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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12903 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of tobacco mosaic virus in nanofluidic channels | |||||||||
![]() | Sharpened and symmetrized cryo-EM density | |||||||||
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機能・相同性 | Tobacco mosaic virus-like, coat protein / Tobacco mosaic virus-like, coat protein superfamily / Virus coat protein (TMV like) / helical viral capsid / structural molecule activity / identical protein binding / Capsid protein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
![]() | Huber ST / Sarajlic E / Huijink R / Evers WH / Jakobi AJ | |||||||||
資金援助 | European Union, ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Nanofluidic chips for cryo-EM structure determination from picoliter sample volumes. 著者: Stefan T Huber / Edin Sarajlic / Roeland Huijink / Felix Weis / Wiel H Evers / Arjen J Jakobi / ![]() ![]() 要旨: Cryogenic electron microscopy has become an essential tool for structure determination of biological macromolecules. In practice, the difficulty to reliably prepare samples with uniform ice thickness ...Cryogenic electron microscopy has become an essential tool for structure determination of biological macromolecules. In practice, the difficulty to reliably prepare samples with uniform ice thickness still represents a barrier for routine high-resolution imaging and limits the current throughput of the technique. We show that a nanofluidic sample support with well-defined geometry can be used to prepare cryo-EM specimens with reproducible ice thickness from picoliter sample volumes. The sample solution is contained in electron-transparent nanochannels that provide uniform thickness gradients without further optimisation and eliminate the potentially destructive air-water interface. We demonstrate the possibility to perform high-resolution structure determination with three standard protein specimens. Nanofabricated sample supports bear potential to automate the cryo-EM workflow, and to explore new frontiers for cryo-EM applications such as time-resolved imaging and high-throughput screening. #1: ![]() タイトル: Nanofluidic chips for cryo-EM structure determination from picoliter sample volumes 著者: Huber ST / Sarajlic E / Huijink R / Weis F / Evers WH / Jakobi AJ | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 18.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19.3 KB 19.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 8.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 177.4 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 64 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() | 18.6 MB 12.3 MB 59.4 MB 59.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7ohfC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 308.3 Data #1: Unaligned multi-frame movies of pyrococcus furiosus apoferritin in silicon nitride nanochannels [micrographs - multiframe] Data #2: Multi-frame movies of T20S proteasome in silicon nitride nanochannels [micrographs - multiframe] Data #3: Multi-frame movies of TMV in silicon nitride nanochannels [micrographs - multiframe]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened and symmetrized cryo-EM density | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.288 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened and symmetrized cryo-EM density
ファイル | emd_12903_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened and symmetrized cryo-EM density | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Local resolution map
ファイル | emd_12903_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Local resolution map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_12903_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_12903_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Tobacco mosaic virus in nanofluidic channels
全体 | 名称: Tobacco mosaic virus in nanofluidic channels |
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要素 |
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-超分子 #1: Tobacco mosaic virus in nanofluidic channels
超分子 | 名称: Tobacco mosaic virus in nanofluidic channels / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
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試料調製
濃度 | 1.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7 |
グリッド | モデル: Homemade / 材質: SILICON NITRIDE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA PLUNGER 詳細: The sample was filled into cryoChips through the cantilever and then transferred within ~10 seconds to the Leica plunger for freezing.. |
詳細 | The sample was filled into nanofluidic channels. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 3200FSC |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 82 / 平均露光時間: 11.0 sec. / 平均電子線量: 59.7 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.1 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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