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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10860 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Tetrahymena thermophila mitochondrial ATP synthase - F1Fo dimer | ||||||||||||
マップデータ | Local-resolution filtered full map of T. thermophila ATP synthase | ||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / sulfide oxidation, using sulfide:quinone oxidoreductase / sulfide:quinone oxidoreductase activity / cellular lipid metabolic process / thylakoid / carboxylic ester hydrolase activity / : / : / : / : ...: / sulfide oxidation, using sulfide:quinone oxidoreductase / sulfide:quinone oxidoreductase activity / cellular lipid metabolic process / thylakoid / carboxylic ester hydrolase activity / : / : / : / : / proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / proton motive force-driven ATP synthesis / proton transmembrane transporter activity / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / FAD binding / chloroplast / ADP binding / hydrolase activity / lipid binding / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Tetrahymena thermophila (真核生物) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Kock Flygaard R / Muhleip A / Amunts A | ||||||||||||
資金援助 | スウェーデン, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Type III ATP synthase is a symmetry-deviated dimer that induces membrane curvature through tetramerization. 著者: Rasmus Kock Flygaard / Alexander Mühleip / Victor Tobiasson / Alexey Amunts / 要旨: Mitochondrial ATP synthases form functional homodimers to induce cristae curvature that is a universal property of mitochondria. To expand on the understanding of this fundamental phenomenon, we ...Mitochondrial ATP synthases form functional homodimers to induce cristae curvature that is a universal property of mitochondria. To expand on the understanding of this fundamental phenomenon, we characterized the unique type III mitochondrial ATP synthase in its dimeric and tetrameric form. The cryo-EM structure of a ciliate ATP synthase dimer reveals an unusual U-shaped assembly of 81 proteins, including a substoichiometrically bound ATPTT2, 40 lipids, and co-factors NAD and CoQ. A single copy of subunit ATPTT2 functions as a membrane anchor for the dimeric inhibitor IF. Type III specific linker proteins stably tie the ATP synthase monomers in parallel to each other. The intricate dimer architecture is scaffolded by an extended subunit-a that provides a template for both intra- and inter-dimer interactions. The latter results in the formation of tetramer assemblies, the membrane part of which we determined to 3.1 Å resolution. The structure of the type III ATP synthase tetramer and its associated lipids suggests that it is the intact unit propagating the membrane curvature. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10860.map.gz | 473.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10860-v30.xml emd-10860.xml | 45.5 KB 45.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_10860_fsc.xml | 21.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_10860.png | 81.6 KB | ||
マスクデータ | emd_10860_msk_1.map | 824 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_10860_half_map_1.map.gz emd_10860_half_map_2.map.gz | 673.3 MB 670.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10860 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10860 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10860_validation.pdf.gz | 434.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_10860_full_validation.pdf.gz | 433.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10860_validation.xml.gz | 24.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10860 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10860 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10860.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Local-resolution filtered full map of T. thermophila ATP synthase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_10860_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map 1
ファイル | emd_10860_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map 2
ファイル | emd_10860_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Mitochondrial ATP synthase, F1Fo dimer
+超分子 #1: Mitochondrial ATP synthase, F1Fo dimer
+分子 #1: subunit a
+分子 #2: subunit b
+分子 #3: subunit d
+分子 #4: subunit f
+分子 #5: subunit i/j
+分子 #6: subunit k
+分子 #7: subunit 8
+分子 #8: ATPTT3
+分子 #9: ATPTT4
+分子 #10: ATPTT5
+分子 #11: ATPTT6
+分子 #12: ATPTT7
+分子 #13: ATPTT8
+分子 #14: ATPTT9
+分子 #15: ATPTT10
+分子 #16: ATPTT11
+分子 #17: ATPTT12
+分子 #18: ATPTT13
+分子 #19: ATPTT1
+分子 #20: Inhibitor of F1 (IF1)
+分子 #21: ATPTT2
+分子 #22: Oligomycin sensitivity-conferring protein (OSCP)
+分子 #23: subunit gamma
+分子 #24: subunit alpha
+分子 #25: subunit beta
+分子 #26: subunit c
+分子 #27: subunit delta
+分子 #28: subunit epsilon
+分子 #29: CARDIOLIPIN
+分子 #30: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
+分子 #31: PHOSPHATE ION
+分子 #32: Ubiquinone-8
+分子 #33: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
+分子 #34: MAGNESIUM ION
+分子 #35: 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
+分子 #36: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
+分子 #37: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.75 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 30.9 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 165000 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |