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- PDB-1ik3: LIPOXYGENASE-3 (SOYBEAN) COMPLEX WITH 13(S)-HYDROPEROXY-9(Z),11(E... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ik3
タイトルLIPOXYGENASE-3 (SOYBEAN) COMPLEX WITH 13(S)-HYDROPEROXY-9(Z),11(E)-OCTADECADIENOIC ACID
要素LIPOXYGENASE-3
キーワードOXIDOREDUCTASE / PURPLE LIPOXYGENASE / FE(III) COMPLEX / INTERM
機能・相同性
機能・相同性情報


linoleate 9S-lipoxygenase / linoleate 9S-lipoxygenase activity / oxylipin biosynthetic process / lipid oxidation / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lipoxygenase-1; domain 3 / Lipoxygenase-1; Domain 3 / Lipoxygenase-1; domain 2 / Lipoxygenase-1; Domain 2 / Lipoxygenase, plant / Lipoxygenase, domain 3 / Plant lipoxygenase, PLAT/LH2 domain / Lipoxygenase-1; domain 5 / Lipoxygenase-1; Domain 5 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #60 ...Lipoxygenase-1; domain 3 / Lipoxygenase-1; Domain 3 / Lipoxygenase-1; domain 2 / Lipoxygenase-1; Domain 2 / Lipoxygenase, plant / Lipoxygenase, domain 3 / Plant lipoxygenase, PLAT/LH2 domain / Lipoxygenase-1; domain 5 / Lipoxygenase-1; Domain 5 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #60 / PLAT/LH2 domain / Lipoxygenase, conserved site / Lipoxygenases iron-binding region signature 2. / Lipoxygenase, iron binding site / Lipoxygenases iron-binding region signature 1. / Lipoxygenase-1 / Lipoxygenase / Lipoxygenase, C-terminal / Lipoxigenase, C-terminal domain superfamily / Lipoxygenase / Lipoxygenase iron-binding catalytic domain profile. / Lipoxygenase homology 2 (beta barrel) domain / PLAT/LH2 domain / PLAT/LH2 domain superfamily / PLAT/LH2 domain / PLAT domain profile. / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Few Secondary Structures / Irregular / Roll / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-11O / 13(R)-HYDROPEROXY-9(Z),11(E)-OCTADECADIENOIC ACID / 13(S)-HYDROPEROXY-9(Z),11(E)-OCTADECADIENOIC ACID / Chem-9OH / : / Seed linoleate 9S-lipoxygenase-3
類似検索 - 構成要素
生物種Glycine max (ダイズ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Skrzypczak-Jankun, E. / Funk Jr., M.O.
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2001
タイトル: Three-dimensional structure of a purple lipoxygenase.
著者: Skrzypczak-Jankun, E. / Bross, R.A. / Carroll, R.T. / Dunham, W.R. / Funk, M.O.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 1997
タイトル: Structure of Soybean Lipoxygenase L3 and a Comparison with its L1 Isoenzyme
著者: Skrzypczak-Jankun, E. / Amzel, L.M. / Kroa, B.A. / Funk Jr., M.O.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Structural and Thermochemical Characterization of Lipoxygenase-Catechol Complexes
著者: Pham, C. / Jankun, J. / Skrzypczak-Jankun, E. / Flowers II, R.A. / Funk Jr., M.O.
#3: ジャーナル: INT.J.MOL.MED. / 年: 2000
タイトル: Curcumin Inhibits Lipoxygenase by Binding to its Central Cavity: Theoretical and X-Ray Evidence.
著者: Skrzypczak-Jankun, E. / Mccabe, N.P. / Selman, S.H. / Jankun, J.
履歴
登録2001年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
改定 1.42023年8月16日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年12月25日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entry_details ...pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LIPOXYGENASE-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,2256
ポリマ－96,9191
非ポリマー1,3065
水9,530529
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)112.650, 137.280, 61.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.56, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1325-

HOH

21A-1389-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 LIPOXYGENASE-3


分子量: 96919.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Glycine max (ダイズ) / 株: PROVAR CULTIVAR / 参照: UniProt: P09186, linoleate 13S-lipoxygenase

-
非ポリマー , 6種, 534分子

#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-13S / 13(S)-HYDROPEROXY-9(Z),11(E)-OCTADECADIENOIC ACID


