[日本語] English
万見
- EMDB-12018: VAR2CSA full ectodomain in present of plCS, DBL1-DBL4 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12018
タイトルVAR2CSA full ectodomain in present of plCS, DBL1-DBL4
マップデータ
試料
  • 複合体: VAR2CSA in presence of plCS, DBl1-DBL4
    • タンパク質・ペプチド: VAR2CSA in presence of plCS, DBl1-DBL4,Erythrocyte membrane protein 1
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell surface receptor binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1, N-terminal / N-terminal segments of P. falciparum erythrocyte membrane protein / Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1, acidic terminal segment superfamily / Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1, acidic terminal segment / acidic terminal segments, variant surface antigen of PfEMP1 / Duffy-antigen binding / Duffy-antigen binding superfamily / Duffy binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Erythrocyte membrane protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Wang KT / Dagil R / Gourdon PE / Salanti A
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM reveals the architecture of placental malaria VAR2CSA and provides molecular insight into chondroitin sulfate binding.
著者: Kaituo Wang / Robert Dagil / Thomas Lavstsen / Sandeep K Misra / Charlotte B Spliid / Yong Wang / Tobias Gustavsson / Daniel R Sandoval / Elena Ethel Vidal-Calvo / Swati Choudhary / Mette Ø ...著者: Kaituo Wang / Robert Dagil / Thomas Lavstsen / Sandeep K Misra / Charlotte B Spliid / Yong Wang / Tobias Gustavsson / Daniel R Sandoval / Elena Ethel Vidal-Calvo / Swati Choudhary / Mette Ø Agerbaek / Kresten Lindorff-Larsen / Morten A Nielsen / Thor G Theander / Joshua S Sharp / Thomas Mandel Clausen / Pontus Gourdon / Ali Salanti /
要旨: Placental malaria can have severe consequences for both mother and child and effective vaccines are lacking. Parasite-infected red blood cells sequester in the placenta through interaction between ...Placental malaria can have severe consequences for both mother and child and effective vaccines are lacking. Parasite-infected red blood cells sequester in the placenta through interaction between parasite-expressed protein VAR2CSA and the glycosaminoglycan chondroitin sulfate A (CS) abundantly present in the intervillous space. Here, we report cryo-EM structures of the VAR2CSA ectodomain at up to 3.1 Å resolution revealing an overall V-shaped architecture and a complex domain organization. Notably, the surface displays a single significantly electropositive patch, compatible with binding of negatively charged CS. Using molecular docking and molecular dynamics simulations as well as comparative hydroxyl radical protein foot-printing of VAR2CSA in complex with placental CS, we identify the CS-binding groove, intersecting with the positively charged patch of the central VAR2CSA structure. We identify distinctive conserved structural features upholding the macro-molecular domain complex and CS binding capacity of VAR2CSA as well as divergent elements possibly allowing immune escape at or near the CS binding site. These observations will support rational design of second-generation placental malaria vaccines.
履歴
登録2020年12月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年6月2日-
マップ公開2021年6月2日-
更新2022年5月25日-
現状2022年5月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7b54
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12018.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12018.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.5 / ムービー #1: 0.5
最小 - 最大-0.895538 - 2.3403275
平均 (標準偏差)-0.0012846472 (±0.04320797)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 365.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.830.830.83
M x/y/z440440440
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z365.200365.200365.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS440440440
D min/max/mean-0.8962.340-0.001

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : VAR2CSA in presence of plCS, DBl1-DBL4

全体名称: VAR2CSA in presence of plCS, DBl1-DBL4
要素
  • 複合体: VAR2CSA in presence of plCS, DBl1-DBL4
    • タンパク質・ペプチド: VAR2CSA in presence of plCS, DBl1-DBL4,Erythrocyte membrane protein 1

-
超分子 #1: VAR2CSA in presence of plCS, DBl1-DBL4

超分子名称: VAR2CSA in presence of plCS, DBl1-DBL4 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

