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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6949 | |||||||||||||||
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タイトル | Subtomogram average of a nucleosome with short linker DNA from a Volta phase contrast cryotomogram of a cryo-FIB lamella of an interphase HeLa cell | |||||||||||||||
![]() | HeLa nucleosome, short linker | |||||||||||||||
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生物種 | ![]() | |||||||||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 24.0 Å | |||||||||||||||
![]() | Cai S / Bock D / Pilhofer M / Gan L | |||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The in situ structures of mono-, di-, and trinucleosomes in human heterochromatin. 著者: Shujun Cai / Désirée Böck / Martin Pilhofer / Lu Gan / ![]() ![]() 要旨: The in situ three-dimensional organization of chromatin at the nucleosome and oligonucleosome levels is unknown. Here we use cryo-electron tomography to determine the in situ structures of HeLa ...The in situ three-dimensional organization of chromatin at the nucleosome and oligonucleosome levels is unknown. Here we use cryo-electron tomography to determine the in situ structures of HeLa nucleosomes, which have canonical core structures and asymmetric, flexible linker DNA. Subtomogram remapping suggests that sequential nucleosomes in heterochromatin follow irregular paths at the oligonucleosome level. This basic principle of higher-order repressive chromatin folding is compatible with the conformational variability of the two linker DNAs at the single-nucleosome level. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 69.7 KB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 12 KB 12 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 57.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6948C ![]() 6950C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 1.9 Data #1: Tilt series of a cryo-FIB lamella of an interphase HeLa cell [tilt series]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | HeLa nucleosome, short linker | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 6.9 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : HeLa cell, interphase
全体 | 名称: HeLa cell, interphase |
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要素 |
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-超分子 #1: HeLa cell, interphase
超分子 | 名称: HeLa cell, interphase / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: CCL2- |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7 / 詳細: yeast-extract supplemented |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | 位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 61 / 平均電子線量: 2.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 14493 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最小 デフォーカス(公称値): 0.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |