PDB-5h5t: Crystal structure of the flagellar cap protein FliD D2-D3 domains...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5h5t

タイトル

Crystal structure of the flagellar cap protein FliD D2-D3 domains from Salmonella Typhimurium

要素

Flagellar hook-associated protein 2

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Bacterial flagellar cap protein

機能・相同性

機能・相同性情報

bacterial-type flagellum filament cap / bacterial-type flagellum hook / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / cell adhesion / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Song, W.S. / Cho, S.Y. / Hong, H.J. / Yoon, S.I.

引用

ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Self-Oligomerizing Structure of the Flagellar Cap Protein FliD and Its Implication in Filament Assembly.
著者: Song, W.S. / Cho, S.Y. / Hong, H.J. / Park, S.C. / Yoon, S.I.

履歴

登録	2016年11月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年4月5日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5h5t.cif.gz	363.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5h5t.ent.gz	299.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5h5t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/5h5t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/5h5t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5h5vSC 5h5wC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5vpe-d 5vpf-d 3v58-2 3v57-2 6xwk-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Flagellar hook-associated protein 2

B: Flagellar hook-associated protein 2

C: Flagellar hook-associated protein 2

D: Flagellar hook-associated protein 2

E: Flagellar hook-associated protein 2

108 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.688, 106.062, 141.704
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
1	2	A
2	2	B
3	2	C
4	2	D
5	2	E

NCSドメイン領域:

Refine code: 5

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	SER	SER	THR	THR	A	A	76 - 87	12 - 23
2	1	1	SER	SER	THR	THR	B	B	76 - 87	12 - 23
3	1	1	SER	SER	THR	THR	C	C	76 - 87	12 - 23
4	1	1	SER	SER	THR	THR	D	D	76 - 87	12 - 23
5	1	1	SER	SER	THR	THR	E	E	76 - 87	12 - 23
1	2	1	ASN	ASN	THR	THR	A	A	226 - 264	162 - 200
2	2	1	ASN	ASN	THR	THR	B	B	226 - 264	162 - 200
3	2	1	ASN	ASN	THR	THR	C	C	226 - 264	162 - 200
4	2	1	ASN	ASN	THR	THR	D	D	226 - 264	162 - 200
5	2	1	ASN	ASN	THR	THR	E	E	226 - 264	162 - 200
1	3	1	ALA	ALA	ALA	ALA	A	A	90 - 103	26 - 39
2	3	1	ALA	ALA	ALA	ALA	B	B	90 - 103	26 - 39
3	3	1	ALA	ALA	ALA	ALA	C	C	90 - 103	26 - 39
4	3	1	ALA	ALA	ALA	ALA	D	D	90 - 103	26 - 39
5	3	1	ALA	ALA	ALA	ALA	E	E	90 - 103	26 - 39
1	1	2	ALA	ALA	LYS	LYS	A	A	104 - 145	40 - 81
2	1	2	ALA	ALA	LYS	LYS	B	B	104 - 145	40 - 81
3	1	2	ALA	ALA	LYS	LYS	C	C	104 - 145	40 - 81
4	1	2	ALA	ALA	LYS	LYS	D	D	104 - 145	40 - 81
5	1	2	ALA	ALA	LYS	LYS	E	E	104 - 145	40 - 81
1	2	2	SER	SER	GLU	GLU	A	A	152 - 225	88 - 161
2	2	2	SER	SER	GLU	GLU	B	B	152 - 225	88 - 161
3	2	2	SER	SER	GLU	GLU	C	C	152 - 225	88 - 161
4	2	2	SER	SER	GLU	GLU	D	D	152 - 225	88 - 161
5	2	2	SER	SER	GLU	GLU	E	E	152 - 225	88 - 161

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Flagellar hook-associated protein 2 / HAP2 / Flagellar cap protein 分子量: 21535.938 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP RESIDUES 71-268 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: fliD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0D6FM27, UniProt: P16328*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Flagellar hook-associated protein 2 / HAP2 / Flagellar cap protein

分子量: 21535.938 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP RESIDUES 71-268 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: fliD / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0D6FM27, UniProt: P16328*PLUS

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.2 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 16% PEG 1000, 0.1 M sodium acetate pH 3.5, 0.2 M zinc acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1.00004 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 40695 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 20.2
反射シェル	解像度: 2.5→2.54 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5H5V

5h5v

解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.923 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.887 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.499 / ESU R Free: 0.308 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27847	2006	4.9 %	RANDOM
R_work	0.22897	-	-	-
obs	0.23144	38651	97.43 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.28 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.5→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7091	0	0	85	7176

