PDB-6rju: C-terminal domain of TssA protein from T6SS of Escherichia coli.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6rju

タイトル

C-terminal domain of TssA protein from T6SS of Escherichia coli.

要素

Putative type VI secretion protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / T6SS / E. coli / TssA / cap

機能・相同性

Type VI secretion system-associated, VCA0119 / Type VI secretion, EvfE, EvfF, ImpA, BimE, VC_A0119, VasJ / ImpA, N-terminal / ImpA, N-terminal, type VI secretion system / Putative type VI secretion protein

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Nazarov, S. / Shneider, M. / Basler, M. / Leiman, P.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of TssA protein from Type VI secretion system of E. coli.
著者: Nazarov, S. / Demurtas, D. / Shneider, M. / Basler, M. / Leiman, P.

履歴

登録	2019年4月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

ムービー	登録構造単位 Jmolによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6rju.cif.gz	61.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6rju.ent.gz	40.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6rju.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6rju_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6rju_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6rju_validation.xml.gz	23.1 KB	表示
CIF形式データ	6rju_validation.cif.gz	30.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/6rju ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/6rju	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4906MC 4898 M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6lh8-d 1jun-d 5eiu-3 3e3v-d 5n7k-2 2k9j-d 5n7k-4 2xjz-4 1wpa-d 5f7t-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative type VI secretion protein

59.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

#1: タンパク質	Putative type VI secretion protein 分子量: 59159.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: NCTC12950_00920 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A376XSV1
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: C-terminal domain of T6SS protein TssA. / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量	値: 0.634 MDa / 実験値: NO
由来(天然)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 293 K / 詳細: Leica EM GP2

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	電子線照射量: 60 e/Å² / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 3269
電子光学装置	エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS
画像スキャン	動画フレーム数/画像: 40

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	カテゴリ
1	Gautomatch	粒子像選択
2	SerialEM	画像取得
4	CTFFIND	CTF補正
7	Situs	モデルフィッティング
10	RELION	最終オイラー角割当
11	RELION	分類
12	RELION	３次元再構成
13	PHENIX	モデル精密化

CTF補正

タイプ: NONE

粒子像の選択

選択した粒子像数: 667861

対称性

点対称性: D₆ (2回x6回 2面回転対称)

3次元再構成

解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 52370 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: RIGID BODY FIT

原子モデル構築

PDB-ID: 4YO5

4yo5

PDB chain-ID: A / Accession code: 4YO5 / Pdb chain residue range: 388-474 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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