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万見
- PDB-1i7e: C-Terminal Domain Of Mouse Brain Tubby Protein bound to Phosphati... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i7e
タイトルC-Terminal Domain Of Mouse Brain Tubby Protein bound to Phosphatidylinositol 4,5-bis-phosphate
要素TUBBY PROTEIN
キーワードSIGNALING PROTEIN / tubby filled-barrel beta-barrel filled-beta-roll 12-stranded-beta-barrel helix-filled-barrel obesity blindness deafness phosphoinositide phosphatidylinositol
機能・相同性
機能・相同性情報


intraciliary transport particle A binding / protein localization to photoreceptor outer segment / receptor localization to non-motile cilium / intraciliary transport / phagocytosis, recognition / protein localization to cilium / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / photoreceptor cell maintenance / positive regulation of phagocytosis / sensory perception of sound ...intraciliary transport particle A binding / protein localization to photoreceptor outer segment / receptor localization to non-motile cilium / intraciliary transport / phagocytosis, recognition / protein localization to cilium / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / photoreceptor cell maintenance / positive regulation of phagocytosis / sensory perception of sound / G protein-coupled receptor binding / retina development in camera-type eye / cilium / protein-containing complex binding / extracellular region / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tubby Protein; Chain A / Tubby Protein; Chain A / Tubby N-terminal / Tubby, C-terminal / Tubby, C-terminal, conserved site / Tub family / Tub family signature 1. / Tub family signature 2. / Tubby, N-terminal / Tubby-like, C-terminal ...Tubby Protein; Chain A / Tubby Protein; Chain A / Tubby N-terminal / Tubby, C-terminal / Tubby, C-terminal, conserved site / Tub family / Tub family signature 1. / Tub family signature 2. / Tubby, N-terminal / Tubby-like, C-terminal / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IBS / Tubby protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Santagata, S. / Boggon, T.J. / Baird, C.L. / Shan, W.S. / Shapiro, L.
引用
ジャーナル: Science / 年: 2001
タイトル: G-protein signaling through tubby proteins.
著者: Santagata, S. / Boggon, T.J. / Baird, C.L. / Gomez, C.A. / Zhao, J. / Shan, W.S. / Myszka, D.G. / Shapiro, L.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1999
タイトル: Implication of Tubby Proteins as Transcription Factors by Structure-Based Functional Analysis
著者: Boggon, T.J. / Shan, W.S. / Santagata, S. / Myers, S.C. / Shapiro, L.
履歴
登録2001年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TUBBY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4892
ポリマ－29,9971
非ポリマー4921
水6,900383
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.102, 51.469, 120.834
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 TUBBY PROTEIN


分子量: 29997.193 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P50586
#2: 化合物 ChemComp-IBS / L-ALPHA-GLYCEROPHOSPHO-D-MYO-INOSITOL-4,5-BIS-PHOSPHATE


分子量: 492.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2% PEG 4000, 0.1M Hepes, 4% 2-propanol, 5mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
210 mMTris1drop
30.15 M1dropNaCl
45 mMdithiothreitol1drop
52 %PEG40001reservoir
60.1 MHEPES1reservoir
74 %2-propanol1reservoir
85 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→20 Å / Num. all: 21694 / Num. obs: 20653 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 25.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 21.9
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.241 / Mean I/σ(I) obs: 6 / Num. unique all: 1845 / Rsym value: 0.241 / % possible all: 91.3
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
CNS0.5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1C8Z

1c8z


解像度: 1.95→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1215636.41 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 857 4.9 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.212 17361 86.9 %-
all-19963 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 101.1 Å2 / ksol: 0.349 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 50.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.98 Å20 Å20 Å2
2--2.02 Å20 Å2
3----9 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1855 0 29 383 2267
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 124 5.3 %
Rwork0.333 2202 -
obs-2202 71.1 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 2 / % reflection Rfree: 4.9 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 50.2 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.85
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.301 / % reflection Rfree: 5.3 % / Rfactor Rwork: 0.333

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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