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	7121
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	4381
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.115	1.965	9697
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	4.557	3	10984
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.013	5	971
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.075	27.701	261
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.448	15	1256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.639	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	1289
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	7946
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1126
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.204	1.5	4835
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0	1.5	1987
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.41	2	7836
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.879	3	2286
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.598	4.5	1861
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	386	medium positional	0.25	0.5
1	1	B	386	medium positional	0.23	0.5
1	1	C	386	medium positional	0.19	0.5
1	1	D	386	medium positional	0.2	0.5
1	1	E	386	medium positional	0.16	0.5
2	2	A	688	medium positional	0.18	0.5
2	2	B	688	medium positional	0.3	0.5
2	2	C	688	medium positional	0.21	0.5
2	2	D	688	medium positional	0.22	0.5
2	2	E	688	medium positional	0.25	0.5
1	1	A	333	loose positional	0.35	5
1	1	B	333	loose positional	0.36	5
1	1	C	333	loose positional	0.32	5
1	1	D	333	loose positional	0.29	5
1	1	E	333	loose positional	0.29	5
2	2	A	681	loose positional	0.29	5
2	2	B	681	loose positional	0.4	5
2	2	C	681	loose positional	0.34	5
2	2	D	681	loose positional	0.37	5
2	2	E	681	loose positional	0.36	5
1	1	A	386	medium thermal	0.23	2
1	1	B	386	medium thermal	0.16	2
1	1	C	386	medium thermal	0.08	2
1	1	D	386	medium thermal	0.12	2
1	1	E	386	medium thermal	0.15	2
2	2	A	688	medium thermal	0.19	2
2	2	B	688	medium thermal	0.19	2
2	2	C	688	medium thermal	0.18	2
2	2	D	688	medium thermal	0.15	2
2	2	E	688	medium thermal	0.15	2
1	1	A	333	loose thermal	0.35	10
1	1	B	333	loose thermal	0.25	10
1	1	C	333	loose thermal	0.19	10
1	1	D	333	loose thermal	0.2	10
1	1	E	333	loose thermal	0.23	10
2	2	A	681	loose thermal	0.37	10
2	2	B	681	loose thermal	0.29	10
2	2	C	681	loose thermal	0.26	10
2	2	D	681	loose thermal	0.26	10
2	2	E	681	loose thermal	0.27	10

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.389	158	-
R_work	0.317	2847	-
obs	-	-	99.21 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.4598	1.1373	-1.2901	4.0401	-0.4243	1.4653	-0.0633	-0.1381	0.1605	-0.0069	-0.0066	-0.2627	0.1204	0.0173	0.07	0.0586	0.0254	-0.0381	0.175	0.0022	0.3234	-40.305	48.06	7.001
2	18.7032	-2.463	0.5966	4.9035	0.6674	0.4519	0.4007	-0.4504	-1.5013	0.1973	0.0588	0.1079	0.3015	0.0233	-0.4595	0.283	-0.0136	-0.2298	0.4011	0.0694	0.9246	-11.963	55.596	7.847
3	3.5885	2.6816	-1.0398	9.1017	-2.0886	5.0523	-0.1814	0.1353	0.0871	-0.0396	0.2152	0.5936	0.1132	-0.1814	-0.0337	0.1033	-0.0333	0.0102	0.3989	0.0179	0.4231	-3.235	37.184	25.868
4	9.0724	5.3123	0.8908	7.2317	-1.2987	4.6981	-0.7581	1.5409	0.3229	-0.9071	1.0061	0.3712	-0.0543	-0.5186	-0.2481	0.2791	-0.0901	-0.0349	0.8098	0.2097	0.5089	-21.172	14.546	28.484
5	7.431	-0.8827	0.6749	3.9437	-1.9996	4.7821	0.2347	-0.1318	0.1806	0.1013	-0.1001	-0.7655	0.0026	0.1675	-0.1347	0.062	0.0224	-0.0554	0.3302	0.0542	0.6282	-44.819	22.578	15.445
6	3.817	2.477	0.4925	5.0074	1.038	1.2837	0.0202	-0.173	-0.0445	-0.0618	-0.0805	0.0925	0.0101	-0.0919	0.0603	0.0199	0.0015	-0.0024	0.2464	0.0237	0.2632	-65.109	24.566	7.921
7	5.665	-0.4989	-0.6472	3.3385	-1.6298	2.0089	0.1031	0.4773	0.63	-0.2055	-0.0136	-0.1387	-0.1604	-0.0797	-0.0894	0.092	0.0209	0.0641	0.2771	0.0675	0.4833	-42.046	67.834	-3.359
8	6.8807	-0.2019	0.464	4.2172	-1.0714	2.8787	0.2435	0.4491	0.5525	-0.1738	-0.1437	-0.1154	-0.0742	0.0771	-0.0999	0.0608	0.0573	0.0412	0.2953	0.0003	0.4542	7.484	64.482	8.559
9	5.4204	2.4501	-0.7876	3.5971	-0.748	2.2982	-0.1191	-0.3686	-0.5514	0.316	0.0635	-0.3083	-0.0218	0.4346	0.0556	0.2052	0.0085	0.0109	0.4726	-0.0256	0.4075	9.998	25.025	39.065
10	5.4588	-1.6932	1.7997	6.1048	-1.1175	2.3885	-0.3322	-0.6087	-0.5934	0.0332	0.4705	0.5299	0.0202	-0.1958	-0.1382	0.1358	0.0699	0.0036	0.6308	0.2347	0.5588	-32.46	-2.271	35.721

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	72 - 103
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	226 - 267
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	72 - 103
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	226 - 266
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	72 - 103
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	226 - 267
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	74 - 103
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	226 - 266
9	X-RAY DIFFRACTION	5	E	72 - 103
10	X-RAY DIFFRACTION	5	E	226 - 267
11	X-RAY DIFFRACTION	6	A	104 - 225
12	X-RAY DIFFRACTION	7	B	104 - 225
13	X-RAY DIFFRACTION	8	C	104 - 225
14	X-RAY DIFFRACTION	9	D	104 - 225
15	X-RAY DIFFRACTION	10	E	104 - 225

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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