-
分子 #1: VAR2CSA in presence of plCS, DBl1-DBL4,Erythrocyte membrane protein 1

分子名称: VAR2CSA in presence of plCS, DBl1-DBL4,Erythrocyte membrane protein 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
分子量理論値: 219.438562 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDSTSTIANK IEEYLGAKSD DSKIDELLKA DPSEVEYYRS GGDGDYLKNN ICKITVNHSD SGKYDPCEKK LPPYDDNDQW KCQQNSSDG SGKPENICVP PRRERLCTYN LENLKFDKIR DNNAFLADVL LTARNEGEKI VQNHPDTNSS NVCNALERSF A DLADIIRG ...文字列:
MDSTSTIANK IEEYLGAKSD DSKIDELLKA DPSEVEYYRS GGDGDYLKNN ICKITVNHSD SGKYDPCEKK LPPYDDNDQW KCQQNSSDG SGKPENICVP PRRERLCTYN LENLKFDKIR DNNAFLADVL LTARNEGEKI VQNHPDTNSS NVCNALERSF A DLADIIRG TDQWKGTNSN LEKNLKQMFA KIRENDKVLQ DKYPKDQKYT KLREAWWNAN RQKVWEVITC GARSNDLLIK RG WRTSGKS DRKKNFELCR KCGHYEKEVP TKLDYVPQFL RWLTEWIEDF YREKQNLIDD MERHREECTR EDHKSKEGTS YCS TCKDKC KKYCECVKKW KTEWENQENK YKDLYEQNKN KTSQKNTSRY DDYVKDFFEK LEANYSSLEN YIKGDPYFAE YATK LSFIL NPSDGILQEN CSDNKRGSSS NDSCDNKNQD ECQKKLEKVF ASLTNGYKCD KCKSGTSRSK KKWIWKKSSG NEEGL QEEY ANTIGLPPRT QSLYLGNLPK LENVCEDVKD INFDTKEKFL AGCLIVSFHE GKNLKKRYPQ NKNSGNKENL CKALEY SFA DYGDLIKGTS IWDNEYTKDL ELNLQNNFGK LFGKYIKKNN TAEQDTSYSS LDELRESWWN TNKKYIWTAM KHGAEMN IT TCNADGSVTG SGSSCDDIPT IDLIPQYLRF LQEWVENFCE QRQAKVKDVI TNCKSCKESG NKCKTECKTK CKDECEKY K KFIEACGTAG GGIGTAGSPW SKRWDQIYKR YSKHIEDAKR NRKAGTKNCG TSSTTNAAAS TDENKCVQSD IDSFFKHLI DIGLTTPSSY LSNVLDDNIC GADKAPWTTY TTYTTTEKCN KERDKSKSQS SDTLVVVNVP SPLGNTPYRY KYACQCKIPT NEETCDDRK EYMNQWSCGS ARTMKRGYKN DNYELCKYNG VDVKPTTVRS NSSKLDGNDV TFFNLFEQWN KEIQYQIEQY M TNANISCI DEKEVLDSVS DEGTPKVRGG YEDGRNNNTD QGTNCKEKCK CYKLWIEKIN DQWGKQKDNY NKFRSKQIYD AN KGSQNKK VVSLSNFLFF SCWEEYIQKY FNGDWSKIKN IGSDTFEFLI KKCGNNSAHG EEIFSEKLKN AEKKCKENES TDT NINKSE TSCDLNATNY IRGCQSKTYD GKIFPGKGGE KQWICKDTII HGDTNGACIP PRTQNLCVGE LWDKSYGGRS NIKN DTKEL LKEKIKNAIH KETELLYEYH DTGTAIISKN DKKGQKGKND PNGLPKGFCH AVQRSFIDYK NMILGTSVNI YEHIG KLQE DIKKIIEKGT PQQKDKIGGV GSSTENVNAW WKGIEREMWD AVRCAITKIN KKNNNSIFNG DECGVSPPTG NDEDQS VSW FKEWGEQFCI ERLRYEQNIR EACTINGKNE KKCINSKSGQ GDKIQGACKR KCEKYKKYIS EKKQEWDKQK TKYENKY VG KSASDLLKEN YPECISANFD FIFNDNIEYK TYYPYGDYSS ICSCEQVKYY KYNNAEKKNN KSLCYEKDND MTWSKKYI K KLENGRSLEG VYVPPRRQQL CLYELFPIII KNEEGMEKAK EELLETLQIV AEREAYYLWK QYNPTGKGID DANKKACCA IRGSFYDLED IIKGNDLVHD EYTKYIDSKL NEIFGSSNTN DIDTKRARTD WWENETITNG TDRKTIRQLV WDAMQSGVRY AVEEKNENF PLCMGVEHIG IAKPQFIRWL EEWTNEFCEK YTKYFEDMKS KCDPPKRADT CGDNSNIECK KACANYTNWL N PKRIEWNG MSNYYNKIYR KSNKESEDGK DYSMIMAPTV IDYLNKRCHG EINGNYICCS CKNIGAYNTT SGTVNKKLQK KE TECEEEK GPLDLMNEVL NKMDKKYSAH KMKCTEVYLE HVEEQLNEID NAIKDYKL

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20mM Tris pH 7.5 and 75mM KCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 1022972
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 266774
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 1 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7b54:
VAR2CSA full ectodomain in present of plCS, DBL1-DBL4

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る