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- PDB-1jei: LEM DOMAIN OF HUMAN INNER NUCLEAR MEMBRANE PROTEIN EMERIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jei
タイトルLEM DOMAIN OF HUMAN INNER NUCLEAR MEMBRANE PROTEIN EMERIN
要素EMERIN
キーワードMEMBRANE PROTEIN / emerin nucleus membrane domain dystrophy
機能・相同性
機能・相同性情報


TMEM240-body / nuclear membrane organization / Depolymerization of the Nuclear Lamina / Nuclear Envelope Breakdown / RHOD GTPase cycle / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / nuclear inner membrane / regulation of canonical Wnt signaling pathway / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / muscle organ development ...TMEM240-body / nuclear membrane organization / Depolymerization of the Nuclear Lamina / Nuclear Envelope Breakdown / RHOD GTPase cycle / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / nuclear inner membrane / regulation of canonical Wnt signaling pathway / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / muscle organ development / nuclear outer membrane / RHOG GTPase cycle / skeletal muscle cell differentiation / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / negative regulation of fibroblast proliferation / beta-tubulin binding / RAC1 GTPase cycle / muscle contraction / positive regulation of protein export from nucleus / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cellular response to growth factor stimulus / spindle / nuclear envelope / actin binding / nuclear membrane / amyloid fibril formation / microtubule / cadherin binding / endoplasmic reticulum / nucleoplasm / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Emerin, LEM domain / Emerin / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 - #40 / LEM domain / LEM domain / LEM domain profile. / in nuclear membrane-associated proteins / LEM/LEM-like domain superfamily / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
手法溶液NMR / semi-automated iterative procedure using X-PLOR, home-written C-shell programs
データ登録者Wolff, N. / Gilquin, B. / Courchay, K. / Callebaut, I. / Zinn-Justin, S.
引用
ジャーナル: FEBS LETT. / 年: 2001
タイトル: Structural analysis of emerin, an inner nuclear membrane protein mutated in X-linked Emery-Dreifuss muscular dystrophy
著者: Wolff, N. / Gilquin, B. / Courchay, K. / Callebaut, I. / Worman, H.J. / Zinn-Justin, S.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: Structural characterization of the LEM motif common to three human inner nuclar membrane proteins.
著者: Laguri, C. / Gilquin, B. / Wolff, N. / Romi-Lebrun, R. / Courchay, K. / Callebaut, I. / Worman, H.J. / Zinn-Justin, S.
履歴
登録2001年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02001年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月21日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EMERIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2381
ポリマ－6,2381
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 EMERIN


分子量: 6237.948 Da / 分子数: 1 / 断片: LEM DOMAIN (RESIDUES 2-54) / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemical synthesis / 参照: UniProt: P50402

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: 2D NOESY

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試料調製

詳細内容: LEM domain of emerin 1mM
溶媒系: NaH2PO4/Na2HPO4 20mM, pH 6.3, 90% H2O/10% D2O or 100% D2O
試料状態イオン強度: 20mM / pH: 6.3 / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DRXBrukerDRX8002

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解析

NMR software
名称バージョン分類
Felix2データ解析
X-PLOR3.1構造決定
X-PLOR3.1精密化
精密化手法: semi-automated iterative procedure using X-PLOR, home-written C-shell programs
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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