+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4898 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | TssA protein from T6SS of Vibrio cholerae. | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | T6SS / Vibrio / TssA / cap / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | Type VI secretion system-associated, VCA0119 / Type VI secretion, EvfE, EvfF, ImpA, BimE, VC_A0119, VasJ / ImpA, N-terminal / ImpA, N-terminal, type VI secretion system / Type VI secretion system protein TssA / ImpA_N domain-containing protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Vibrio cholerae (コレラ菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Nazarov S / Adaixo R / Basler M | |||||||||
資金援助 | スイス, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2019 タイトル: Diverse roles of TssA-like proteins in the assembly of bacterial type VI secretion systems. 著者: Johannes Paul Schneider / Sergey Nazarov / Ricardo Adaixo / Martina Liuzzo / Peter David Ringel / Henning Stahlberg / Marek Basler / 要旨: Protein translocation by the bacterial type VI secretion system (T6SS) is driven by a rapid contraction of a sheath assembled around a tube with associated effectors. Here, we show that TssA-like or ...Protein translocation by the bacterial type VI secretion system (T6SS) is driven by a rapid contraction of a sheath assembled around a tube with associated effectors. Here, we show that TssA-like or TagA-like proteins with a conserved N-terminal domain and varying C-terminal domains can be grouped into at least three distinct classes based on their role in sheath assembly. The proteins of the first class increase speed and frequency of sheath assembly and form a stable dodecamer at the distal end of a polymerizing sheath. The proteins of the second class localize to the cell membrane and block sheath polymerization upon extension across the cell. This prevents excessive sheath polymerization and bending, which may result in sheath destabilization and detachment from its membrane anchor and thus result in failed secretion. The third class of these proteins localizes to the baseplate and is required for initiation of sheath assembly. Our work shows that while various proteins share a conserved N-terminal domain, their roles in T6SS biogenesis are fundamentally different. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4898.map.gz | 100 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-4898-v30.xml emd-4898.xml | 22.6 KB 22.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_4898_fsc.xml | 11.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_4898.png | 179.6 KB | ||
マスクデータ | emd_4898_msk_1.map | 129.7 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-4898.cif.gz | 6.3 KB | ||
その他 | emd_4898_additional_1.map.gz emd_4898_additional_2.map.gz emd_4898_additional_3.map.gz emd_4898_half_map_1.map.gz emd_4898_half_map_2.map.gz | 7.5 MB 119.8 MB 120.9 MB 100.4 MB 100.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4898 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4898 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4898_validation.pdf.gz | 676.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_4898_full_validation.pdf.gz | 676.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4898_validation.xml.gz | 18.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_4898_validation.cif.gz | 24.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4898 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4898 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6riuMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10271 (タイトル: Cryo electron microscopy of TssA protein from T6SS of Vibrio cholerae. Data size: 1.3 TB Data #1: Frame-averaged micrographs of TssA protein from T6SS of Vibrio cholerae [micrographs - single frame] Data #2: Aligned multi-frame micrographs of TssA protein from T6SS of Vibrio cholerae [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4898.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 129.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.058 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_4898_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_4898_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: #3
ファイル | emd_4898_additional_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: #2
ファイル | emd_4898_additional_3.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_4898_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_4898_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Type VI secretion system protein TssA.
全体 | 名称: Type VI secretion system protein TssA. |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Type VI secretion system protein TssA.
超分子 | 名称: Type VI secretion system protein TssA. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) |
分子量 | 理論値: 634 KDa |
-超分子 #2: Middle N-terminal domain (Nt2) of TssA protein from T6SS of Vibri...
超分子 | 名称: Middle N-terminal domain (Nt2) of TssA protein from T6SS of Vibrio cholerae. タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) |
-分子 #1: Type VI secretion system protein TssA
分子 | 名称: Type VI secretion system protein TssA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) |
分子量 | 理論値: 53.102793 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MEMTEYRQCV AKPISSSNPV GERLVDHPLF DFIEDQMMKV GSLSHASVQW DEVEHSTLKL LGEQSKDIKL LVYLLQCLHN QVTPTRLIT SFAVMSEFLN QYWNDSYPAP GARGNLPRRK FFSQMAQRFT TVIEKFDFHH LDEADRQALQ AAVEEWQQAV E KQGLSSEL ...文字列: MEMTEYRQCV AKPISSSNPV GERLVDHPLF DFIEDQMMKV GSLSHASVQW DEVEHSTLKL LGEQSKDIKL LVYLLQCLHN QVTPTRLIT SFAVMSEFLN QYWNDSYPAP GARGNLPRRK FFSQMAQRFT TVIEKFDFHH LDEADRQALQ AAVEEWQQAV E KQGLSSEL VESVVVRITA EIKRAEQRQQ VTAQSSAERE TPSAATSSPA ASMVVDHSSD KAAKQTLLKV ADFLAEQEFG IA LSIRLRR FAVWGSITSL PDHKPDGETL LRGMQADRVK DYQDQLRHPD LALWRKVEQS LTMAPYWFEG QWMSYTIAQQ LGK SDWCQA IAEETQQFLR RLPSLLELKF KGGEPFVSDS VKEWLASVGQ SQGAAGQSVG GDWQEKRKEA FQLAKEGGIA VALS MLNDG LVSAVEPRDK FYWRLLSADL LRANHLDAMA GEQYQTLLNQ VTTLSVPEWE PSLVEQIQRY TTSE UniProtKB: Type VI secretion system protein TssA |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
---|---|
グリッド | 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 293 K / 詳細: Leica EM GP2. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 実像数: 2963 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |