[日本語] English
万見
- EMDB-10848: Cytochrome c oxidase from Saccharomyces cerevisiae -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10848
タイトルCytochrome c oxidase from Saccharomyces cerevisiae
マップデータ
試料
  • 複合体: Cytochrome c oxidase
    • タンパク質・ペプチド: x 12種
  • リガンド: x 7種
キーワードCIV / CytcO / ELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / mitochondrial respirasome assembly / Mitochondrial protein degradation / : / : / cytochrome-c oxidase / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cellular respiration / cytochrome-c oxidase activity / electron transport coupled proton transport ...mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / mitochondrial respirasome assembly / Mitochondrial protein degradation / : / : / cytochrome-c oxidase / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cellular respiration / cytochrome-c oxidase activity / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / enzyme regulator activity / aerobic respiration / proton transmembrane transport / mitochondrial membrane / mitochondrial intermembrane space / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / copper ion binding / heme binding / mitochondrion / zinc ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c oxidase subunit VII, budding yeast / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa, fungal / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / Cytochrome c oxidase subunit VIa signature. / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / : / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily ...Cytochrome c oxidase subunit VII, budding yeast / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa, fungal / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / Cytochrome c oxidase subunit VIa signature. / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / : / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit 2, C-terminal / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding region signature. / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV family / Cytochrome c oxidase subunit VIIc superfamily / Cytochrome c oxidase subunit IV superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Va / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit III domain / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding domain profile. / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 8, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 9, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 7, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial ...Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 8, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 9, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 7, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 12, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 26, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.41 Å
データ登録者Berndtsson J / Rathore S / Ott M
資金援助 スウェーデン, 4件
OrganizationGrant number国
Swedish Research Council2014-4116 スウェーデン
Swedish Research Council2018-03694 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation2017.0091 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation2013.0006 スウェーデン
引用ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2020
タイトル: Respiratory supercomplexes enhance electron transport by decreasing cytochrome c diffusion distance.
著者: Jens Berndtsson / Andreas Kohler / Sorbhi Rathore / Lorena Marin-Buera / Hannah Dawitz / Jutta Diessl / Verena Kohler / Antoni Barrientos / Sabrina Büttner / Flavia Fontanesi / Martin Ott /
要旨: Respiratory chains are crucial for cellular energy conversion and consist of multi-subunit complexes that can assemble into supercomplexes. These structures have been intensively characterized in ...Respiratory chains are crucial for cellular energy conversion and consist of multi-subunit complexes that can assemble into supercomplexes. These structures have been intensively characterized in various organisms, but their physiological roles remain unclear. Here, we elucidate their function by leveraging a high-resolution structural model of yeast respiratory supercomplexes that allowed us to inhibit supercomplex formation by mutation of key residues in the interaction interface. Analyses of a mutant defective in supercomplex formation, which still contains fully functional individual complexes, show that the lack of supercomplex assembly delays the diffusion of cytochrome c between the separated complexes, thus reducing electron transfer efficiency. Consequently, competitive cellular fitness is severely reduced in the absence of supercomplex formation and can be restored by overexpression of cytochrome c. In sum, our results establish how respiratory supercomplexes increase the efficiency of cellular energy conversion, thereby providing an evolutionary advantage for aerobic organisms.
履歴
登録2020年4月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年9月9日-
マップ公開2020年9月9日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.41
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.41
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6ymy
  • 表面レベル: 0.41
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10848.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10848.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 193.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 370 pix.
= 392.2 Å		1.06 Å/pix.
x 370 pix.
= 392.2 Å		1.06 Å/pix.
x 370 pix.
= 392.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.41 / ムービー #1: 0.41
最小 - 最大-1.2105628 - 2.4105902
平均 (標準偏差)0.004612802 (±0.058248185)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ370370370
Spacing370370370
セルA=B=C: 392.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z370370370
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z392.200392.200392.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS370370370
D min/max/mean-1.2112.4110.005

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_10848_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Second half map

ファイルemd_10848_half_map_1.map
注釈Second half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Fist half map

ファイルemd_10848_half_map_2.map
注釈Fist half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : Cytochrome c oxidase

全体名称: Cytochrome c oxidase
要素
  • 複合体: Cytochrome c oxidase
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 7, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 8, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 9, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 12, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 26, mitochondrial
  • リガンド: COPPER (II) ION
  • リガンド: HEME-A
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
  • リガンド: (2R,5S,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-2-(nonanoyloxy)-5,11-dioxido-16-oxo-14-[(propanoyloxy)methyl]-4,6,10,12,15-pentaoxa-5,11-diphosphanonadec-1-yl undecanoate
  • リガンド: DINUCLEAR COPPER ION
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: Cytochrome c oxidase

