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- EMDB-12875: The archaellum of Methanocaldococcus villosus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12875
タイトルThe archaellum of Methanocaldococcus villosus
マップデータ
試料
  • 複合体: Archaellum
    • タンパク質・ペプチド: Archaellin
    • タンパク質・ペプチド: Archaellin
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: UNKNOWN LIGAND
キーワードArchaellum / archaellin / Methanocaldococcus villosus / cryoEM / helical reconstruction / PROTEIN FIBRIL
生物種Methanocaldococcus villosus (メタン生成菌)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.08 Å
データ登録者Isupov M / Gambelli L
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)109784 英国
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: An archaellum filament composed of two alternating subunits.
著者: Lavinia Gambelli / Michail N Isupov / Rebecca Conners / Mathew McLaren / Annett Bellack / Vicki Gold / Reinhard Rachel / Bertram Daum /
要旨: Archaea use a molecular machine, called the archaellum, to swim. The archaellum consists of an ATP-powered intracellular motor that drives the rotation of an extracellular filament composed of ...Archaea use a molecular machine, called the archaellum, to swim. The archaellum consists of an ATP-powered intracellular motor that drives the rotation of an extracellular filament composed of multiple copies of proteins named archaellins. In many species, several archaellin homologs are encoded in the same operon; however, previous structural studies indicated that archaellum filaments mainly consist of only one protein species. Here, we use electron cryo-microscopy to elucidate the structure of the archaellum from Methanocaldococcus villosus at 3.08 Å resolution. The filament is composed of two alternating archaellins, suggesting that the architecture and assembly of archaella is more complex than previously thought. Moreover, we identify structural elements that may contribute to the filament's flexibility.
#1: ジャーナル: Faraday Disc.Chem.Soc / 年: 2022
タイトル: Escaping the symmetry trap in helical reconstruction
著者: Gambelli L / Isupov MN / Daum B
履歴
登録2021年5月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年1月19日-
マップ公開2022年1月19日-
更新2023年12月20日-
現状2023年12月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.325
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.325
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7ofq
  • 表面レベル: 0.325
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7ofq
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12875.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12875.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.39 Å/pix.
x 256 pix.
= 355.84 Å		1.39 Å/pix.
x 256 pix.
= 355.84 Å		1.39 Å/pix.
x 256 pix.
= 355.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.39 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.325 / ムービー #1: 0.325
最小 - 最大-0.00037812628 - 2.0726879
平均 (標準偏差)0.020517845 (±0.06978854)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 355.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.391.391.39
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z355.840355.840355.840
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0002.0730.021

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Archaellum

全体名称: Archaellum
要素
  • 複合体: Archaellum
    • タンパク質・ペプチド: Archaellin
    • タンパク質・ペプチド: Archaellin
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: UNKNOWN LIGAND

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超分子 #1: Archaellum

超分子名称: Archaellum / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Methanocaldococcus villosus (メタン生成菌)

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分子 #1: Archaellin

分子名称: Archaellin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 23 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanocaldococcus villosus (メタン生成菌)
分子量理論値: 22.084279 KDa
組換発現生物種: Methanocaldococcus villosus (メタン生成菌)
配列文字列: AIGIGTLIIF IAMVLVAAVA AAVLINTSGF LQQKAMATGK ESTEQVASGL LCSGVTGHYV KNKGIDRIVI YITPNAGSAP IDLKQCKLF LMYDGKAVSL NFSKYDTNTV GDFTNGIKDI FNTTVVKWNN ADATSFVVVA LQDDDKSLLT NAVINKGDLA G VLVNVSAA ...文字列:
AIGIGTLIIF IAMVLVAAVA AAVLINTSGF LQQKAMATGK ESTEQVASGL LCSGVTGHYV KNKGIDRIVI YITPNAGSAP IDLKQCKLF LMYDGKAVSL NFSKYDTNTV GDFTNGIKDI FNTTVVKWNN ADATSFVVVA LQDDDKSLLT NAVINKGDLA G VLVNVSAA FGKHVGTRER VSGYLQPEFG APAVIEFTTP AAFTSDVIEL Q

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分子 #2: Archaellin

分子名称: Archaellin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 22 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanocaldococcus villosus (メタン生成菌)
分子量理論値: 22.273643 KDa
組換発現生物種: Methanocaldococcus villosus (メタン生成菌)
配列文字列: AIGIGTLIIF IAMVLVAAVA AAVLINTSGF LQQKAMATGK ESTEQVASGL QVIRVLGNHS GGKINWLAVL ISPNAGSAPI DLSQATVMI TDGTHKVIAK YNSTFFNGTL KNGGSIFEAK YNNTTALKPL FDDLPATAFG IVVLQDADTS CSKDTPVINK G DIVAICLN ...文字列:
AIGIGTLIIF IAMVLVAAVA AAVLINTSGF LQQKAMATGK ESTEQVASGL QVIRVLGNHS GGKINWLAVL ISPNAGSAPI DLSQATVMI TDGTHKVIAK YNSTFFNGTL KNGGSIFEAK YNNTTALKPL FDDLPATAFG IVVLQDADTS CSKDTPVINK G DIVAICLN VSNTLNLKPR TKVTGAVIPE FGAPAVISFT TPATYLDTQH IIELQ

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分子 #3: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 45 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #4: UNKNOWN LIGAND

分子名称: UNKNOWN LIGAND / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 804 / 式: UNL
Chemical component information


化合物 画像なし

ChemComp-UNL:
Unknown ligand

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 7 / 構成要素 - 濃度: 5.0 mM / 構成要素 - 式: C8H18N2O4S / 構成要素 - 名称: HEPES
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 40 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 294 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: blotting time of 4 sec, -1 blot force.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2795 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 37.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 33.4 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -71.8 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1.0) / ソフトウェア - 詳細: Helical Refinement (BETA) / 使用した粒子像数: 399178
Segment selection選択した数: 929165 / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / ソフトウェア - 詳細: e2boxer.py
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Initial model was done creating a cylinder as by instructions in https://www3.mrc-lmb.cam.ac.uk/relion//index.php?title=Helical_processing
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5o4u


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7ofq:
The archaellum of Methanocaldococcus villosus

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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