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- PDB-7ofq: The archaellum of Methanocaldococcus villosus -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ofq

タイトル

The archaellum of Methanocaldococcus villosus

要素

(Archaellin) x 2

キーワード

PROTEIN FIBRIL / Archaellum / archaellin / Methanocaldococcus villosus / cryoEM / helical reconstruction

機能・相同性

Unknown ligand

機能・相同性情報

生物種

Methanocaldococcus villosus (メタン生成菌)

手法

電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.08 Å

データ登録者

Isupov, M. / Gambelli, L. / Daum, B.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: An archaellum filament composed of two alternating subunits.
著者: Lavinia Gambelli / Michail N Isupov / Rebecca Conners / Mathew McLaren / Annett Bellack / Vicki Gold / Reinhard Rachel / Bertram Daum /

要旨: Archaea use a molecular machine, called the archaellum, to swim. The archaellum consists of an ATP-powered intracellular motor that drives the rotation of an extracellular filament composed of ...

履歴

登録	2021年5月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー	登録構造単位 Jmolによる作画ダウンロード単純化した表面モデル + あてはめた原子モデルマップデータ: EMDB-12875 Jmolによる作画ダウンロード EMマップとの重ね合わせマップデータ: EMDB-12875 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ofq.cif.gz	1.9 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ofq.ent.gz	1.6 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ofq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/7ofq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/7ofq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	12875MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7bin-d 8513 3j4s-1 7pgu-d 2441 6hea-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
電子顕微鏡画像生データ	EMPIAR-10884 (タイトル: New insights into the architecture and dynamics of archaella Data size: 3.3 TB Data #1: Unaligned 39-frames movies of Methanocaldococcus villosus archaella [micrographs - multiframe])

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

-
集合体

登録構造単位

A: Archaellin

B: Archaellin

C: Archaellin

D: Archaellin

E: Archaellin

F: Archaellin

G: Archaellin

H: Archaellin

I: Archaellin

J: Archaellin

K: Archaellin

L: Archaellin

M: Archaellin

N: Archaellin

O: Archaellin

P: Archaellin

Q: Archaellin

R: Archaellin

S: Archaellin

T: Archaellin

U: Archaellin

V: Archaellin

W: Archaellin

X: Archaellin

Y: Archaellin

Z: Archaellin

a: Archaellin

b: Archaellin

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d: Archaellin

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f: Archaellin

g: Archaellin

h: Archaellin

i: Archaellin

j: Archaellin

k: Archaellin

l: Archaellin

m: Archaellin

n: Archaellin

o: Archaellin

p: Archaellin

q: Archaellin

r: Archaellin

s: Archaellin

ヘテロ分子

1 MDa, 45 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
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2	337	N
1	338	C
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1	108	B	300 - 504
2	108	B	300 - 504
1	109	B	300 - 504
2	109	C	300 - 504
1	110	B	300 - 504
2	110	C	300 - 504
1	111	B	300 - 504
2	111	D	300 - 504
1	112	B	300 - 504
2	112	D	300 - 504
1	113	B	300 - 504
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1	114	B	300 - 504
2	114	F	300 - 504
1	115	B	300 - 504
2	115	F	300 - 504
1	116	B	300 - 504
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2	121	J	300 - 504
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2	123	K	300 - 504
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2	132	D	13 - 225
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2	149	B	300 - 804
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2	190	C	300 - 504
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1	203	B	300 - 504
2	203	K	300 - 504
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1	225	B	13 - 225
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2	235	G	300 - 804
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2	259	J	13 - 221
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2	266	C	300 - 504
1	267	C	300 - 504
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1	268	C	300 - 504
2	268	D	300 - 504
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1	270	C	300 - 504
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1	271	C	300 - 504
2	271	F	300 - 504
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1	274	C	300 - 504
2	274	H	300 - 504
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2	277	J	300 - 504
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2	278	K	300 - 504
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2	279	K	300 - 504
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1	288	C	13 - 225
2	288	E	13 - 225
1	289	C	13 - 225
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1	290	C	13 - 225
2	290	F	13 - 225
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1	292	C	13 - 225
2	292	H	13 - 225
1	293	C	13 - 225
2	293	H	13 - 225
1	294	C	13 - 225
2	294	I	13 - 225
1	295	C	13 - 225
2	295	J	13 - 225
1	296	C	13 - 225
2	296	J	13 - 225
1	297	C	13 - 225
2	297	K	13 - 225
1	298	C	13 - 225
2	298	L	13 - 225
1	299	C	13 - 225
2	299	L	13 - 225
1	300	C	13 - 225
2	300	M	13 - 225
1	301	C	13 - 225
2	301	M	13 - 225
1	302	C	13 - 225
2	302	N	13 - 225
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2	303	D	300 - 804
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2	304	D	300 - 804
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2	305	E	300 - 804
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2	307	F	300 - 804
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2	309	G	300 - 804
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2	314	J	300 - 804
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2	316	L	300 - 804
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2	317	L	300 - 804
1	318	C	300 - 804
2	318	M	300 - 804
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2	319	N	300 - 804
1	320	C	300 - 804
2	320	N	300 - 804
1	321	C	13 - 221
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2	741	J	300 - 504
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要素

