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- PDB-1h6e: MU2 ADAPTIN SUBUNIT (AP50) OF AP2 ADAPTOR (SECOND DOMAIN), COMPLE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h6e
タイトルMU2 ADAPTIN SUBUNIT (AP50) OF AP2 ADAPTOR (SECOND DOMAIN), COMPLEXED WITH CTLA-4 INTERNALIZATION PEPTIDE TTGVYVKMPPT
要素
  • CLATHRIN COAT ASSEMBLY PROTEIN AP50
  • CYTOTOXIC T-LYMPHOCYTE PROTEIN 4
キーワードENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS / ENDOCYTOSIS / ADAPTOR / PEPTIDE COMPLEX / PHOSPHORYLATION / ENDOCYTOSIS-EXOCYTOSIS complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Nef mediated downregulation of CD28 cell surface expression / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / LDL clearance / VLDLR internalisation and degradation / Retrograde neurotrophin signalling / protein complex involved in cell adhesion / Nef Mediated CD8 Down-regulation / WNT5A-dependent internalization of FZD4 ...Nef mediated downregulation of CD28 cell surface expression / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / LDL clearance / VLDLR internalisation and degradation / Retrograde neurotrophin signalling / protein complex involved in cell adhesion / Nef Mediated CD8 Down-regulation / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / extrinsic component of presynaptic endocytic zone membrane / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / MHC class II antigen presentation / negative regulation of regulatory T cell differentiation / AP-2 adaptor complex / regulation of vesicle size / postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / Recycling pathway of L1 / Retrograde neurotrophin signalling / Formation of annular gap junctions / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of synaptic vesicle endocytosis / clathrin-coated endocytic vesicle / Gap junction degradation / LDL clearance / Clathrin-mediated endocytosis / clathrin adaptor activity / vesicle budding from membrane / clathrin-dependent endocytosis / signal sequence binding / Nef Mediated CD4 Down-regulation / endolysosome membrane / negative regulation of protein localization to plasma membrane / low-density lipoprotein particle receptor binding / CTLA4 inhibitory signaling / negative regulation of B cell proliferation / Recycling pathway of L1 / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / positive regulation of receptor internalization / synaptic vesicle endocytosis / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / negative regulation of T cell proliferation / clathrin-coated pit / vesicle-mediated transport / MHC class II antigen presentation / VLDLR internalisation and degradation / B cell receptor signaling pathway / intracellular protein transport / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / terminal bouton / receptor internalization / cytoplasmic side of plasma membrane / endocytosis / endocytic vesicle membrane / disordered domain specific binding / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / T cell receptor signaling pathway / cytoplasmic vesicle / postsynapse / protein-containing complex assembly / adaptive immune response / transmembrane transporter binding / Potential therapeutics for SARS / immune response / positive regulation of apoptotic process / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / glutamatergic synapse / lipid binding / DNA damage response / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / extracellular exosome / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytotoxic T-lymphocyte antigen 4 / Mu homology domain, subdomain B / Cytotoxic T-lymphocyte protein 4/CD28 / Mu2, C-terminal domain / AP-2 complex subunit mu, N-terminal / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 1. / Clathrin adaptor, mu subunit / Clathrin adaptor, mu subunit, conserved site / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 2. / Adaptor complexes medium subunit family ...Cytotoxic T-lymphocyte antigen 4 / Mu homology domain, subdomain B / Cytotoxic T-lymphocyte protein 4/CD28 / Mu2, C-terminal domain / AP-2 complex subunit mu, N-terminal / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 1. / Clathrin adaptor, mu subunit / Clathrin adaptor, mu subunit, conserved site / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 2. / Adaptor complexes medium subunit family / AP complex, mu/sigma subunit / Clathrin adaptor complex small chain / AP-2 complex subunit mu, C-terminal superfamily / Mu homology domain / Mu homology domain (MHD) profile. / Longin-like domain superfamily / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytotoxic T-lymphocyte protein 4 / AP-2 complex subunit mu / AP-2 complex subunit mu
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Rowsell, S. / Pauptit, R.A.
引用
ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2001
タイトル: Study of the Interaction of the Medium Chain Mu2 Subunit of the Clathrin-Associated Adapter Protein Complex 2 with Cytotoxic T-Lymphocyte Antigen 4 and Cd28
著者: Follows, E.R. / Mcpheat, J.C. / Minshull, C. / Moore, N.C. / Pauptit, R.A. / Rowsell, S. / Stacey, C.L. / Stanway, J.J. / Taylor, I.W. / Abbott, W.M.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1998
タイトル: A Structural Explanation for the Recognition of Tyrosine-Based Endocytotic Signals
著者: Owen, D.J. / Evans, P.R.
履歴
登録2001年6月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月21日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 2.02019年5月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: atom_site / exptl_crystal_grow ...atom_site / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 2.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CLATHRIN COAT ASSEMBLY PROTEIN AP50
P: CYTOTOXIC T-LYMPHOCYTE PROTEIN 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2092
ポリマ－34,2092
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)126.779, 126.779, 74.161
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