超分子名称: Cytochrome c oxidase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#12
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: W303-1b / Organelle: Mitochondria

+
分子 #1: Cytochrome c oxidase subunit 1

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 58.316938 KDa
配列文字列: WLYSTNAKDI AVLYFMLAIF SGMAGTAMSL IIRLELAAPG SQYLHGNSQL FNVLVVGHAV LMIFFLVMPA LIGGFGNYLL PLMIGATDT AFPRINNIAF WVLPMGLVCL VTSTLVESGA GTGWTVYPPL SSIQAHSGPS VDLAIFALHL TSISSLLGAI N FIVTTLNM ...文字列:
WLYSTNAKDI AVLYFMLAIF SGMAGTAMSL IIRLELAAPG SQYLHGNSQL FNVLVVGHAV LMIFFLVMPA LIGGFGNYLL PLMIGATDT AFPRINNIAF WVLPMGLVCL VTSTLVESGA GTGWTVYPPL SSIQAHSGPS VDLAIFALHL TSISSLLGAI N FIVTTLNM RTNGMTMHKL PLFVWSIFIT AFLLLLSLPV LSAGITMLLL DRNFNTSFFE VSGGGDPILY EHLFWFFGHP EV YILIIPG FGIISHVVST YSKKPVFGEI SMVYAMASIG LLGFLVWSHH MYIVGLDADT RAYFTSATMI IAIPTGIKIF SWL ATIHGG SIRLATPMLY AIAFLFLFTM GGLTGVALAN ASLDVAFHDT YYVVGHFHYV LSMGAIFSLF AGYYYWSPQI LGLN YNEKL AQIQFWLIFI GANVIFFPMH FLGINGMPRR IPDYPDAFAG WNYVASIGSF IATLSLFLFI YILYDQLVNG LNNKV NNKS VIYNKAPDFV ESNTIFNLNT VKSSSIEFLL TSPPAVHSFN TPAVQS

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 1

+
分子 #2: Cytochrome c oxidase subunit 2

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 26.779816 KDa
配列文字列: DVPTPYACYF QDSATPNQEG ILELHDNIMF YLLVILGLVS WMLYTIVMTY SKNPIAYKYI KHGQTIEVIW TIFPAVILLI IAFPSFILL YLCDEVISPA MTIKAIGYQW YWKYEYSDFI NDSGETVEFE SYVIPDELLE EGQLRLLDTD TSMVVPVDTH I RFVVTAAD ...文字列:
DVPTPYACYF QDSATPNQEG ILELHDNIMF YLLVILGLVS WMLYTIVMTY SKNPIAYKYI KHGQTIEVIW TIFPAVILLI IAFPSFILL YLCDEVISPA MTIKAIGYQW YWKYEYSDFI NDSGETVEFE SYVIPDELLE EGQLRLLDTD TSMVVPVDTH I RFVVTAAD VIHDFAIPSL GIKVDATPGR LNQVSALIQR EGVFYGACSE LCGTGHANMP IKIEAVSLPK FLEWLNEQ

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 2

+
分子 #3: Cytochrome c oxidase subunit 3

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 30.252391 KDa
配列文字列: THLERSRHQQ HPFHMVMPSP WPIVVSFALL SLALSTALTM HGYIGNMNMV YLALFVLLTS SILWFRDIVA EATYLGDHTM AVRKGINLG FLMFVLSEVL IFAGLFWAYF HSAMSPDVTL GACWPPVGIE AVQPTELPLL NTIILLSSGA TVTYSHHALI A GNRNKALS ...文字列:
THLERSRHQQ HPFHMVMPSP WPIVVSFALL SLALSTALTM HGYIGNMNMV YLALFVLLTS SILWFRDIVA EATYLGDHTM AVRKGINLG FLMFVLSEVL IFAGLFWAYF HSAMSPDVTL GACWPPVGIE AVQPTELPLL NTIILLSSGA TVTYSHHALI A GNRNKALS GLLITFWLIV IFVTCQYIEY TNAAFTISDG VYGSVFYAGT GLHFLHMVML AAMLGVNYWR MRNYHLTAGH HV GYETTII YTHVLDVIWL FLYVVFYWWG V

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 3

+
分子 #4: Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 12.694382 KDa
配列文字列:
VVKTAQNLAE VNGPETLIGP GAKEGTVPTD LDQETGLARL ELLGKLEGID VFDTKPLDSS RKGTMKDPII IESYDDYRYV GCTGSPAGS HTIMWLKPTV NEVARCWECG SVYKLNPV

