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万見
- EMDB-12902: Electron cryo-tomogram of pyrococcus furiosus apoferritin in nano... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12902
タイトルElectron cryo-tomogram of pyrococcus furiosus apoferritin in nanofluidic channels
マップデータTomogram of nanofluidic channels filled with 3.4 mg/mL apoferritin solution
試料
  • 複合体: Nanochannel filled with pyrococcus furiosus apoferritin
生物種Pyrococcus furiosus COM1 (古細菌)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Huber ST / Sarajlic E / Huijink R / Evers WH / Jakobi AJ
資金援助European Union, オランダ, 2件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)852880European Union
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)NWO.STU.018-2.007 オランダ
引用
ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Nanofluidic chips for cryo-EM structure determination from picoliter sample volumes.
著者: Stefan T Huber / Edin Sarajlic / Roeland Huijink / Felix Weis / Wiel H Evers / Arjen J Jakobi /
要旨: Cryogenic electron microscopy has become an essential tool for structure determination of biological macromolecules. In practice, the difficulty to reliably prepare samples with uniform ice thickness ...Cryogenic electron microscopy has become an essential tool for structure determination of biological macromolecules. In practice, the difficulty to reliably prepare samples with uniform ice thickness still represents a barrier for routine high-resolution imaging and limits the current throughput of the technique. We show that a nanofluidic sample support with well-defined geometry can be used to prepare cryo-EM specimens with reproducible ice thickness from picoliter sample volumes. The sample solution is contained in electron-transparent nanochannels that provide uniform thickness gradients without further optimisation and eliminate the potentially destructive air-water interface. We demonstrate the possibility to perform high-resolution structure determination with three standard protein specimens. Nanofabricated sample supports bear potential to automate the cryo-EM workflow, and to explore new frontiers for cryo-EM applications such as time-resolved imaging and high-throughput screening.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Nanofluidic chips for cryo-EM structure determination from picoliter sample volumes
著者: Huber ST / Sarajlic E / Huijink R / Weis F / Evers WH / Jakobi AJ
履歴
登録2021年5月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年8月11日-
マップ公開2021年8月11日-
更新2022年2月16日-
現状2022年2月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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ムービービューア
添付画像

emd_12902.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12902.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.2 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Tomogram of nanofluidic channels filled with 3.4 mg/mL apoferritin solution
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
9.41 Å/pix.
x 168 pix.
= 1581.216 Å		9.41 Å/pix.
x 1152 pix.
= 10842.624 Å		9.41 Å/pix.
x 1728 pix.
= 16263.936 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 9.412 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-3.0 - 3.0
平均 (標準偏差)-0.011853187 (±0.73778814)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ11521728168
Spacing17281152168
セルA: 16263.936 Å / B: 10842.624 Å / C: 1581.216 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z9.4129.4129.412
M x/y/z17281152168
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z16263.93610842.6241581.216
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS17281152168
D min/max/mean-3.0003.000-0.012

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添付データ

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追加マップ: Segmentation of apoferritin particles

ファイルemd_12902_additional_1.map
注釈Segmentation of apoferritin particles
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Segmentation of the silicon nitride membrane

ファイルemd_12902_additional_2.map
注釈Segmentation of the silicon nitride membrane
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Nanochannel filled with pyrococcus furiosus apoferritin

全体名称: Nanochannel filled with pyrococcus furiosus apoferritin
要素
  • 複合体: Nanochannel filled with pyrococcus furiosus apoferritin

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超分子 #1: Nanochannel filled with pyrococcus furiosus apoferritin

超分子名称: Nanochannel filled with pyrococcus furiosus apoferritin
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus COM1 (古細菌)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
分子量理論値: 492 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMTrisris(hydroxymethyl)aminomethane
グリッドモデル: Homemade / 材質: SILICON NITRIDE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA PLUNGER
詳細: cryoChips were filled with 3.4 mg/mL apoferritin and transferred to the Leica plunger within ~10 seconds for plunging..
切片作成その他: NO SECTIONING

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FSC
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 94.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.1 mm / 最小 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度の算出法: OTHER / 使用した粒子像数: 61
CTF補正ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.9.2)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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