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- PDB-6l8s: High resolution crystal structure of crustacean hemocyanin. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l8s
タイトルHigh resolution crystal structure of crustacean hemocyanin.
要素(Hemocyanin) x 3
キーワードOXYGEN TRANSPORT / Copper protein / Hemocyanin / Phenoloxidase / Crustacean / Arthropod
機能・相同性
機能・相同性情報


Hemocyanin, C-terminal domain / di-copper center containing domain from catechol oxidase / Di-copper center containing domain from catechol oxidase / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / OXYGEN ATOM
類似検索 - 構成要素
生物種Panulirus japonicus (イセエビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Masuda, T. / Mikami, B. / Baba, S.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science19K06221 日本
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2020
タイトル: The high-resolution crystal structure of lobster hemocyanin shows its enzymatic capability as a phenoloxidase.
著者: Masuda, T. / Baba, S. / Matsuo, K. / Ito, S. / Mikami, B.
履歴
登録2019年11月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemocyanin
B: Hemocyanin
C: Hemocyanin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,24043
ポリマ－223,8203
非ポリマー2,42040
水24,0141333
1
A: Hemocyanin
B: Hemocyanin
C: Hemocyanin
ヘテロ分子

A: Hemocyanin
B: Hemocyanin
C: Hemocyanin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)452,48086
ポリマ－447,6406
非ポリマー4,84080
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)119.454, 207.596, 187.364
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1043-

HOH

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Hemocyanin


分子量: 74643.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GB LC505511 / 由来: (天然) Panulirus japonicus (イセエビ)
#2: タンパク質 Hemocyanin


分子量: 74611.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GB LC505511 / 由来: (天然) Panulirus japonicus (イセエビ)
#3: タンパク質 Hemocyanin


分子量: 74565.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GB LC505511 / 由来: (天然) Panulirus japonicus (イセエビ)

-
糖 , 1種, 2分子

#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 7種, 1371分子

#4: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-O / OXYGEN ATOM / オキシド


分子量: 15.999 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: O
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#10: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Lithium sulfate monohydrate, Sodium citrate tribasic dihydrate, PEG1,000, magnesium chloride,

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→42.695 Å / Num. obs: 615236 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.78 % / Biso Wilson estimate: 21.86 Å2 / CC1/2: 0.754 / Net I/σ(I): 15.24
反射 シェル解像度: 1.58→1.68 Å / Rmerge(I) obs: 0.464 / Num. unique obs: 99005

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1HCY

1hcy


解像度: 1.58→42.695 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.09 / 位相誤差: 18.77
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1862 30281 4.92 %
Rwork0.1489 --
obs0.1507 615190 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 105.59 Å2 / Biso mean: 28.8303 Å2 / Biso min: 12.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.58→42.695 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15788 0 129 1333 17250
Biso mean--44.23 35.78 -
残基数----1950
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.58-1.5980.349210900.28291908697
1.598-1.61680.286610110.232719409100
1.6168-1.63650.26259830.220119588100
1.6365-1.65720.275811170.21219397100
1.6572-1.6790.24138890.196919598100
1.679-1.7020.229910470.179319557100
1.702-1.72630.23538630.177619684100
1.7263-1.75210.224210780.169419425100
1.7521-1.77950.206210370.165419567100
1.7795-1.80860.19949860.159219542100
1.8086-1.83980.207810060.160419560100
1.8398-1.87330.19229300.148119603100
1.8733-1.90930.19679970.145119512100
1.9093-1.94830.20410400.141319488100
1.9483-1.99060.199110020.136319577100
1.9906-2.03690.196210790.140719442100
2.0369-2.08790.18519970.138219476100
2.0879-2.14430.17679080.135619641100
2.1443-2.20740.190910050.131519566100
2.2074-2.27870.183710200.133219439100
2.2787-2.36010.178410350.134819554100
2.3601-2.45460.180710200.144619503100
2.4546-2.56630.17610220.139219502100
2.5663-2.70160.19059610.14719525100
2.7016-2.87080.196510530.154919476100
2.8708-3.09240.205210980.167419402100
3.0924-3.40350.201910710.160519486100
3.4035-3.89570.15529280.137419544100
3.8957-4.9070.14189240.125419568100
4.907-42.6950.169110840.15471919299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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