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial

+
分子 #5: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 14.324147 KDa
配列文字列:
ALSNAAVMDL QSRWENMPST EQQDIVSKLS ERQKLPWAQL TEPEKQAVWY ISYGEWGPRR PVLNKGDSSF IAKGVAAGLL FSVGLFAVV RMAGGQDAKT MNKEWQLKSD EYLKSKNANP WGGYSQVQS

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial

+
分子 #6: Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 11.725173 KDa
配列文字列:
ETFEEFTARY EKEFDEAYDL FEVQRVLNNC FSYDLVPAPA VIEKALRAAR RVNDLPTAIR VFEALKYKVE NEDQYKAYLD ELKDVRQEL GVPLKEELFP

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial

+
分子 #7: Cytochrome c oxidase subunit 7, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 7, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 6.410639 KDa
配列文字列:
NKVIQLQKIF QSSTKPLWWR HPRSALYLYP FYAIFAVAVV TPLLYIPNAI RGIKA

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 7, mitochondrial

+
分子 #8: Cytochrome c oxidase subunit 8, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 8, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 5.737735 KDa
配列文字列:
VHFKDGVYEN IPFKVKGRKT PYALSHFGFF AIGFAVPFVA CYVQLKKSGA F

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 8, mitochondrial

+
分子 #9: Cytochrome c oxidase subunit 9, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 9, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 6.056131 KDa
配列文字列:
TIAPITGTIK RRVIMDIVLG FSLGGVMASY WWWGFHMDKI NKREKFYAEL AE

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 9, mitochondrial

+
分子 #10: Cytochrome c oxidase subunit 12, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 12, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 9.225291 KDa
配列文字列:
NSPLHTVGFD ARFPQQNQTK HCWQSYVDYH KCVNMKGEDF APCKVFWKTY NALCPLDWIE KWDDQREKGI FAGDINSD

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 12, mitochondrial

+
分子 #11: Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 13.306061 KDa
配列文字列:
NALKPAFGPP DKVAAQKFKE SLMATEKHAK DTSNMWVKIS VWVALPAIAL TAVNTYFVEK EHAEHREHLK HVPDSEWPRD YEFMNIRSK PFFWGDGDKT LFWNPVVNRH IEHDD

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial

+
分子 #12: Cytochrome c oxidase subunit 26, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 26, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 4.347023 KDa
配列文字列:
ESWVITEGRR LIPEIFQWSA VLSVCLGWPG AVYFFSKA

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 26, mitochondrial

+
分子 #13: COPPER (II) ION

分子名称: COPPER (II) ION / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 1 / 式: CU
分子量理論値: 63.546 Da
Chemical component information

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION

+
分子 #14: HEME-A

分子名称: HEME-A / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 2 / 式: HEA
分子量理論値: 852.837 Da
Chemical component information

ChemComp-HEA:
HEME-A

+
分子 #15: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 7 / 式: PTY
分子量理論値: 734.039 Da
Chemical component information

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM

+
分子 #16: (2R,5S,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-2-(nonanoyloxy)-5,11-dioxido-16...

分子名称: (2R,5S,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-2-(nonanoyloxy)-5,11-dioxido-16-oxo-14-[(propanoyloxy)methyl]-4,6,10,12,15-pentaoxa-5,11-diphosphanonadec-1-yl undecanoate
タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 1 / 式: CN3
分子量理論値: 834.862 Da
Chemical component information

ChemComp-CN3:
(2R,5S,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-2-(nonanoyloxy)-5,11-dioxido-16-oxo-14-[(propanoyloxy)methyl]-4,6,10,12,15-pentaoxa-5,11-diphosphanonadec-1-yl undecanoate

+
分子 #17: DINUCLEAR COPPER ION

分子名称: DINUCLEAR COPPER ION / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 1 / 式: CUA
分子量理論値: 127.092 Da
Chemical component information

ChemComp-CUA:
DINUCLEAR COPPER ION

+
分子 #18: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 3 / 式: PCF
分子量理論値: 734.039 Da
Chemical component information

ChemComp-PCF:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE

+
分子 #19: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMC4H11NO3Tris
150.0 mMNaClSodium chloride
0.1 %C56H92O29Digitonin
1.0 mMC7H7FO2Sphenylmethylsulfonyl fluoride
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 40 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 実像数: 8775 / 平均露光時間: 9.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -0.003 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -0.0014 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 647805
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.41 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 使用した粒子像数: 201223
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 詳細: SGD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る