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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6sh9 | ||||||
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Title | EngBF DARPin Fusion 4b D12 | ||||||
![]() |
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![]() | HYDROLASE / crystallization chaperone / protein fusion / DARPin / chaperone | ||||||
Function / homology | ![]() endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase / : / endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase activity / Dectin-2 family / metabolic process / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / carbohydrate binding ...endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase / : / endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase activity / Dectin-2 family / metabolic process / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / carbohydrate binding / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / identical protein binding / membrane / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() synthetic construct (others) ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ernst, P. / Pluckthun, A. / Mittl, P.R.E. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural analysis of biological targets by host:guest crystal lattice engineering. Authors: Ernst, P. / Pluckthun, A. / Mittl, P.R.E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 463.1 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 469.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 54.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 82.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6qepC ![]() 6qevC ![]() 6qfkC ![]() 6qfoC ![]() 2zxqS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Experimental dataset #1 | Data reference: ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein / Protein/peptide , 2 types, 2 molecules BE
#1: Protein | Mass: 147910.719 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: engBF / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q3T552, endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase |
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#2: Protein/peptide | Mass: 1620.896 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() |
-Non-polymers , 4 types, 927 molecules ![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | ChemComp-MES / | ||||
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#4: Chemical | ChemComp-MN / #5: Chemical | ChemComp-MPD / ( | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.34 Å3/Da |
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Crystal grow | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion Details: PEG 20,000 MPD MES sodium chloride manganese chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Apr 5, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0000305674359 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→49.2 Å / Num. obs: 172028 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 10.468 % / Biso Wilson estimate: 68.31 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.371 / Rrim(I) all: 0.39 / Χ2: 0.904 / Net I/σ(I): 5.03 / Num. measured all: 1800744 / Scaling rejects: 386 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2ZXQ Resolution: 2.4→49.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU R Cruickshank DPI: 0.176 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.181 / SU Rfree Blow DPI: 0.157 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.156
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Displacement parameters | Biso max: 190.45 Å2 / Biso mean: 60.97 Å2 / Biso min: 29.75 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.27 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.4→2.42 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 80.5084 Å / Origin y: -31.3872 Å / Origin z: 3.9046 Å
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Refinement TLS group |
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