of the nonameric ring during secretion.
履歴
登録2021年6月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年9月29日-
マップ公開2021年9月29日-
更新2024年7月17日-
現状2024年7月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.026
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.026
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7osl
  • 表面レベル: 0.026
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13054.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13054.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Post-processed map_masked
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0234 / ムービー #1: 0.026
最小 - 最大-0.1659851 - 0.23508382
平均 (標準偏差)0.0006150173 (±0.0065155383)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 264.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z264.000264.000264.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.1660.2350.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_13054_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map1 from auto-refinement

ファイルemd_13054_half_map_1.map
注釈half-map1 from auto-refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 2 from autorefinement

ファイルemd_13054_half_map_2.map
注釈Half-map 2 from autorefinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : EPEC SctV-C nonamer

全体名称: EPEC SctV-C nonamer
要素
  • 複合体: EPEC SctV-C nonamer
    • タンパク質・ペプチド: Translocator EscV

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超分子 #1: EPEC SctV-C nonamer

超分子名称: EPEC SctV-C nonamer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli O127:H6 str. E2348/69 (大腸菌)
分子量理論値: 379.2 kDa/nm

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分子 #1: Translocator EscV

分子名称: Translocator EscV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli O127:H6 (strain E2348/69 / EPEC) (大腸菌)
株: E2348/69 / EPEC
分子量理論値: 37.952457 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: NISPGAEPLI LNLSSNIYSS DITQQIEVMR WNFFEESGIP LPKIIVNPVK NNDSAIEFLL YQESIYKDTL IDDTVYFEAG HAEISFEFV QEKLSTNSIV YKTNKTNQQL AHLTGMDVYA TTNDKITFLL KKLVLSNAKE FIGVQETRYL MDIMERKYNE L VKELQRQL ...文字列:
NISPGAEPLI LNLSSNIYSS DITQQIEVMR WNFFEESGIP LPKIIVNPVK NNDSAIEFLL YQESIYKDTL IDDTVYFEAG HAEISFEFV QEKLSTNSIV YKTNKTNQQL AHLTGMDVYA TTNDKITFLL KKLVLSNAKE FIGVQETRYL MDIMERKYNE L VKELQRQL GLSKIVDILQ RLVEENVSIR DLRTIFETLI FWSTKEKDVV ILCEYVRIAL RRHILGRYSV SGTLLNVWLI GS DIENELR ESIRQTSSGS YLNISPERTE QIIGFLKNIM NPTGNGVILT ALDIRRYVKK MIEGSFPSVP VLSFQEVGNN IEL KVLGTV NDFRA

UniProtKB: Translocator EscV

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.8 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMNaClsodium chloride
50.0 mMTris-HClTris hydrochloride
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細The sample was mono-disperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 3739 / 平均電子線量: 41.25 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 660798
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 105670
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 72000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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