分子量: 312.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H32O4
#4: 化合物 ChemComp-13R / 13(R)-HYDROPEROXY-9(Z),11(E)-OCTADECADIENOIC ACID / (9Z,11E,13R)-13-ヒドロペルオキシ-9,11-オクタデカジエン酸


分子量: 312.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H32O4
#5: 化合物 ChemComp-9OH / (TRANS-12,13-EPOXY)-9-HYDROXY-10(E)-OCTADECENOIC ACID / (9S,10E)-9-ヒドロキシ-11-[(2R)-3β-ペンチルオキシラニル]-10-ウンデセン酸


分子量: 312.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H32O4
#6: 化合物 ChemComp-11O / (TRANS-12,13-EPOXY)-11-HYDROXY-9(Z)-OCTADECENOIC ACID / (9Z,11S)-11-ヒドロキシ-11-[(2R)-3β-ペンチルオキシラニル]-9-ウンデセン酸


分子量: 312.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H32O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 529 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: PEG 8000, citrate-phosphate buffer, sodium azide, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K
結晶化
*PLUS
温度: 23 ℃
詳細: drop1:drop2:drop3:drop4=3:6:1:2ratio, Skrzypczak-Jankun, E., (1997) Proteins: Struct.,Funct., Genet., 29, 15.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlL31drop1
20.1 MTris-HCl1drop1pH7.0
320 %(w/v)PEG80001drop2
40.05 Msodium citrate phosphate1drop2pH4.6
50.2 %(w/v)1drop2NaN3
60.1 Msodium phosphate1drop3pH7.0
820 %PEG80001reservoir
7water1drop4

-
データ収集

回折平均測定温度: 296 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年11月15日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. all: 48693 / Num. obs: 41035 / % possible obs: 78 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.352 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 68
反射
*PLUS
% possible obs: 78 % / Num. measured all: 107634
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 68 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LNH, PROTEIN ONLY

1lnh


解像度: 2→40 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.01 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: DISORDERED REGIONS 1-8 AND 33-45 WERE OMITTED FROM CALCULATIONS. There are four ligands in the coordinate section: 13S, 13R, 9OH, and 11O. 13S is alternate conformation A, occupancy 1.00. 13R ...詳細: DISORDERED REGIONS 1-8 AND 33-45 WERE OMITTED FROM CALCULATIONS. There are four ligands in the coordinate section: 13S, 13R, 9OH, and 11O. 13S is alternate conformation A, occupancy 1.00. 13R is alternate conformation B, occupancy 0.00. 9OH is alternate conformation C, occupancy 0.00. 11O is alternate conformation D, occupancy 0.00. The author refined both R and S conformations of the 13-hydroperoxy-9(Z),11(E)-octadecadienoic acid and the S came with lower discrepancy factor. Also in the soaking solution S was present as 86% versus only 14% of R. However it DOES NOT mean that the occupancy was 0.86 and 0.14 because lipoxygenase isozyme L3 turns 60% of R and 40% of S in its catalytic reaction, so it is difficult to judge what was the REAL occupancy for these two 13-S,R-isomers, because of the enzyme different affinity to them. Please see the primary citation for more details. The Rvalues for the S and R isomers are the following: for S-isomer R=0.196, Rfree=0.296; for R-isomer R=0.204, Rfree=0.302. The other two compounds 9OH and 11O were modelled to the density, no refinement, no energy minimization. The structure is metastable and it is highly possible for substrates and products to be there simultaneously.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.296 4147 10 %RANDOM
Rwork0.196 ---
all0.2614 48693 --
obs0.196 41035 84 %-
原子変位パラメータBiso mean: 35.5 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å / Luzzati d res low obs: 10 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6696 0 89 529 7314
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.51.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it22
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it22
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.52.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2-2.130.375844540.32231904360738
2.13-2.290.33555840.2921524156
2.29-2.520.31627240.2572613166
2.52-2.880.32957600.2345696273
2.88-3.630.28188190.1816766080
3.63-400.26968150.143728777
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARH5.FETOPH5.FE
X-RAY DIFFRACTION313HPODS.PAR13HPODS.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 40 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 35.5 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.51.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it22
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it22
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.52.5
LS精密化 シェル
*PLUS
% reflection Rfree: 4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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