#1: タンパク質	... Archaellin 分子量: 22084.279 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus villosus (メタン生成菌) 発現宿主: Methanocaldococcus villosus (メタン生成菌)
#2: タンパク質	... Archaellin 分子量: 22273.643 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus villosus (メタン生成菌) 発現宿主: Methanocaldococcus villosus (メタン生成菌)
#3: 化合物	... ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	... ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子数: 804 / 由来タイプ: 合成 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験情報

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Archaellum / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL
由来(天然)	生物種: Methanocaldococcus villosus (メタン生成菌)
緩衝液	pH: 7
緩衝液成分	濃度: 5 mM / 名称: HEPES / 式: C₈H₁₈N₂O₄S
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結	装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 294 K / 詳細: blotting time of 4 sec, -1 blot force

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズ	モード: OTHER / 倍率（公称値）: 59000 X / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 37 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2795

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0267 / 分類: 精密化

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ	詳細
1	EMAN2		粒子像選択	e2boxer.py
4	CTFFIND		CTF補正
7	Coot		モデルフィッティング
11	RELION	3.1	分類
12	cryoSPARC	3.1.0	３次元再構成	Helical Refinement (BETA)
13	REFMAC	5	モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

らせん対称

回転角度/サブユニット: -71.8 ° / 軸方向距離/サブユニット: 33.4 Å / らせん対称軸の対称性: C1

粒子像の選択

選択した粒子像数: 929165

3次元再構成

解像度: 3.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 399178 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: HELICAL

原子モデル構築

プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: RECIPROCAL

原子モデル構築

PDB-ID: 5O4U

5o4u

Accession code: 5O4U / Source name: PDB / タイプ: experimental model

精密化

解像度: 3.08→355.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.773 / SU B: 10.046 / SU ML: 0.192 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.225
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.439	-	-
obs	0.439	3229844	100 %

溶媒の処理

溶媒モデル: NONE

原子変位パラメータ

B_iso max: 632.99 Å² / B_iso mean: 105.372 Å² / B_iso min: 24.31 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.39 Å²	-0.03 Å²	0.12 Å²
2-	-	-0.8 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.08→355.84 Å

	リガンド	溶媒	全体
原子数	10497	0	80691
B_iso mean	213.44	-	-
残基数	-	-	9493

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
ELECTRON MICROSCOPY	r_bond_refined_d	0.01	0.012	82845
ELECTRON MICROSCOPY	r_angle_refined_deg	2.326	1.723	113803
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_1_deg	7.785	5	9448
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_2_deg	35.957	24.209	2837
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_3_deg	13.075	15	11699
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_4_deg	17.36	15	113
ELECTRON MICROSCOPY	r_chiral_restr	0.136	0.2	15011
ELECTRON MICROSCOPY	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	55798

