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万見
- EMDB-0406: Single-particle cryo-EM reconstruction of horse liver alcohol deh... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0406
タイトルSingle-particle cryo-EM reconstruction of horse liver alcohol dehydrogenase using 200 keV
マップデータSingle-particle cryo-EM reconstruction of horse liver alcohol dehydrogenase (sharpened)
試料
  • 複合体: Alcohol dehydrogenase from equine liver
    • タンパク質・ペプチド: Alcohol dehydrogenase E chain
  • リガンド: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
  • リガンド: ZINC ION
キーワードdehydrogenase / NADH-binding / homo-2-mer / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


: / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / retinoic acid metabolic process / retinol metabolic process / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Alcohol dehydrogenase E chain
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Herzik Jr MA / Wu M
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)DP2EB020402 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: High-resolution structure determination of sub-100 kDa complexes using conventional cryo-EM.
著者: Mark A Herzik / Mengyu Wu / Gabriel C Lander /
要旨: Determining high-resolution structures of biological macromolecules amassing less than 100 kilodaltons (kDa) has been a longstanding goal of the cryo-electron microscopy (cryo-EM) community. While ...Determining high-resolution structures of biological macromolecules amassing less than 100 kilodaltons (kDa) has been a longstanding goal of the cryo-electron microscopy (cryo-EM) community. While the Volta phase plate has enabled visualization of specimens in this size range, this instrumentation is not yet fully automated and can present technical challenges. Here, we show that conventional defocus-based cryo-EM methodologies can be used to determine high-resolution structures of specimens amassing less than 100 kDa using a transmission electron microscope operating at 200 keV coupled with a direct electron detector. Our ~2.7 Å structure of alcohol dehydrogenase (82 kDa) proves that bound ligands can be resolved with high fidelity to enable investigation of drug-target interactions. Our ~2.8 Å and ~3.2 Å structures of methemoglobin demonstrate that distinct conformational states can be identified within a dataset for proteins as small as 64 kDa. Furthermore, we provide the sub-nanometer cryo-EM structure of a sub-50 kDa protein.
履歴
登録2018年12月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年3月13日-
マップ公開2019年3月13日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6nbb
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0406.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0406.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 190.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Single-particle cryo-EM reconstruction of horse liver alcohol dehydrogenase (sharpened)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.56 Å/pix.
x 368 pix.
= 205.528 Å		0.56 Å/pix.
x 368 pix.
= 205.528 Å		0.56 Å/pix.
x 368 pix.
= 205.528 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.5585 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.03750041 - 0.06748688
平均 (標準偏差)-0.000032681288 (±0.0033607704)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin727272
サイズ368368368
Spacing368368368
セルA=B=C: 205.528 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.55850.55850.5585
M x/y/z368368368
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z205.528205.528205.528
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS727272
NC/NR/NS368368368
D min/max/mean-0.0380.067-0.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_0406_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Single-particle cryo-EM reconstruction of horse liver alcohol dehydrogenase...

ファイルemd_0406_additional.map
注釈Single-particle cryo-EM reconstruction of horse liver alcohol dehydrogenase (unsharpened)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Even half map

ファイルemd_0406_half_map_1.map
注釈Even half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Odd half map

ファイルemd_0406_half_map_2.map
注釈Odd half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Alcohol dehydrogenase from equine liver

全体名称: Alcohol dehydrogenase from equine liver
要素
  • 複合体: Alcohol dehydrogenase from equine liver
    • タンパク質・ペプチド: Alcohol dehydrogenase E chain
  • リガンド: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Alcohol dehydrogenase from equine liver

超分子名称: Alcohol dehydrogenase from equine liver / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: Lyophilized horse liver ADH purchased from Sigma Aldrich was further purified to homogeneity.
由来(天然)生物種: Equus caballus (ウマ)
分子量理論値: 81 KDa

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分子 #1: Alcohol dehydrogenase E chain

分子名称: Alcohol dehydrogenase E chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: alcohol dehydrogenase
由来(天然)生物種: Equus caballus (ウマ)
分子量理論値: 39.853273 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: STAGKVIKCK AAVLWEEKKP FSIEEVEVAP PKAHEVRIKM VATGICRSDD HVVSGTLVTP LPVIAGHEAA GIVESIGEGV TTVRPGDKV IPLFTPQCGK CRVCKHPEGN FCLKNDLSMP RGTMQDGTSR FTCRGKPIHH FLGTSTFSQY TVVDEISVAK I DAASPLEK ...文字列:
STAGKVIKCK AAVLWEEKKP FSIEEVEVAP PKAHEVRIKM VATGICRSDD HVVSGTLVTP LPVIAGHEAA GIVESIGEGV TTVRPGDKV IPLFTPQCGK CRVCKHPEGN FCLKNDLSMP RGTMQDGTSR FTCRGKPIHH FLGTSTFSQY TVVDEISVAK I DAASPLEK VCLIGCGFST GYGSAVKVAK VTQGSTCAVF GLGGVGLSVI MGCKAAGAAR IIGVDINKDK FAKAKEVGAT EC VNPQDYK KPIQEVLTEM SNGGVDFSFE VIGRLDTMVT ALSCCQEAYG VSVIVGVPPD SQNLSMNPML LLSGRTWKGA IFG GFKSKD SVPKLVADFM AKKFALDPLI THVLPFEKIN EGFDLLRSGE SIRTILTF

UniProtKB: Alcohol dehydrogenase E chain

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分子 #2: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE

分子名称: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: NAD
分子量理論値: 663.425 Da
Chemical component information

ChemComp-NAD:
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NAD*YM

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分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.5 mg/mL
緩衝液pH: 8.5
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMTris
100.0 mMSodium chlorideNaCl
1.0 mMTCEP
0.5 mMNicotinamide adenine dinucleotideNADH
グリッドモデル: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 6 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
詳細: Grids were plasma cleaned using a Solarus plasma cleaner (Gatan, Inc.).
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Sample was manually blotted for 4-5 seconds using Whatman No. 1 filter paper immediately prior to plunge-freezing..
詳細Lyophilized horse liver ADH (Sigma Aldrich) was solubilized and further purified to homogeneity.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-44 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 1151 / 平均露光時間: 11.0 sec. / 平均電子線量: 69.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 16.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 倍率（公称値）: 73000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1232543
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: An ab initio model was generated from 659,662 template-picked particles using cryoSPARC and low-pass filtered to 30 A for use as an initial model for 3D refinement.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 11672
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2jhf


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 67
得られたモデル

PDB-6nbb:
Horse liver alcohol dehydrogenase determined using single-particle cryo-EM at 200 keV

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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