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- EMDB-9599: Cryo-EM structure of mouse heavy-chain apoferritin at 1.62 A -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9599
タイトルCryo-EM structure of mouse heavy-chain apoferritin at 1.62 A
マップデータmouse heavy chain apoferritin sharpened map
試料
  • 複合体: apoferritin
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Danev R / Yanagisawa H / Kikkawa M
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED) 日本
引用ジャーナル: Trends Biochem Sci / 年: 2019
タイトル: Cryo-Electron Microscopy Methodology: Current Aspects and Future Directions.
著者: Radostin Danev / Haruaki Yanagisawa / Masahide Kikkawa /
要旨: Cryo-electron microscopy (cryo-EM) has emerged as a powerful structure determination technique. Its most prolific branch is single particle analysis (SPA), a method being used in a growing number of ...Cryo-electron microscopy (cryo-EM) has emerged as a powerful structure determination technique. Its most prolific branch is single particle analysis (SPA), a method being used in a growing number of laboratories worldwide to determine high-resolution protein structures. Cryo-electron tomography (cryo-ET) is another powerful approach that enables visualization of protein complexes in their native cellular environment. Despite the wide-ranging success of cryo-EM, there are many methodological aspects that could be improved. Those include sample preparation, sample screening, data acquisition, image processing, and structure validation. Future developments will increase the reliability and throughput of the technique and reduce the cost and skill level barrier for its adoption.
履歴
登録2018年7月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年8月8日-
マップ公開2018年8月8日-
更新2019年8月28日-
現状2019年8月28日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9599.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9599.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈mouse heavy chain apoferritin sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.52 Å/pix.
x 360 pix.
= 186.12 Å		0.52 Å/pix.
x 360 pix.
= 186.12 Å		0.52 Å/pix.
x 360 pix.
= 186.12 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.517 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06 / ムービー #1: 0.06
最小 - 最大-0.1772024 - 0.31901142
平均 (標準偏差)-0.000007596358 (±0.016932437)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 186.12001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.5170.5170.517
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z186.120186.120186.120
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ132132232
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-0.1770.319-0.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_9599_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: mouse heavy chain apoferritin unfiltered half map 2

ファイルemd_9599_half_map_1.map
注釈mouse heavy chain apoferritin unfiltered half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: mouse heavy chain apoferritin unfiltered half map 1

ファイルemd_9599_half_map_2.map
注釈mouse heavy chain apoferritin unfiltered half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : apoferritin

全体名称: apoferritin
要素
  • 複合体: apoferritin

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超分子 #1: apoferritin

超分子名称: apoferritin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3)
分子量理論値: 500 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4 mg/mL
緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: JEOL Ion Bombarder on Soft setting
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 5 s.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
アライメント法Coma free - Residual tilt: 0.02 mrad
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 15.0 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1647 / 平均露光時間: 18.21 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 / 詳細: Exposure rate 0.74 e/pix/s
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 1.3 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.2 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.2 µm / 倍率（公称値）: 155000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 200000
CTF補正ソフトウェア:
名称詳細
Gctf (ver. 1.18b1)initial CTF fits
RELION (ver. 3.0b)CTF refinement
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: from a previous dataset
最終 再構成想定した対称性 - 点群: O (正8面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.62 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0b) / 使用した粒子像数: 147000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0b)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0b)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2cih

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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