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0 Å / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数
1	1	A	12216
1	2	A	12216
2	1	A	12212
2	2	B	12212
3	1	A	12214
3	2	B	12214
4	1	A	12214
4	2	C	12214
5	1	A	12210
5	2	D	12210
6	1	A	12208
6	2	D	12208
7	1	A	12200
7	2	E	12200
8	1	A	12212
8	2	F	12212
9	1	A	12210
9	2	F	12210
10	1	A	12212
10	2	G	12212
11	1	A	12206
11	2	H	12206
12	1	A	12216
12	2	H	12216
13	1	A	12212
13	2	I	12212
14	1	A	12200
14	2	I	12200
15	1	A	12216
15	2	J	12216
16	1	A	12206
16	2	J	12206
17	1	A	12202
17	2	K	12202
18	1	A	12202
18	2	L	12202
19	1	A	12202
19	2	L	12202
20	1	A	12208
20	2	M	12208
21	1	A	12214
21	2	N	12214
22	1	A	12210
22	2	N	12210
23	1	A	1106
23	2	B	1106
24	1	A	1104
24	2	B	1104
25	1	A	1106
25	2	C	1106
26	1	A	1106
26	2	C	1106
27	1	A	1104
27	2	D	1104
28	1	A	1104
28	2	D	1104
29	1	A	1104
29	2	E	1104
30	1	A	1104
30	2	F	1104
31	1	A	1104
31	2	F	1104
32	1	A	1104
32	2	G	1104
33	1	A	1104
33	2	H	1104
34	1	A	1104
34	2	H	1104
35	1	A	1104
35	2	I	1104
36	1	A	1104
36	2	J	1104
37	1	A	1106
37	2	J	1106
38	1	A	1106
38	2	K	1106
39	1	A	1106
39	2	K	1106
40	1	A	1106
40	2	L	1106
41	1	A	1106
41	2	L	1106
42	1	A	1106
42	2	M	1106
43	1	A	1106
43	2	N	1106
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837	2	L	2146
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920	1	K	12222
920	2	L	12222
921	1	K	12212
921	2	M	12212
922	1	K	12216
922	2	N	12216
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923	2	N	12204
924	1	K	1108
924	2	L	1108
925	1	K	1110
925	2	L	1110
926	1	K	1110
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927	1	K	1108
927	2	N	1108
928	1	K	1106
928	2	N	1106
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929	2	L	12274
930	1	L	12278
930	2	M	12278
931	1	L	12268
931	2	M	12268
932	1	L	12262
932	2	N	12262
933	1	L	2154
933	2	L	2154
934	1	L	2150
934	2	M	2150
935	1	L	2150
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936	2	N	2146
937	1	L	12218
937	2	L	12218
938	1	L	12212
938	2	M	12212
939	1	L	12214
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940	2	N	12202
941	1	L	1108
941	2	L	1108
942	1	L	1108
942	2	M	1108
943	1	L	1108
943	2	N	1108
944	1	L	1106
944	2	N	1106
945	1	L	12274
945	2	M	12274
946	1	L	12264
946	2	M	12264
947	1	L	12258
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948	1	L	2150
948	2	M	2150
949	1	L	2150
949	2	N	2150
950	1	L	2146
950	2	N	2146
951	1	L	12216
951	2	M	12216
952	1	L	12218
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953	1	L	12204
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954	1	L	1110
954	2	M	1110
955	1	L	1108
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957	2	M	12270
958	1	M	12268
958	2	N	12268
959	1	M	2148
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960	1	M	2146
960	2	N	2146
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963	1	M	1108
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964	1	M	1106
964	2	N	1106
965	1	M	12268
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966	1	N	2146
966	2	N	2146
967	1	N	12216
967	2	N	12216
968	1	N	1106
968	2	N	1106

LS精密化シェル

解像度: 3.08→3.16 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.446	239910	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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