#1: タンパク質 CLATHRIN COAT ASSEMBLY PROTEIN AP50 / CLATHRIN COAT ASSOCIATED PROTEIN AP50 / PLASMA MEMBRANE ADAPTOR AP-2 50 KDA PROTEIN / HA2 50 KDA ...CLATHRIN COAT ASSOCIATED PROTEIN AP50 / PLASMA MEMBRANE ADAPTOR AP-2 50 KDA PROTEIN / HA2 50 KDA SUBUNIT / CLATHRIN ASSEMBLY PROTEIN COMPLEX 2 MEDIUM CHAIN / AP-2 MU 2 CHAIN / AP50


分子量: 33014.516 Da / 分子数: 1 / 断片: INTERNALIZATION SIGNAL BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE FIRST 16 RESIDUES OF THE POLYMER MAKE UP A 6HIS-CMYC-TAG (HHHHHHEQKLISEEDL)
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P20172, UniProt: Q96CW1*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド CYTOTOXIC T-LYMPHOCYTE PROTEIN 4 / CYTOTOXIC T-LYMPHOCYTE-ASSOCIATED ANTIGEN 4 / CTLA-4 / CD152 ANTIGEN


分子量: 1194.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: 11-MER INTERNALISATION SIGNAL MOTIF FROM CTLA-4 (HOMO SAPIENS), TTGVYVKMPPT
由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P16410

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 75 % / 解説: ISOMORPHOUS TO 1BXX
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: HANGING DROPS CONTAINING A 1:1 MIXTURE OF COMPLEX SOLUTION 6MG/ML PROTEIN AND 1MM 11MER PEPTIDE SOLUTION IN 20MM HEPES PH7.5, 1MM DTT AND RESERVOIR BUFFER 1.4-2.4M SODIUM CHLORIDE, 0.1M MES ...詳細: HANGING DROPS CONTAINING A 1:1 MIXTURE OF COMPLEX SOLUTION 6MG/ML PROTEIN AND 1MM 11MER PEPTIDE SOLUTION IN 20MM HEPES PH7.5, 1MM DTT AND RESERVOIR BUFFER 1.4-2.4M SODIUM CHLORIDE, 0.1M MES PH6.2-7.0, 0.4M NA/K PHOSPHATE, 15% GLYCEROL, pH 7.00
結晶化
*PLUS
温度: 15 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
16 mg/mlprotein1drop
21 mMpeptide1drop
320 mMHEPES1droppH7.5
41 mMdithiothreitol1drop
50.1 MMES1reservoirpH6.2-7.0
61.4-2.4 M1reservoirNaCl
70.4 Msodium potassium phosphate1reservoir
815 %(v/v)glycerol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 1999年4月26日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: YES / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→48.2 Å / Num. obs: 6681 / % possible obs: 83.2 % / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 0 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 4
反射 シェル解像度: 3.6→3.8 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.354 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 85.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 14633
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 85.9 % / Num. unique obs: 992 / Num. measured obs: 2081

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNX2000精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1BXX

1bxx


解像度: 3.6→7.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.317 603 11.2 %RANDOM
Rwork0.278 ---
obs-5400 74.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.14399 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 39.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.46 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1.21 Å1.44 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→7.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1817 0 0 0 1817
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.09
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.6→3.8 Å / Rfactor Rfree error: 0.067 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.566 72 10.4 %
Rwork0.626 619 -
obs--57.9 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP
精密化
*PLUS
最低解像度: 8 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.09

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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