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万見
- EMDB-21951: Cryo-EM Structure of Human Apoferritin Light Chain Vitrified Usin... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21951
タイトルCryo-EM Structure of Human Apoferritin Light Chain Vitrified Using Back-it-up
マップデータSharpened map
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Human apoferritin light chain
    • タンパク質・ペプチド: Ferritin light chain
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: water
キーワードHuman / apoferritin / ferritin / light chain / back-it-up / through-grid wicking / METAL BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


: / autolysosome / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / Iron uptake and transport / ferrous iron binding / azurophil granule lumen / iron ion transport ...: / autolysosome / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / Iron uptake and transport / ferrous iron binding / azurophil granule lumen / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / iron ion binding / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ferritin light chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.0 Å
データ登録者Tan YZ / Rubinstein JL
資金援助 カナダ, 3件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
Canada Excellence Research Chair Award カナダ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Through-grid wicking enables high-speed cryoEM specimen preparation.
著者: Yong Zi Tan / John L Rubinstein /
要旨: Blotting times for conventional cryoEM specimen preparation complicate time-resolved studies and lead to some specimens adopting preferred orientations or denaturing at the air-water interface. Here, ...Blotting times for conventional cryoEM specimen preparation complicate time-resolved studies and lead to some specimens adopting preferred orientations or denaturing at the air-water interface. Here, it is shown that solution sprayed onto one side of a holey cryoEM grid can be wicked through the grid by a glass-fiber filter held against the opposite side, often called the `back', of the grid, producing a film suitable for vitrification. This process can be completed in tens of milliseconds. Ultrasonic specimen application and through-grid wicking were combined in a high-speed specimen-preparation device that was named `Back-it-up' or BIU. The high liquid-absorption capacity of the glass fiber compared with self-wicking grids makes the method relatively insensitive to the amount of sample applied. Consequently, through-grid wicking produces large areas of ice that are suitable for cryoEM for both soluble and detergent-solubilized protein complexes. The speed of the device increases the number of views for a specimen that suffers from preferred orientations.
履歴
登録2020年5月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年5月20日-
マップ公開2020年5月20日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6wx6
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21951.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21951.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.816 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.5 / ムービー #1: 1.5
最小 - 最大-3.960802 - 8.172722
平均 (標準偏差)-0.005302647 (±0.43088546)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 235.008 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8160.8160.816
M x/y/z288288288
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z235.008235.008235.008
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS288288288
D min/max/mean-3.9618.173-0.005

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_21951_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Raw map

ファイルemd_21951_additional_1.map
注釈Raw map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Local resolution map

ファイルemd_21951_additional_2.map
注釈Local resolution map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: 3DFSC - Thresholded and Binarized

ファイルemd_21951_additional_3.map
注釈3DFSC - Thresholded and Binarized
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: 3DFSC - Thresholded

ファイルemd_21951_additional_4.map
注釈3DFSC - Thresholded
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: 3DFSC - Raw

ファイルemd_21951_additional_5.map
注釈3DFSC - Raw
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_21951_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_21951_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human apoferritin light chain

全体名称: Human apoferritin light chain
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Human apoferritin light chain
    • タンパク質・ペプチド: Ferritin light chain
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: Human apoferritin light chain

超分子名称: Human apoferritin light chain / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 580 KDa

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分子 #1: Ferritin light chain

分子名称: Ferritin light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 24 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.275898 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: TGWSHPQFEK LKGGSSRGGG GGSGGSGGSG GSMSSQIRQN YSTDVEAAVN SLVNLYLQAS YTYLSLGFYF DRDDVALEGV SHFFRELAE EKREGYERLL KMQNQRGGRA LFQDIKKPAE DEWGKTPDAM KAAMALEKKL NQALLDLHAL GSARTDPHLC D FLETHFLD ...文字列:
TGWSHPQFEK LKGGSSRGGG GGSGGSGGSG GSMSSQIRQN YSTDVEAAVN SLVNLYLQAS YTYLSLGFYF DRDDVALEGV SHFFRELAE EKREGYERLL KMQNQRGGRA LFQDIKKPAE DEWGKTPDAM KAAMALEKKL NQALLDLHAL GSARTDPHLC D FLETHFLD EEVKLIKKMG DHLTNLHRLG GPEAGLGEYL FERLTLRHDG GSGGSGGSGG SGGGASGGS

UniProtKB: Ferritin light chain

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分子 #2: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 8 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #3: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2420 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER/RHODIUM / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
詳細: Both sides of the grid were glow discharged for 120 seconds.
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 50 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Back-it-up (ultrasonic specimen application and through-grid wicking in a high-speed specimen preparation device) was used.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 3168 / 平均露光時間: 9.0 sec. / 平均電子線量: 27.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 673794
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Made using cryoSPARC 2 ab initio refinement
最終 再構成想定した対称性 - 点群: O (正8面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 使用した粒子像数: 594259
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2ffx


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 14.91
得られたモデル

PDB-6wx6:
Cryo-EM Structure of Human Apoferritin Light Chain Vitrified Using Back-it-up

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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