[日本語] English
万見
- PDB-6eqc: Cryo-EM reconstruction of a complex of a binding protein and huma... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eqc
タイトルCryo-EM reconstruction of a complex of a binding protein and human adenovirus C5 hexon
要素
  • Hexon protein
  • scFv of 9C12 antibody
キーワードVIRAL PROTEIN / Antibody / Human Adenovirus C5 / gene therapy Viral Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


T=25 icosahedral viral capsid / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / viral capsid / host cell / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Adenovirus hexon protein / Adenovirus Pll, hexon, N-terminal / Adenovirus Pll, hexon, C-terminal / Adenovirus Pll, hexon, subdomain 2 / Hexon, adenovirus major coat protein, N-terminal domain / Hexon, adenovirus major coat protein, C-terminal domain / Group II dsDNA virus coat/capsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.4 Å
データ登録者Schmid, M. / Ernst, P. / Honegger, A. / Suomalainen, M. / Zimmermann, M. / Braun, L. / Stauffer, S. / Thom, C. / Dreier, B. / Eibauer, M. ...Schmid, M. / Ernst, P. / Honegger, A. / Suomalainen, M. / Zimmermann, M. / Braun, L. / Stauffer, S. / Thom, C. / Dreier, B. / Eibauer, M. / Kipar, A. / Vogel, V. / Greber, U.F. / Medalia, O. / Plueckthun, A.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Adenoviral vector with shield and adapter increases tumor specificity and escapes liver and immune control.
著者: Markus Schmid / Patrick Ernst / Annemarie Honegger / Maarit Suomalainen / Martina Zimmermann / Lukas Braun / Sarah Stauffer / Cristian Thom / Birgit Dreier / Matthias Eibauer / Anja Kipar / ...著者: Markus Schmid / Patrick Ernst / Annemarie Honegger / Maarit Suomalainen / Martina Zimmermann / Lukas Braun / Sarah Stauffer / Cristian Thom / Birgit Dreier / Matthias Eibauer / Anja Kipar / Viola Vogel / Urs F Greber / Ohad Medalia / Andreas Plückthun /
要旨: Most systemic viral gene therapies have been limited by sequestration and degradation of virions, innate and adaptive immunity, and silencing of therapeutic genes within the target cells. Here we ...Most systemic viral gene therapies have been limited by sequestration and degradation of virions, innate and adaptive immunity, and silencing of therapeutic genes within the target cells. Here we engineer a high-affinity protein coat, shielding the most commonly used vector in clinical gene therapy, human adenovirus type 5. Using electron microscopy and crystallography we demonstrate a massive coverage of the virion surface through the hexon-shielding scFv fragment, trimerized to exploit the hexon symmetry and gain avidity. The shield reduces virion clearance in the liver. When the shielded particles are equipped with adaptor proteins, the virions deliver their payload genes into human cancer cells expressing HER2 or EGFR. The combination of shield and adapter also increases viral gene delivery to xenografted tumors in vivo, reduces liver off-targeting and immune neutralization. Our study highlights the power of protein engineering for viral vectors overcoming the challenges of local and systemic viral gene therapies.
履歴
登録2017年10月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-3821
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3821
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hexon protein
B: Hexon protein
C: Hexon protein
D: scFv of 9C12 antibody
E: scFv of 9C12 antibody
F: scFv of 9C12 antibody


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)405,8966
ポリマ－405,8966
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area56550 Å2
ΔGint-270 kcal/mol
Surface area129630 Å2
手法PISA

-
要素

#1: タンパク質 Hexon protein / CP-H / Protein II


分子量: 108042.469 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス)
参照: UniProt: P04133
#2: 抗体 scFv of 9C12 antibody


分子量: 27256.225 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Hexon protein-antibody complexCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2Hexon proteinCOMPLEX#11NATURAL
3scFv of 9C12 antibodyCOMPLEX#21RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス)28285
23Mus musculus (ハツカネズミ)10090
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SEROTYPE / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影平均露光時間: 0.4 sec. / 電子線照射量: 1 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1RELION1.4粒子像選択
4CTFFIND4.0.17CTF補正
7NAMD2.12モデルフィッティングrun with MDFF 0.5
11RELION1.4分類
12RELION1.4３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 7.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1880 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る