PDB-5h5w: Crystal structure of the flagellar cap protein FliD D2-D3 domains...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5h5w

タイトル

Crystal structure of the flagellar cap protein FliD D2-D3 domains from Escherichia coli

要素

Flagellar hook-associated protein 2

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Bacterial flagellar cap protein

機能・相同性

機能・相同性情報

bacterial-type flagellum filament cap / bacterial-type flagellum hook / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / cell adhesion / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Song, W.S. / Cho, S.Y. / Hong, H.J. / Yoon, S.I.

引用

ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Self-Oligomerizing Structure of the Flagellar Cap Protein FliD and Its Implication in Filament Assembly.
著者: Song, W.S. / Cho, S.Y. / Hong, H.J. / Park, S.C. / Yoon, S.I.

履歴

登録	2016年11月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年4月5日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5h5w.cif.gz	154.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5h5w.ent.gz	121.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5h5w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/5h5w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/5h5w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5h5tC 5h5vSC 5h5s S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5h5w-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Flagellar hook-associated protein 2

B: Flagellar hook-associated protein 2

41.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Flagellar hook-associated protein 2

登録者が定義した集合体
124 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_645	-y+1,x-y-1,z	1
crystal symmetry operation	3_765	-x+y+2,-x+1,z	1
crystal symmetry operation	4_755	-x+2,-y,z	1
crystal symmetry operation	5_665	y+1,-x+y+1,z	1
crystal symmetry operation	6_545	x-y,x-1,z	1

2

B: Flagellar hook-associated protein 2

登録者が定義した集合体
124 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_645	-y+1,x-y-1,z	1
crystal symmetry operation	3_765	-x+y+2,-x+1,z	1
crystal symmetry operation	4_755	-x+2,-y,z	1
crystal symmetry operation	5_665	y+1,-x+y+1,z	1
crystal symmetry operation	6_545	x-y,x-1,z	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.326, 118.326, 59.581
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	168
Space group name H-M	P6

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B

NCSドメイン領域:

Refine code: 5

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLN	GLN	GLN	GLN	A	A	104 - 223	40 - 159
2	1	1	GLN	GLN	GLN	GLN	B	B	104 - 223	40 - 159
1	1	2	ALA	ALA	ALA	ALA	A	A	72 - 103	8 - 39
2	1	2	ALA	ALA	ALA	ALA	B	B	72 - 103	8 - 39
1	2	2	ASN	ASN	THR	THR	A	A	224 - 265	160 - 201
2	2	2	ASN	ASN	THR	THR	B	B	224 - 265	160 - 201

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Flagellar hook-associated protein 2 / HAP2 / Flagellar cap protein 分子量: 20703.316 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 71-267 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: fliD, OO96_01215 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A178ST54, UniProt: P24216*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Flagellar hook-associated protein 2 / HAP2 / Flagellar cap protein

分子量: 20703.316 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 71-267 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: fliD, OO96_01215 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A178ST54, UniProt: P24216*PLUS

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.7 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.4 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1.00004 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→30 Å / Num. obs: 26548 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 36.3
反射シェル	解像度: 2.15→2.19 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5H5V

5h5v

解像度: 2.15→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.237 / ESU R Free: 0.204 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25737	1233	5 %	RANDOM
R_work	0.21056	-	-	-
obs	0.21297	23259	93.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.77 Å²	-0.89 Å²	0 Å²
2-	-	-1.77 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.15→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2785	0	0	140	2925

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	2796
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.497	1.937	3816
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.012	5	390
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.808	27.383	107
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.095	15	443
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.317	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	504
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2044
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.597	1.5	1938
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.081	2	3117
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.239	3	858
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.478	4.5	699
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	480	medium positional	0.17	0.5
2	2	292	medium positional	0.18	0.5
1	1	370	loose positional	0.33	5
2	2	220	loose positional	0.33	5
1	1	480	medium thermal	0.73	2
2	2	292	medium thermal	0.6	2
1	1	370	loose thermal	1.28	10
2	2	220	loose thermal	0.98	10

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.301	91	-
R_work	0.277	1603	-
obs	-	-	88.64 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8311	1.2992	1.8448	2.5474	1.6412	4.7908	-0.0371	0.1513	0.4966	-0.1587	-0.309	0.5552	-0.4271	-0.3251	0.3461	0.1797	0.0459	-0.0062	0.1821	-0.0286	0.1392	119.334	-29.864	-19.075
2	2.2334	2.3914	-1.0512	5.0465	0.4772	2.8429	0.2783	-0.3529	0.2889	0.3896	-0.1638	0.1222	-0.2666	0.1698	-0.1146	0.1747	-0.0308	0.0369	0.2031	-0.0518	0.1189	145.055	-16.38	13.819
3	3.9268	1.0864	-0.5121	2.0852	-0.3178	0.91	-0.1908	0.2345	-0.457	-0.0775	0.1026	-0.3308	0.0906	0.0547	0.0883	0.1597	-0.002	0.051	0.1191	-0.0427	0.0827	153.673	-33.586	-13.973
4	2.6342	0.4017	-0.0513	3.2944	0.226	1.7626	-0.0574	-0.081	-0.3983	0.0819	-0.0525	0.0561	0.2076	-0.1238	0.1099	0.0998	-0.0119	0.0409	0.0855	0.0007	0.0742	131.166	-47.415	5.182

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	70 - 103
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	224 - 267
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	72 - 103
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	224 - 267
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	104 - 223
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	104 - 223

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関連情報:EMDBヘッダ

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