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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3821 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM reconstruction of a modified human Adenovirus C5 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 T=25 icosahedral viral capsid / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / host cell / viral capsid / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Schmid M / Ernst P / Honegger A / Suomalainen M / Zimmermann M / Braun L / Stauffer S / Thom C / Dreier B / Eibauer M ...Schmid M / Ernst P / Honegger A / Suomalainen M / Zimmermann M / Braun L / Stauffer S / Thom C / Dreier B / Eibauer M / Kipar A / Vogel V / Greber UF / Medalia O / Plueckthun A | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: Adenoviral vector with shield and adapter increases tumor specificity and escapes liver and immune control. 著者: Markus Schmid / Patrick Ernst / Annemarie Honegger / Maarit Suomalainen / Martina Zimmermann / Lukas Braun / Sarah Stauffer / Cristian Thom / Birgit Dreier / Matthias Eibauer / Anja Kipar / ...著者: Markus Schmid / Patrick Ernst / Annemarie Honegger / Maarit Suomalainen / Martina Zimmermann / Lukas Braun / Sarah Stauffer / Cristian Thom / Birgit Dreier / Matthias Eibauer / Anja Kipar / Viola Vogel / Urs F Greber / Ohad Medalia / Andreas Plückthun / 要旨: Most systemic viral gene therapies have been limited by sequestration and degradation of virions, innate and adaptive immunity, and silencing of therapeutic genes within the target cells. Here we ...Most systemic viral gene therapies have been limited by sequestration and degradation of virions, innate and adaptive immunity, and silencing of therapeutic genes within the target cells. Here we engineer a high-affinity protein coat, shielding the most commonly used vector in clinical gene therapy, human adenovirus type 5. Using electron microscopy and crystallography we demonstrate a massive coverage of the virion surface through the hexon-shielding scFv fragment, trimerized to exploit the hexon symmetry and gain avidity. The shield reduces virion clearance in the liver. When the shielded particles are equipped with adaptor proteins, the virions deliver their payload genes into human cancer cells expressing HER2 or EGFR. The combination of shield and adapter also increases viral gene delivery to xenografted tumors in vivo, reduces liver off-targeting and immune neutralization. Our study highlights the power of protein engineering for viral vectors overcoming the challenges of local and systemic viral gene therapies. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3821.map.gz | 283.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3821-v30.xml emd-3821.xml | 13.5 KB 13.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_3821_fsc.xml | 28.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_3821.png | 211.9 KB | ||
その他 | emd_3821_half_map_1.map.gz emd_3821_half_map_2.map.gz | 1.5 GB 1.5 GB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3821 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3821 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3821_validation.pdf.gz | 411.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3821_full_validation.pdf.gz | 411 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3821_validation.xml.gz | 31.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3821 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3821 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6eqcMC 5ogiC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10117 (タイトル: Cryo-EM reconstruction of a modified human Adenovirus C5 Data size: 612.7 Data #1: Unaligned multi-frame micrographs of a modified human Adenovirus C5 [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3821.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.96 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_3821_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_3821_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human adenovirus 5
全体 | 名称: Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Human adenovirus 5
超分子 | 名称: Human adenovirus 5 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 28285 / 生物種: Human adenovirus 5 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均露光時間: 0.4 sec. / 平均電子線量: 1.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | PDB-6eqc: |