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- PDB-1d8m: CRYSTAL STRUCTURE OF MMP3 COMPLEXED WITH A HETEROCYCLE-BASED INHIBITOR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d8m
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF MMP3 COMPLEXED WITH A HETEROCYCLE-BASED INHIBITOR
要素STROMELYSIN-1 PRECURSOR
キーワードHYDROLASE / MIXED ALPHA BETA STRUCTURE / ZINC PROTEASE / INHIBITED
機能・相同性
機能・相同性情報


stromelysin 1 / cellular response to UV-A / regulation of neuroinflammatory response / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / Activation of Matrix Metalloproteinases / response to amyloid-beta / Collagen degradation / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / cellular response to nitric oxide ...stromelysin 1 / cellular response to UV-A / regulation of neuroinflammatory response / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / Activation of Matrix Metalloproteinases / response to amyloid-beta / Collagen degradation / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / cellular response to nitric oxide / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / regulation of cell migration / EGFR Transactivation by Gastrin / Degradation of the extracellular matrix / extracellular matrix organization / extracellular matrix / cellular response to amino acid stimulus / protein catabolic process / positive regulation of protein-containing complex assembly / metalloendopeptidase activity / cellular response to reactive oxygen species / metallopeptidase activity / peptidase activity / cellular response to lipopolysaccharide / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / endopeptidase activity / Extra-nuclear estrogen signaling / serine-type endopeptidase activity / innate immune response / mitochondrion / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / extracellular region / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peptidoglycan binding-like / Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site / Matrixins cysteine switch. / Putative peptidoglycan binding domain / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin ...Peptidoglycan binding-like / Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site / Matrixins cysteine switch. / Putative peptidoglycan binding domain / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin / Hemopexin repeat profile. / Hemopexin-like repeats. / Peptidase M10A / Peptidase M10A, catalytic domain / Peptidase M10, metallopeptidase / Matrixin / PGBD-like superfamily / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BBH / Stromelysin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Pikul, S. / Dunham, K.M. / Almstead, N.G. / De, B. / Natchus, M.G. / Taiwo, Y.O. / Williams, L.E. / Hynd, B.A. / Hsieh, L.C. / Janusz, M.J. ...Pikul, S. / Dunham, K.M. / Almstead, N.G. / De, B. / Natchus, M.G. / Taiwo, Y.O. / Williams, L.E. / Hynd, B.A. / Hsieh, L.C. / Janusz, M.J. / Gu, F. / Mieling, G.E.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2001
タイトル: Heterocycle-based MMP inhibitors with P2' substituents.
著者: Pikul, S. / Dunham, K.M. / Almstead, N.G. / De, B. / Natchus, M.G. / Taiwo, Y.O. / Williams, L.E. / Hynd, B.A. / Hsieh, L.C. / Janusz, M.J. / Gu, F. / Mieling, G.E.
履歴
登録1999年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: STROMELYSIN-1 PRECURSOR
B: STROMELYSIN-1 PRECURSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,75513
ポリマ－38,8332
非ポリマー92211
水1,26170
1
A: STROMELYSIN-1 PRECURSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6686
ポリマ－19,4171
非ポリマー2515
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: STROMELYSIN-1 PRECURSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0877
ポリマ－19,4171
非ポリマー6716
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.96, 78.59, 105.93
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a monomer constructed from chain A or chain B.

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要素

#1: タンパク質 STROMELYSIN-1 PRECURSOR / MMP-3


分子量: 19416.529 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: FIBROBLAST / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08254, stromelysin 1
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-BBH / 1-BENZYL-3-(4-METHOXY-BENZENESULFONYL)-6-OXO-HEXAHYDRO-PYRIMIDINE-4-CARBOXYLIC ACID HYDROXYAMIDE / (4R)-N-ヒドロキシ-1-ベンジル-3-(4-メトキシフェニルスルホニル)-6-オキソヘキサヒドロピリミジン-4-(以下略)


分子量: 419.452 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H21N3O6S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 6000, sodium chloride, magnesium chloride, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: unknown

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.548
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年8月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.548 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→40 Å / Num. all: 12205 / Num. obs: 11974 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 10.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 27.8
反射 シェル解像度: 2.44→2.53 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.198 / Num. unique all: 1009 / % possible all: 83.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR98.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.44→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Used weighted full matrix least squares procedure
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.315 1123 10 %Random
Rwork0.277 ---
all-11966 --
obs-11566 96.6 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.44→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2722 0 39 70 2831
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.315 / Rfactor Rwork: 0.277
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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