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万見
- PDB-1wpa: 1.5 Angstrom crystal structure of human occludin fragment 413-522 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wpa
タイトル1.5 Angstrom crystal structure of human occludin fragment 413-522
要素Occludin
キーワードCELL ADHESION / occludin / coiled-coil / ZO-1 binding / transmembrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to cell leading edge / positive regulation of blood-brain barrier permeability / RUNX1 regulates expression of components of tight junctions / regulation of D-glucose transmembrane transport / bicellular tight junction assembly / apicolateral plasma membrane / cell-cell junction organization / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / tight junction / positive regulation of wound healing ...protein localization to cell leading edge / positive regulation of blood-brain barrier permeability / RUNX1 regulates expression of components of tight junctions / regulation of D-glucose transmembrane transport / bicellular tight junction assembly / apicolateral plasma membrane / cell-cell junction organization / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / tight junction / positive regulation of wound healing / maintenance of blood-brain barrier / cell leading edge / endocytic vesicle / bicellular tight junction / positive regulation of lamellipodium assembly / positive regulation of microtubule polymerization / positive regulation of D-glucose import / cell junction / cell-cell junction / protein-containing complex assembly / cytoplasmic vesicle / apical plasma membrane / protein domain specific binding / lysosomal membrane / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / protein-containing complex / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #340 / Occludin / Occludin homology domain / ELL/occludin family / Occludin homology domain / Occludin/ELL (OCEL) domain profile. / Marvel domain / Membrane-associating domain / MARVEL domain profile. / Helix Hairpins ...Helix Hairpins - #340 / Occludin / Occludin homology domain / ELL/occludin family / Occludin homology domain / Occludin/ELL (OCEL) domain profile. / Marvel domain / Membrane-associating domain / MARVEL domain profile. / Helix Hairpins / MFS transporter superfamily / Helix non-globular / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Li, Y. / Lavie, A. / Fanning, A.S. / Anderson, J.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Structure of the conserved cytoplasmic C-terminal domain of occludin: identification of the ZO-1 binding surface.
著者: Li, Y. / Fanning, A.S. / Anderson, J.M. / Lavie, A.
履歴
登録2004年9月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年9月17日Group: Database references
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Occludin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6951
ポリマ－13,6951
非ポリマー00
水1,910106
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.020, 35.310, 107.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Occludin


分子量: 13695.207 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 413-522 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX4T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q16625
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.6
詳細: ammonium sulfate, pH 5.6, EVAPORATION, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月22日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→20 Å / Num. all: 21026 / Num. obs: 20588 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / % possible all: 90.6

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解析

ソフトウェア名称: CNS / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.258 1064 random
Rwork0.237 --
all0.243 20942 -
obs0.24 20564 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数906 0 0 106 1012

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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