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- PDB-6nj5: Thermostable variant of human carbonic anhydrase II with disorder... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nj5
タイトルThermostable variant of human carbonic anhydrase II with disordered tetrazine 2.0 at site 233
要素Carbonic anhydrase 2
キーワードLYASE / genetic code expansion / thermostability / protein engineering
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium / angiotensin-activated signaling pathway / regulation of intracellular pH / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / apical part of cell / myelin sheath / extracellular exosome / zinc ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase
類似検索 - ドメイン・相同性
Carbonic anhydrase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Kean, K.M. / Karplus, P.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)NSF MCB-1518265 米国
引用ジャーナル: ACS Appl Mater Interfaces / 年: 2019
タイトル: Immobilization of Proteins with Controlled Load and Orientation.
著者: Bednar, R.M. / Golbek, T.W. / Kean, K.M. / Brown, W.J. / Jana, S. / Baio, J.E. / Karplus, P.A. / Mehl, R.A.
履歴
登録2019年1月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年10月28日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.32023年10月11日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3072
ポリマ－30,2421
非ポリマー651
水6,521362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.419, 72.460, 151.508
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-551-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II


分子量: 30241.906 Da / 分子数: 1 / 変異: A64T, L99H, K153N, L223S, L239P, A247T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.9 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M SODIUM CHLORIDE, 0.1 M TRIS PH 8.5, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→37.88 Å / Num. obs: 55819 / % possible obs: 82 % / 冗長度: 10.2 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 1.25→1.27 Å / 冗長度: 9.4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 483 / CC1/2: 0.27 / % possible all: 68

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIX(1.12_2829)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CA2

1ca2


解像度: 1.25→37.88 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.83
Rfactor反射数%反射
Rfree0.206 2776 4.99 %
Rwork0.166 --
obs0.168 55671 81.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→37.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2129 0 1 362 2492
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082399
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0083305
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.712918
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084342
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008435
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.25-1.27160.36621110.34662106X-RAY DIFFRACTION67
1.2716-1.29470.36421180.3272499X-RAY DIFFRACTION77
1.2947-1.31960.32591310.29432509X-RAY DIFFRACTION79
1.3196-1.34650.34291200.26392498X-RAY DIFFRACTION78
1.3465-1.37580.30741050.25842504X-RAY DIFFRACTION78
1.3758-1.40780.2911160.23342500X-RAY DIFFRACTION78
1.4078-1.4430.25311100.21862469X-RAY DIFFRACTION77
1.443-1.4820.23121540.21032419X-RAY DIFFRACTION76
1.482-1.52560.25091590.20362416X-RAY DIFFRACTION76
1.5256-1.57490.24321430.18492388X-RAY DIFFRACTION75
1.5749-1.63120.20321480.16722371X-RAY DIFFRACTION75
1.6312-1.69650.18741330.17382398X-RAY DIFFRACTION74
1.6965-1.77370.20241030.17512453X-RAY DIFFRACTION75
1.7737-1.86720.19671210.17452578X-RAY DIFFRACTION80
1.8672-1.98420.2061240.18322814X-RAY DIFFRACTION87
1.9842-2.13740.19951650.16563015X-RAY DIFFRACTION92
2.1374-2.35240.21951630.16083161X-RAY DIFFRACTION97
2.3524-2.69280.20412190.15863128X-RAY DIFFRACTION98
2.6928-3.39230.18931670.14243258X-RAY DIFFRACTION98
3.3923-37.89430.16831660.13543411X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.6822 Å / Origin y: 13.382 Å / Origin z: -18.7652 Å
111213212223313233
T0.0876 Å20.0027 Å20.0011 Å2-0.0954 Å2-0.0119 Å2--0.074 Å2
L1.1275 °20.3911 °2-0.0213 °2-1.4538 °2-0.0581 °2--0.8356 °2
S-0.0205 Å °0.0887 Å °0.0042 Å °-0.0991 Å °0.0173 Å °-0.0027 Å °-0.0097 Å °-0.0275 Å °-0.0025 Å °
精密化 TLSグループSelection details: CHAIN A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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