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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10124 | |||||||||
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タイトル | Structure of ZEBOV GP in complex with 5T0180 antibody | |||||||||
![]() | Locally Filtered - Z flipped | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / suppression by virus of host tetherin activity / host cell cytoplasm / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / membrane raft / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / suppression by virus of host tetherin activity / host cell cytoplasm / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / membrane raft / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / lipid binding / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.91 Å | |||||||||
![]() | Diskin R / Cohen-Dvashi H | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Basis for a Convergent Immune Response against Ebola Virus. 著者: Hadas Cohen-Dvashi / Matthias Zehner / Stefanie Ehrhardt / Michael Katz / Nadav Elad / Florian Klein / Ron Diskin / ![]() ![]() 要旨: Ebola virus disease is a severe health problem in Africa. Vaccines that display the Zaire ebolavirus glycoprotein spike complex are a prime component for the effort to combat it. The V3-15/V1-40- ...Ebola virus disease is a severe health problem in Africa. Vaccines that display the Zaire ebolavirus glycoprotein spike complex are a prime component for the effort to combat it. The V3-15/V1-40-based class of antibodies was recently discovered to be a common response in individuals who received the Ebola virus vaccines. These antibodies display attractive properties, and thus likely contribute to the efficacy of the vaccines. Here, we use cryo-EM to elucidate how three V3-15/V1-40 antibodies from different individuals target the virus and found a convergent mechanism against a partially conserved site on the spike complex. Our study rationalizes the selection of the V3-15/V1-40 germline genes for specifically targeting this site and highlights Ebolavirus species-specific sequence divergences that may restrict breadth of V3-15/V1-40-based humoral response. The results from this study could help develop improved immunization schemes and further enable the design of immunogens that would be efficacious against a broader set of Ebolavirus species. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 4.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.4 KB 20.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 10.7 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 149.1 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 59.5 MB 59.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 433.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 432.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Locally Filtered - Z flipped | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.849 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_10124_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_10124_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : EBOV-GP in complex with 3T0265 antibody
全体 | 名称: EBOV-GP in complex with 3T0265 antibody |
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要素 |
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-超分子 #1: EBOV-GP in complex with 3T0265 antibody
超分子 | 名称: EBOV-GP in complex with 3T0265 antibody / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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-超分子 #2: EBOV-GP
超分子 | 名称: EBOV-GP / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-超分子 #3: 5T0180 antibody
超分子 | 名称: 5T0180 antibody / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 / 詳細: A fab portion generated by cleavage |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Light Chain
分子 | 名称: Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 23.130488 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: QSVLTQPPSV SGAPGQRVTI SCTGSSSNIG AGYDVQWYQQ LPGTAPKVLI YGNNNRPSGV PDRFSGSKSG SSASLAITGL QAEDEADYY CQTYDSRLRD QWVFGGGTKL TVLGQPKAAP SVTLFPPSSE ELQANKATLV CLISDFYPGA VTVAWKADSS P VKAGVETT ...文字列: QSVLTQPPSV SGAPGQRVTI SCTGSSSNIG AGYDVQWYQQ LPGTAPKVLI YGNNNRPSGV PDRFSGSKSG SSASLAITGL QAEDEADYY CQTYDSRLRD QWVFGGGTKL TVLGQPKAAP SVTLFPPSSE ELQANKATLV CLISDFYPGA VTVAWKADSS P VKAGVETT TPSKQSNNKY AASSYLSLTP EQWKSHRSYS CQVTHEGSTV EKTVAPTECS |
-分子 #2: Heavy Chain
分子 | 名称: Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 24.636709 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: EVQLVESGGG LVKPGGSLRL SCAASGFSFG NAWMNWVRQA PGKGLEWVGR IKSKSDGGTT DYAAPVKDRF IISRDDSKKT LYLQMNSLR REDTAVYYCV RGPFYCDTCG PNDYWGQGTL VTVSSGSTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ...文字列: EVQLVESGGG LVKPGGSLRL SCAASGFSFG NAWMNWVRQA PGKGLEWVGR IKSKSDGGTT DYAAPVKDRF IISRDDSKKT LYLQMNSLR REDTAVYYCV RGPFYCDTCG PNDYWGQGTL VTVSSGSTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ALTSGVHTFP AVLQSSGLYS LSSVVTVPSS SLGTQTYICN VNHKPSNTKV DKRVEPKSCD KTH |
-分子 #3: Envelope Glycoprotein 1
分子 | 名称: Envelope Glycoprotein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 35.706977 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: ETGRSIPLGV IHNSALQVSD VDKLVCRDKL SSTNQLRSVG LNLEGNGVAT DVPSATKRWG FRSGVPPKVV NYEAGEWAEN CYNLEIKKP DGSECLPAAP DGIRGFPRCR YVHKVSGTGP CAGDFAFHKE GAFFLYDRLA STVIYRGTTF AEGVVAFLIL P QAKKDFFS ...文字列: ETGRSIPLGV IHNSALQVSD VDKLVCRDKL SSTNQLRSVG LNLEGNGVAT DVPSATKRWG FRSGVPPKVV NYEAGEWAEN CYNLEIKKP DGSECLPAAP DGIRGFPRCR YVHKVSGTGP CAGDFAFHKE GAFFLYDRLA STVIYRGTTF AEGVVAFLIL P QAKKDFFS SHPLREPVNA TEDPSSGYYS TTIRYQATGF GTNETEYLFE VDNLTYVQLE SRFTPQFLLQ LNETIYTSGK RS NTTGKLI WKVNPEIDTT IGEWAFWETK KNLTRKIRSE ELSFTVVSTH HQDTGEESAS SGKLGLITNT IAGVAGLITG GRR TRR |
-分子 #4: Envelope glycoprotein
分子 | 名称: Envelope glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 18.989391 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: EAIVNAQPKC NPNLHYWTTQ DEGAAIGLAW IPYFGPAAEG IYIEGLMHNQ DGLICGLRQL ANETTQALQL FLRATTELRT FSILNRKAI DFLLQRWGGT CHILGPDCCI EPHDWTKNIT DKIDQIIHDF VDGSGYIPEA PRDGQAYVRK DGEWVLLSTF L GTHHHHHH |
-分子 #6: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 163 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均露光時間: 27.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 96000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |